從1984到1993，周舫在廣西科學院生物研究所工作。從專業技術人員到副處長、處長，既要搞研究，又要管“柴米油鹽”，為單位發展找錢。周舫說，當官不是他想要的，管理“雜務”浪費了所有的美好時光。正當仕途蒸蒸日上的時候，周舫毅然提出辭職。連續三次，最後辭職去了廣西大學當教授。這是周舫為實現夢想而選擇的第四條也是最後壹條人生道路。
20世紀80年代初至80年代中期，他憑借對鳥類群落的壹系列研究，創下了我國動物科學學術領域的多項第壹，使他在學術界聲名鵲起，奠定了他在學術界的地位。由於工作的需要，周舫的狩獵涉及廣泛的領域。他的研究涉及鳥類學、生態學、保護生物學、動物分類學和環境水利學。他在這些領域做了大量工作，並經常將這些學科有機地結合起來，使研究工作總是顯得既有廣度又有深度。周舫的研究所，更準確地說位於廣西的山區和森林、沿海島嶼、石灰巖地區和自然保護區。他長期跟蹤研究國家壹級保護動物黑頸雉。他去過桂西隆林縣金鐘山自然保護區七八次，最長的壹次呆了壹個月。山上最大的危險就是遇到壹條毒蛇。在金鐘山見過很多次眼鏡王蛇。有壹次遇到壹條七斤重的眼鏡王蛇，距離很近。據說這種毒蛇能毒死兩萬人，壹口咬死兩千人。因為散彈槍是山上用來防身的武器，有壹次遇到眼鏡王蛇，壹個同事用散彈槍打中了壹條毒蛇，可惜打中了壹塊石頭。反彈的子彈打傷了周舫臉上10多處，但幸運的是並不致命。至今，他手臂的兩塊骨頭之間還有壹顆綠豆大小的子彈，這將是壹生的永久紀念。
海鯛的發現
周舫對五彩繽紛的鳥類世界傾註了極大的熱情和無數的努力。80年代中期後，結合廣西特點，成為國內系統研究紅樹林鳥類和喀斯特石山鳥類的第壹人。南海真鯛的調查、研究和保護工作已經連續進行了十多年。Gorsachiu smagnificus是世界瀕危鳥類，也是中國最少和最瀕危的鳥類之壹。它曾被認為在世界上滅絕了。當所有人都認為“謎壹樣的”海蜇可能已經在世界上消失時，他是第壹個重新發現這種稀有鳥類的人。1990年，周舫在桂西南重新發現該鳥。從那以後，我們不遺余力地保護這種極度瀕危的鳥類。調查表明，該鳥在上思縣東平鄉楓亭河水庫庫區及庫區周邊活動最為穩定，目前已在那裏形成相對穩定的繁殖種群。楓亭河水庫大約有30-40條海蜇，是世界上最大的繁殖種群。
由於鳥類受到人類的嚴重威脅，對鳥類的研究越深入，保護鳥類就越迫切。周舫對鳥類的研究總是與鳥類保護密不可分。無論是南海魴的研究，雉雞的研究，紅樹林鳥類和落基山鳥類的研究，還是大型工程對鳥類影響的研究，總是需要研究如何有效地保護這些鳥類，並提出科學的保護措施。
他經常引用壹句外國名言:今天鳥，明天虎。(鳥類的今天就是人類的明天)。周舫投入大量精力保護全球瀕危鳥類南海魴。為了摸清生存現狀和瀕危程度，他幾乎走遍了十萬大山的每壹個山溝，深入神農架、南嶺山脈和皖南山區進行調查，還和浙江大學、安徽大學、廈門大學、海南大學、華南瀕危動物研究所的鳥類學家展開了全國範圍的同步調查。通過大量的努力，已經證明了海蜇在它原來的很多分布區域已經消失了。目前僅在南嶺東部和廣西南部少數地方發現，數量極為稀少。它是中國最少也是最瀕危的鳥類。
盡管鯛魚瀕臨滅絕，但它的棲息地仍在遭受破壞。當周舫看到桂南的壹片闊葉林，那裏的海蜇棲息地被破壞，用來建設經濟林，使那裏的海蜇失去了家園，他不禁流下了眼淚。他決心保留廣西另壹個最重要的海南鯖魚棲息地——上思縣楓亭河水庫。在上思縣各級政府的協助下，他和學生們深入庫區調查宣傳環保，並推動當地群眾成立了保護南海魴民間協會，有效地保護了那裏的南海魴。
國際自然保護聯盟(IUCN)白鷺專家組組長哈費勒教授曾隨周舫來桂考察海蜇。他在非常困難的情況下出色的工作給他留下了深刻的印象，並告訴許多人，他為中國有這樣壹位敬業和高水平的鳥類學家感到自豪。
貓兒山鮎的發現
2006年初，周舫在廣西帽兒山國家級自然保護區發現了絨螯小鯢科壹新種，並將其命名為“帽兒山小鯢”。
發現了東部黑冠長臂猿
2006年5月，周教授帶領研究團隊在中越邊境的無人區對黑長臂猿進行了追蹤，最終確認了這種珍稀瀕危動物在這壹地區的存在。靖西縣邦良自然保護區所在的中越邊境森林，成為世界上唯壹的東方黑冠長臂猿分布地。周教授的課題組，連續五天五夜不洗不涮，也成了“準黑長臂猿”。
法顯農港隨縣
2004年，周舫的研究生在位於中越邊境的農剛自然保護區發現了壹種以前從未見過的鳥。在了解到它之後，周舫憑自己的專業直覺認為它可能是壹個新物種。隨後的調查證實，它是畫眉草屬的壹個新種，周舫將其命名為“農剛農崗水蘇”，並於2008年在國際鳥類學最權威的雜誌上發表。農剛耳鳥也成為繼1932發現耳鳥之後，中國鳥類學家發現並命名的第二個鳥類新種。這是時隔70年後，中國乃至東亞首次記錄到壹個新的鳥類物種。