在文學上，李贄提出“童心論”，主張創作要“絕偽存真”，各抒己見。李誌明確宣稱自己的作品是“離經叛道的作品”，說:“我殺不死他們，但我的頭不能被羞辱”，也沒有退縮。李贄在詩歌創作風格上也提倡“誠”，反對盛行的“擬古”之風，對晚明文學產生了重要影響。
李贄痛恨維護封建禮教的虛偽，痛恨那些滿口仁義道德的道學家和偽君子。他痛斥所謂的道教徒:名氣太大，保護太多。“現實中有許多惡，但野心中沒有惡；它很自私，但它致力於博愛和博愛；妳持有自己的觀點也是事實，但妳不能談論它。”“妳說學習，就會說妳是為了自己，我是為了別人；我自私，但我要利他”，其實都是“讀書求高位，做官求尊重”，都是為了自己，“壹分錢不為別人求”(《焚書答庚斯口》)。這樣壹個言行不壹的偽君子，還不如《普通人》和《田麗的作者》真實，妳說呢(同上)。他進壹步指責道教徒是壹群道貌岸然的偽君子，說“陽為道，陰為財，衣為雅，行如狗”(《續焚書，三教歸儒》)。道家充滿仁義道德。實際上，他們是以道教為敲門磚，“欺世得利”，為自己謀取高官厚祿。他們“講道德卻有高官厚祿，誌在大富”(《焚書坑儒》等)。李贄對朱成理學及其辯護者的揭露真是壹針見血。
李贄還猛烈抨擊了為統治階級所推崇的孔孟之學。《焚書》、《贊美劉勰》、《聖教概論》、《芝罘園孔子像銘》等。，他以戲謔嘲諷的筆調貶低孔子，這在孔子被尊為至聖之師的古代是壹種大膽之舉。他認為孔子不是聖人，“雖然孔子也是庸人”(《焚書答周流堂》)。孔子沒什麽了不起的。“耕田養魚之人皆可取，萬聖賢之善不可取。”為什麽壹定要學孔子，然後成為義脈？"(《焚書答庚斯口》)。大家都是聖人，為什麽壹定要學孔子？這就把孔子從聖人的至高地位上拉了下來。如果壹定要把孔子當成偶像，在言行上模仿孔子，那就是“醜女人的賤態”(何焚書論)。李贄否定儒家的正統地位，否認孔孟之學是“古今道學”的“永恒之論”，認為不能作為教條隨便套用。六經、論語、孟子是道家的彈藥，是假人的搖籃。李贄對孔子和孔孟的批判，確實已經到了“非聖不可”的地步。難怪統治階級對他恨之入骨。
李贄對封建禮教壓迫下的女性深表同情，為女性發聲。李贄在《焚書:女子學道的短視之書》中，批評了男人的意見和女人的意見壹樣長的說法。他說，“深石缺少女性的意見。所以說人有男女沒問題，看男女也沒問題。意思是妳能看到長度，男人的視角越長越好，女人的視角越短越好。怎麽會呢？如果妳讓女人看到自己的身體，讓男人看到，妳就會知道諺語不夠聽，如果妳樂於學習，妳就會知道浮生世世沒有足夠的愛。如果怕天下男人看見，就應該羞愧流汗，不敢出聲。”這是對傳統封建倫理的尖銳挑戰。
李治無情地揭露了封建統治者殘酷壓榨魚人的暴行。他借用漢代宣城郡守封少華虎吃人的神話傳說，指責當政的官員是“吃人的老虎和狼”。“以前老虎蹲在草叢裏，今天老虎坐在官位上。大則吞人畜，小則不留魚蝦”(《焚書·封君》)。在《焚書》中，他還評論《水滸傳》，以發泄對現實政治的強烈不滿。
如何拯救人民於水火之中，探索出壹條利國利民之路？李贄把目光投向了封建統治階級的上層，希望“能有壹個半人才”，讓“剛正不阿”的人才“有所作為，為善者自殺，不肯忘恩負義”(《焚書寒光》)。這說明李贄不是要推翻封建統治，而是要維護封建統治，說明他的政治思想沒有超出地主階級思想和時代的局限性，不可能違背地主階級的根本利益。
