鄧教授十分重視各種理論的研究，善於博采各家之長。又強調臨床驗證中各流派的發展，形成了重視調理脾胃的臨床風格；重視各種理論的繼承和發展，從而獲得創新的理論學說；註重學用結合，運用創新理論指導重大疑難疾病防治，並取得重大突破。
鄧教授非常重視各種學說的研究，常說四書是中醫的“根”，中醫的“支”是仲景之後的學說。每個朝代都有其代表人物和作品，是中醫的瑰寶。提高中醫理論水平，需要深入閱讀名醫案、各種學說、名著，博采各家之長，充實自己。
鄧教授早在20世紀30年代就研究中醫經典著作，並在此基礎上廣泛研究各種學說。他曾說:“各種理論的學科是很好建立的。本人擔任過該學科的老師，對其中壹些著名的理論進行了初步的探討，並在臨床中進行了驗證。這方面的好處比較大。”
據指出，仲景之後，對他影響較大的有、、、葉、、、張錫純，尤其是李東垣。鄧教授善於學習別人的理論。如在
在研究脾胃學說時，他梳理了歷代名家的論述，認為脾胃學說是在《內經》的基礎上發展起來的。《金匱要略》提出了“脾旺於四時不受邪”、“肝見病則發於脾”的重要論點，脾胃學說的代表著作是元代的第壹部著作，其中不僅論述了、葉和張的學術觀點。提出“把相關理論集中起來，取長補短，就可以對脾胃學說有壹個完整的認識。”
鄧教授非常重視各種理論學說，在臨床驗證中強調各種學說的發展。“中醫研究壹定要和臨床結合，和幾千年的各種理論結合也很重要。臨床70余年，善於將各種學說的研究成果運用於臨床，從而發揚光大各種學說。他對脾胃學說深入研究後，在多種疾病的治療中，表現出註重調理脾胃，尤其是健脾益氣的臨床風格，註重調理和補益脾胃成為其在臨床實踐中的鮮明風格。1999撰寫《李東垣理論臨床會議》，聲稱其治療冠心病、慢性腎盂腎炎、重癥肌無力、血小板減少性紫癜、閉經、慢性結腸炎、子宮脫垂、胃下垂、腹股溝疝、陽痿等均受李東垣脾胃學說影響。
冠心病的治療“重在益氣化痰”化痰是壹般的方法，配合補氣藥物使用，有利於心陽的恢復。因此，溫膽湯常用於治療心陽虛。“溫膽湯加人參後被同事推廣為“鄧氏溫膽湯”。方中以黨參益氣扶正，丹參活血化瘀，溫膽湯化痰益氣，達氣。自制六味慢肝飲(黨參、茯苓、白術、甘草。和黃皮的葉)用於治療慢性肝炎。根據《金匱要略》“夫治未發之癥，當知肝運脾先健脾”，鄧教授擬定了健脾益氣、扶土抑木的總原則。本方用四君子湯健脾補陽“健脾”；黃皮葉疏肝解毒，氣濁；川痹入肝、胃經，升清降濁，除脾土濕濁。
鎮風湯是治療慢性腎盂腎炎的方劑，即珍珠草、小葉珍珠菜合四君子湯，加桑寄生、百部。立方體的含義是基於脾胃學說。比如張仲景說“脾四時旺，不受邪害”，李東垣說“脾胃百病，皆因內傷”。這種病不僅是邪少而虛多的綜合征。健脾是扶正祛邪的重要舉措。所以用四君子湯來健脾和胃，調動人體的抗病能力。
鄧教授認為，開展中醫研究，應著眼於繼承中醫的理論精髓，提取其科學內核，然後對其進行加工改進，使之成為壹種源於並高於這種理論的理論，即以繼承為基礎，以改進為重點。
他對、、葉等醫家的理論，尤其是的氣血學說及其代表方劑給予了高度評價。指出王對氣血的處理是無妄想癥治療的關鍵，實際上來源於《內經》的氣血學說。血和利，氣和利。如果血液是固體，就應該確定，即像河流壹樣引導它向下流動；氣虛者當取之，這是王重用黃芪的基礎。同時，他還吸收了、葉等醫家診治痰瘀的經驗，並運用於臨床。“廣東地處南方低濕，易聚濕生痰，所以心陽不足，痰多最常見。”“臨床上冠心病患者壹般表現為心陽虛痰濁，而心陽虛(陰)兼血瘀或痰瘀互結者多見於中晚期或心悸梗塞。”冠心病的基本病機概括為:虛實夾雜，痰瘀相關。在此基礎上，進壹步闡釋了“痰”與“瘀”的關系:痰與瘀都是津液的病變，痰是瘀的早期，瘀是痰的進壹步發展，往往相互危害。基於此，提出“氣血與痰瘀相關”的學術論點。"氣血與痰瘀相關"理論是鄧教授在學習、葉、等專家的基礎上，結合臨床實踐創新的理論學說，體現了對各家學說的繼承和發展。
鄧教授註重理論與臨床，強調學用結合，踐行理論與實踐相結合的原則。有人說過:“五臟之間的關系，並不是來源於研究中五行的相互作用，而是中醫在長期的臨床實踐中總結出來的關系。”可見，理論的升華離不開臨床實踐。
鄧教授的五臟學說是以臨床實踐為基礎，融匯歷代學術精華，為中醫臨床診療，尤其是現代重大疑難疾病防治提供思維模式的理論學說。比如早期的研究，鄧教授就是以東源脾胃學說為指導思想的。隨著臨床實踐的積累和對五臟相關理論的進壹步研究，逐漸應用五臟相關理論指導重癥肌無力的診治，重癥肌無力的病機為“脾胃虛弱，五臟相關”。脾胃虛寒，出自高力《脾胃虛寒論》:“脾胃俱損，為真氣元氣，促人壽。”此語是對重癥肌無力本質的認識，重癥肌無力的發病機制始終以此為中心環節，貫穿於疾病的全過程，是疾病辨證論治的重點。五臟相關是建立在中醫臨床實踐基礎上的理論，也是名老中醫對復雜臨床現象的理論總結。
鄧教授對黃芪的運用與如出壹轍。正如鄧教授自己所說:“我在七五期間主持的重點研究課題是‘重癥肌無力的辨證論治與實驗研究’。在治療這種疾病時，我在李東垣的脾胃學說(脾主肌肉)的指導下進行了研究。在治療中，我學習了王清任的理論，重用了黃芪。”從這個角度來看，鄧教授臨床上的成功，是他與其他學派融合的結果，也是他發揮前人學術經驗的結果。正如他總結李東垣的成功經驗壹樣，他提出了傳統的研究方法:繼承前人理論——實踐理論——不斷完善它——創造新的理論。