基因組的計算量太大,而且是動態變化的。這個遺傳密碼存在於與人體其他組織不同的發育時期,說明它是大數據。人體內有大量的微生物。寄生環境的重要性在研究我們自身遺傳密碼的同時,也要研究與我們共存的微生物的遺傳密碼。表觀遺傳學是指當基因的核苷酸序列保持不變時,基因表達的遺傳變化。表觀遺傳密碼的分析有助於更好地理解和診斷包括癌癥在內的壹系列疾病,因此成為醫學研究的重要方向。
破解表觀遺傳密碼的主要方法依賴於壹種叫做亞硫酸氫鹽的化學物質。然而,雖然基於這種物質的測序方法是有用的,但它也有許多局限性。最重要的是,亞硫酸氫鹽會破壞它接觸的大部分DNA。修改後的測序資料所剩無幾。賓夕法尼亞大學開發的新方法有效地克服了這壹限制。研究人員引入了壹種叫做載脂蛋白信使RNA編輯酶催化多肽(APOBEC)的脫氨酶。這種DNA脫氨酶可以有效區分細胞色素的修飾狀態,類似於亞硫酸氫鹽的作用,但不會損傷DNA。
與亞硫酸氫鹽測序相比,新方法需要的DNA輸入要少得多,只有最後的千分之壹。過去,壹些表觀基因組研究因樣本不足而難以開展,因此測序所需的DNA輸入量大大減少,這意味著測序的應用範圍將擴大,有助於推動這類研究。研究人員表示,新方法克服了基於亞硫酸氫鹽的測序方法的諸多局限性,擴大了表觀基因組分析的範圍,為研究表觀遺傳密碼提供了新的手段。這對進壹步了解神經系統發育和腫瘤形成等復雜的生物學過程具有重要意義。