瘟疫是從萬歷時期開始的。當時的華北，氣候變化，全國少雨。因此，幹旱的頻率增加了。由於幹旱，大量的動物和人死亡，未經處理的屍體導致了瘟疫的傳播。
其次，明朝中後期，為了擴大耕地，很多人向北遷移到原本屬於遊牧民族的草原上耕種土地，頻繁的交流導致外來物種的入侵，為以後的疫情埋下了伏筆。
後來因為幹旱爆發了瘟疫，老鼠四處遊蕩尋找食物，大部分都湧向了人類聚集的地方。此外，鼠疫桿菌通過老鼠身上的跳蚤轉移到人體，然後因幹旱被迫流亡的人四處奔走，鼠疫傳播範圍更廣。
明末的災難讓老鼠沒有食物，所以它們很虛弱。鼠疫桿菌利用了這個機會，帶著大量病菌逃走了。更有甚者，饑餓的人吃了被感染的老鼠，增加了鼠疫的傳播速度。
據不完全統計，明末死於瘟疫的有幾千萬人。不得不說，明末大瘟疫的危害之大，影響之深，真的是不可磨滅的記憶。