李贄哲學思想的形成經歷了從唯物主義到主觀唯心主義的轉變。李贄主張宇宙萬物由天地(終為陰陽)而生，否定了朱成“壹可怒，壹可生二”的客觀唯心主義。李贄還認為，人的道德和精神現象存在於人的物質生活中。“穿衣吃飯，即人倫物理”(《焚書答鄧世揚》)是他的著名理論，是壹個帶有樸素唯物主義的思想。李贄信佛，信王陽明心學，所以他整個哲學體系的中心是主觀唯心主義。他認為“誠”和“童心”是最根本的概念，是萬物的本源。自然是“我的壹點點悟性和誠意”(《焚書解經》)。沒有“理”，什麽都沒有，世界上所有的物質和精神都只存在於“誠”中。什麽是“真誠”？是童心，初心，第壹個念頭的本心，也就是不受外界影響的“我”之心。它們是主宰壹切，產生各種相的本源，可以稱之為“純粹本源”。壹切，山川都在壹念之間，只是真誠的表現，是真誠的因素和成分，就像海裏水泡和海水的關系。這壹觀點與王陸學派的“我心即宇宙，宇宙即我心”和禪宗的“萬物皆在我心”是壹脈相承的。李贄用主觀唯心主義作為反對朱成基於客觀唯心主義的理學的理論武器，這勢必削弱他自己的戰鬥力。
李贄的認識論是壹種建立在主觀唯心主義基礎上的超驗主義，主張源於佛教的“知”論。《焚書答周希言》壹文指出，“世上無壹人不知，無壹物不知，無壹時不知。”“人生而有知，人皆有佛性。”“人人皆可為聖”(《焚書答庚斯口》)。李贄以“知識天生論”反對將孔子神化，從認知能力和認知來源的角度否定了以孔子為認知正確性標準的傳統思想，具有解放思想的進步作用，但又以其不可忽視的認識論局限和缺陷反對“知識天生論”。
李贄的哲學思想中有許多樸素的辯證思想。《續焚書陶石缸》雲:“善惡正，尚陰陽正，剛柔正，男女正。”他承認任何事物都有兩面性，這在壹定程度上揭示了事物內部的矛盾和相互轉化。受樸素辯證思想的影響，《焚書》所表達的政治思想有“世事無常，我無定術”(晁錯)、“不循舊攻，不練舊”(送別耿斯口)等發展中的思想。
黃仁宇先生在《萬歷十五年》壹書中也系統地闡述了李贄的思想。
基本政治思想李贄在反對宋明政治腐敗和反對理學的過程中形成了自己的政治思想，主要包括:
(1)提倡個性解放和思想自由。李贄壹生都在為個性解放和思想自由而奮鬥。他蔑視傳統權威，敢於批判傳統權威。從小他就“頑固難改，不信學，不信道，不信仙釋”。他認為壹個人應該有自己的政治主張和思想，不應該盲從他人。“詩鬼隨妳便，隨妳便。如果不去適應別人的方式，雖然伯夷和舒淇都是放蕩的。我不知道我是不是為了自己，但我是壹個仆人。雖然堯舜都是泥土和糠(《焚書·續焚書·答周二魯》)。他認為，要實現人格解放和思想自由，就必須打破孔孟及其變種宋明理學的壟斷地位，突破封建經典設置的各種思想禁區。李誌首先把鬥爭的矛頭指向孔丘，認為孔丘只是壹個普通人。古往今來，他的話並非都難以理解。不要把他的對錯當成是非，每個人都應該自以為是。為了打破孔丘提出的是非標準，李贄編纂了《藏書續集》，用自己的是非標準重新評價歷史人物。
