與我們吃的其他食物不同，燕窩多為全細胞食物，富含有機生命所需的各種原料。從營養價值上來說，燕窩只是壹種營養有限的低檔食品。
燕窩含蛋白質50%，碳水化合物30%，鐵5%，其他礦物質3%，纖維素1.4%。燕窩的蛋白質主要是上皮細胞分泌的粘蛋白(換句話說就是唾液)，其中只含有1種必需氨基酸(賴氨酸)和3種條件性必需氨基酸(有些人缺乏)。
人體需要8種必需氨基酸，13種條件必需氨基酸。所以燕窩的蛋白質營養價值極低，這壹點已經被動物實驗所證實。用燕窩和另壹種單壹食物餵老鼠，會產生蛋白質營養不良。換句話說，燕窩蛋白的營養價值在於數量，而不在於質量。然而，人們通常只是偶爾吃點東西。所以燕窩在蛋白質方面的營養價值遠不如肉類、大豆等各種高蛋白食物。