1927加入中國國民黨。1927年6月，任“國民黨山東省黨部改組委員會”委員、宣傳部長，參與策劃山東“清黨”。1928年4月，被蔣介石任命為國民革命軍總司令部政治訓練部副主任兼法律部主任。1928五月份到濟南。6月1日，國民黨山東省政府在泰安成立，馮部將軍任主席，何思源任國民黨省政府委員兼教育局長。他在山東長期教育期間，任用的人大部分是北大、北師大、美國的人才，匯集了山東教育界的眾多人才。
1928年5月，南京國民政府教育部組織國立山東大學，組成由何思源、魏宗晉、陳、、王、彭百川、楊良工、楊振聲、易、、、等1人組成的國立山東大學籌備委員會，開始籌備工作。在籌備過程中，蔡元培先生主張國立山東大學應設在青島，並征得教育部部長蔣夢麟的同意。國民政府教育部指示將國立山東大學籌備委員會改為國立青島大學籌備委員會，並除接收原省立山東大學外，利用私立青島大學的校產、校舍籌建國立青島大學，具體工作由何思源負責。
在任期間，何思源還盡力保證大學的思想自由和學術獨立。1929年，山東曲阜第二師範大學上演了壹場《子劍南子》的獨幕劇。這讓孔家非常不滿。他們認為該劇玷汙了孔子的形象，將院長宋煥武告到了南京國民政府，要求禁演該劇。此事引起軒然大波。經過何思遠的調解，最後被降為小事件。這場爭論的背後，其實是學術自由與學術專制的較量。受過西方文明洗禮的何思源站在了學術自由的壹邊。與此類似，他還保護了胡也頻和丁玲。
20世紀30年代，胡也頻來到濟南省立中學當語文老師。胡也頻在教學期間，大力推廣現代文學和普通文學，倡導馬克思主義，影響了許多青年學生。季羨林當時是胡也頻的學生。很快，胡也頻的行動引起了國民黨黨部的註意，驚動了韓福舉。韓福舉原本打算逮捕胡也頻，但在何思遠的勸說下，最終放棄了這次行動。何思遠的這種行為，讓人想起伏爾泰的名言:“我不同意妳的觀點，但我誓死捍衛妳說話的權利。”除了教育，何思源還致力於山東農村的鄉村建設。在他的幫助下，梁漱溟、顏等人多次來到山東，梁漱溟以山東鄒平為根據地，開展了鄉村建設運動。
“七七事變”的爆發，打亂了何思遠建設山東的美好夢想。他必須起來反抗日本侵略者。抗戰時期，何思源的老同學羅家倫總結了抗戰中的壹個怪現象:“武人不投降，文人是漢奸。”羅嘉倫的總結很深刻，但也有例外。至少，山東抗戰的情況和羅家倫總結的正好相反。
抗日戰爭爆發後，在魯北組織軍隊抗擊日本侵略者。1944 12曾任國民黨山東省政府主席兼保安司令。日本投降後，他率部接受了偽省政府和“偽產”。
1945年5月，當選為國民黨第六屆中央監察委員會委員。何思遠早在6月1945就秘密進入山東，9月1回到濟南。何思遠回到濟南後，首先把遠在阜陽的國民黨山東省政府機關搬回濟南，接管了國民黨控制下的山東日本傀儡政權，任命專員、縣長。與此同時，何思遠還試圖收編國民黨地方部隊，收編日偽，擴充武裝。
1946(民國35年)成立國民黨山東綏靖統壹指揮部，由王任主任，何思源、龐敬堂任副主任。(王國民黨中央執行委員會委員)1946 10調任北平市市長。1948年秋，免去北平市長職務。
1949 65438+10月，解放軍發起平津戰役。北平解放前夕，他是北平和談的首席代表，他積極為北平的和平解放奔走。因此，他被國民黨暗殺了，他的公寓被炸了。除了小女兒，他和妻子都受了傷。但他不畏強暴，毅然和其他代表壹起奔赴前線，與中國代表談判，為北平的和平解放做出了貢獻。毛澤東說他“真正代表了公眾的意見”。
何思源的選擇可能與他對經濟體制和國家的理解有關。留學時代，何思遠壹直主張計劃經濟，蘇聯是計劃經濟的典範，這讓何思遠對新政權的經濟政策充滿期待。何思遠在《回憶我的壹生》中說:“我在美國上了三年大學，覺得自己壹事無成。1922年去歐洲，先在德國留學。在德國三年，學習經濟和政治。我認為美國的自由經濟是自私的。他們的想法是“人不為己，天誅地滅”。國家沒有政策和計劃，而德國政府對社會經濟幹預較多，民眾有服從國家管理的習慣。我對經濟政策和規劃問題感興趣，想寫本書。”後來何思遠真的寫了壹本書《論經濟控制》，鼓吹計劃經濟。況且何思遠壹直是民族至上主義者。在他看來，個人必須無條件服從國家。他認為:“自由是民族的自由，而不是個人的自由。”何思源對國家的認知與胡適的主張截然相反。胡適在《自序》中寫道:“現在有人對妳說:‘犧牲個人自由，求國家自由！’我對妳說:‘為妳的個人自由而戰就是為妳的國家自由而戰！為自己的人格而戰，就是為國家的人格而戰！自由平等的國家不是壹群奴隸能建成的！何思遠主張“為國舍己”，最後他選擇了留在家裏。胡適主張“哪裏有自由，哪裏就是我的祖國”。最終，胡適選擇離開中國，去了美國。新中國成立後，何思源多次擔任政協委員，翻譯了許多名著，多次向臺灣省人民廣播，為祖國統壹大業積極奔走。1982年，何思遠病逝於北京。他前半生從政，但在這裏學的是教育和讀書；作為後半生的翻譯，我在享受時光的同時，可能會把家裏的事，世界上的事，都埋在那堆舊紙裏。諷刺的是，在閱讀中，何思源的判斷有些偏頗，對計劃經濟的迷戀有些壹廂情願。畢竟，回顧我們過去的災難，我們的貧窮落後很大程度上源於我們對計劃經濟的迷戀和追求。