②倡導人類平等。李誌認為，根據萬物壹體的原理，社會沒有高低貴賤之分。老百姓不卑微，但有自己值得的地方；侯爵的貴族並不高貴，也有他們卑微的地方。他說:“做壹個人，不是優於諸侯，而是貴在，賤在諸侯”(《李叢書·老子·》)。
③反對封建禮教。李贄還對被封建統治者奉為金科玉律的儒家經典進行了批判，認為《論語》、《孟子》等六經並非全是聖人之言，而是經過後人吹捧而形成的，不能視為永恒真理。他反對歧視婦女。當有人說“女人目光短淺，學不會”時，他反駁說，人的知識是由所處的環境決定的，而不是先天的。他指出:“情侶不能出場，而男人四面八方開槍，不言而喻，各有利弊。”.....所以，人可以有男有女，但是能看到男有女嗎？意思是妳看得見長短，男人的看法有多長，女人的看法就有多短。怎麽會呢？”(《焚書:女子學道簡書》)他主張婚姻自由，熱情歌頌卓文君和司馬相如的愛情故事。
④反對理學空談，提倡功利主義。李贄揭露了道家的醜惡嘴臉，指出他們都是偽君子。“名曰山人，惟以心論道德，惟以衣決”(《焚書·焚書·夏焦弱侯》)。仁義道德不過是掩蓋其卑鄙齷齪的面具。“這是財富，但外糾不願意，我真的要以此為榮。”他不同意道家提倡的“為義不為善，知行不為善”的說法，認為人類的任何行為都有其謀利和計功的目的。董仲舒宣傳的“正其義”、“明其道”，也是功利的。從功利的角度看，李贄主張富民強兵。他批評新儒家的行為是“談人生，談玄學，對天下百姓的痛苦充耳不聞，反而把理財說成渾濁”。他指出:“不講理財的人，永遠無法統治世界”(四書評大學)。針對儒家分軍政，而儒者不懂軍事的現象，他強調軍事的重要性，認為“知兵者，民之統帥，國之主將”(《李編·孫子·》)。他主張耕者有其田，認為“農武不可偏廢”(《李卓吾評童鳴帝紀》)，說“建之則事，得養此世之人，食之也。”有此身，必有保衛此身之人，兵也(《焚書·續焚書·兵糧》)。針對正統理學“守自然之理，滅人之欲”的命題，他提出了“穿衣吃飯是人倫之理”的命題，認為“理”在百姓的日常生活中，對正統思想提出了挑戰。
⑤“無為”的政治理想。針對明朝腐敗的政治，李贄提出了“無為而治，潤物細無聲”的政治理想。他認為人類社會的頻繁動亂是統治者幹預社會生活的結果。他的“人治”理想是“依人而治”，順應自然和世俗的民情，即“因其政不易俗，順其自然”，不幹涉或少幹涉人類的社會生活。
進步史觀1。不要把孔子的是非當作是非。李贄對六經、論語、孟子表示了極大的鄙視。他認為這些作品都是當時無知迂腐的弟子所記錄的，大部分都不是聖人之言。即使它們是聖人的話語，知識也不可能是“萬能的話語”，因為有壹塊臨時的藥石。
2.反對歷史保守主義，倡導“與時俱進”的歷史發展觀。“夫權之爭也，如十八歲，晝夜變化，不盡相同。昨天不是今天，但能由我們銀行的商法決定？”提出了“菲利是向世界學習的途徑”的觀點。認為春秋是正常的歷史發展現象。
3.以人為本的思想。雖然孟子早就提出了“民為重，君為次，國為次”的思想，但實際上並沒有成為歷代統治者的政治實踐。而李贄大膽提出“天君本為民”的主張，表明了他對專制皇權的不滿，成為明末清初啟蒙思想家民本思想的先行者。