主要是宗教差異。
巴以沖突的源頭——聖殿山
古猶太經典記載:“世界可以比作壹個人的眼睛，眼白就是環繞世界的海洋；眼睛是人生活的地球；小學生是耶路撒冷；瞳孔裏的臉是太陽穴。“耶路撒冷的聖殿山，因此得名，歷經滄桑，成為伊斯蘭教第三大聖地。巴以半個多世紀流血沖突的最大癥結在於聖城耶路撒冷的地位；爭奪鄴城的源頭和焦點都集中在聖殿山的歸屬上。三年前(2000年)，正是因為當時的利庫德集團領導人沙龍闖入這裏，點燃了延續至今的巴以沖突。
雖然它被稱為聖殿山，但當我們踏入其中時，卻找不到任何山丘的影子。放眼望去，我們只能看到壹個長方形的石頭建築群和郁郁蔥蔥的樹木。其實聖殿山還是古猶太人傳下來的名字。古代猶太經典記載，上帝為了考驗猶太始祖亞伯拉罕，讓他在聖殿山的壹塊巨石上獻祭自己的獨子以撒。在基督教傳說中，這塊石頭也被認為是上帝用泥土碾碎人類的祖先亞當的地方。
公元前10世紀，輝煌的猶太國王所羅門在這裏修建了第壹座神廟，用來存放約櫃、諾亞方舟和其他聖物。聖殿被毀後重建，但在公元2世紀被徹底摧毀，猶太人也被驅逐出故土。
聖殿山的巴勒斯坦人稱這個地方為“聖地”。因為在猶太神廟的遺址上有千年歷史的阿克薩清真寺和金頂清真寺。耶路撒冷也成為伊斯蘭教僅次於麥加和麥地那的第三大目的地。原來的猶太寺廟的遺跡幾乎消失了。
踏上聖殿山，幾乎每壹塊磚都有壹個故事，壹段歷史，或神秘，或悲涼。對於猶太人和穆斯林來說，聖殿山已經深入他們的內心。然而，這種聖地的重疊，立刻轉化為宗教紛爭和歷史恩怨，讓方圓這個不到0.135平方公裏的地方，背負了太多的仇殺和血淚；在某種程度上，它主導了巴勒斯坦人和以色列人之間的對立，直到2000年激化為流血沖突。
在聖殿山，巴以之間不時爆發激烈的槍戰。對於每壹方，他們都對對方的到來不屑和不滿，因為那是自己的聖地。這是壹個敏感的話題。猶太人和巴勒斯坦人都不願意放棄占據民族心理中樞的聖殿山。阿克薩清真寺的西面是西墻。從外觀上看，這堵墻與其他巴勒斯坦墻沒有什麽不同。但由於歷史原因，它成為了猶太人心中最神聖的地方，是古國不朽、民族長壽的象征。猶太人經常聚集在這裏哭泣，所以這裏被稱為“哭墻”。許多猶太人對巴勒斯坦人阻止他們在哭墻祈禱感到不滿。這種情況直到1967年的“六日戰爭”才結束。結果，猶太人用武力占領了整個東耶路撒冷。第二天，拉比和將軍們趕到西墻，撫墻大哭。
因此，許多猶太人堅持認為，以色列絕不能放棄聖殿山。2000年9月，“鷹派”代表人物沙龍通過西墻右上方的小門進入阿克薩清真寺，宣示猶太人與聖殿山的宗教關系。此舉激怒了巴勒斯坦人，成為延續至今的巴以沖突的直接起源。聖殿山從此更加喧鬧。猶太人經常在西墻祈禱，而巴勒斯坦人則在地理的幫助下投擲石塊。然後，在軍隊和警察的幹預下，他們向巴勒斯坦人開槍，甚至闖入清真寺抓人。