1937年7月，盧溝橋事變後，上海爆發“八·壹三事變”。他被堵在家裏，後來才知道中央大學已經搬進來了。在中央大學範存忠教授的支持下，他的同事們搬到了重慶。在重慶大學讀了三年，1940大學畢業後，考入江西省地質調查局，後調入重慶北碚中央地質調查局土壤實驗室。隨指導員侯光炯先生到四川銅梁縣，再到貴州、廣西、湖南，到達江西太和區。他在江西工作了六七年，對江西的土壤進行了普查分析，做了改良紅壤的實驗。在工作中，他不僅完成了土壤調查和制圖報告，還撰寫了許多專題實驗和研究論文，其中有壹篇是《江西省土壤誌》，對紅壤的發生和分布提出了新的看法，認為“外來土”和“火燒土”是改良江西紅壤最明顯的方法。
1947年，應北平地質研究所所長之邀，離開江西前往萍萍，後暫住中央地質研究所。同年秋，他到黃泛地區考察，完成了中牟5萬比例尺土壤圖。第二年去鄂南、贛南調研，秋天配合農林部增產，去鎮江調研。
65438年至0949年全國解放後，朱顯謨在中國科學院土壤研究所工作。
65438-0959年，為支援西北建設，來到楊淩，在中國科學院水利部水土保持研究所(原西北生物土壤研究所)工作。