進化是古代哲學思想中關於自然界發生、發展和變化的自然觀。是對自然界的樸素的認識，認為自然界是變化的、可相互轉化和演變的。而這和柏拉圖所認為的“我們生活的世界只是永恒本質的投影”的本體論觀點相反；柏拉圖的觀點對西方產生深遠影響。亞裏斯多德（Aristotle）師從柏拉圖，提出自然現象過程的目的性，將生物按簡單到復雜分成壹個系列（即“存在體巨鏈” the Great Chain of Being）。他同柏拉圖壹樣認為物種具備固定本質，世界永恒不變，從而排除了進化論思想。而這個觀點對中世紀基督教思想影響深遠。自然神學的最早提倡者托馬斯·阿奎納（Thomas Aquinas）用此觀點闡述神創論，認為生物界秩序是神創的證據。“存在體巨鏈”是前達爾文生物學影響力最大的隱喻，自然神學使得人們開始在神創論的框架下研究生物學。
公元前六世紀，古希臘哲學家，米利都學派的泰勒斯（Thales of Miletus）觀察水存在普遍性的自然現象啟發，並依據希臘神話中水神俄刻阿諾斯（Oceanus）創生世界思想的激發；提出處處有生命和運動，水是萬物的本源。
泰勒斯的學生阿納克西曼德（Anaximander）認為水的存在需要被解釋，水從何而來，它如何轉化為萬物？阿納克西曼德提出世界的本源是“無限”（apeiron，也有翻譯為“無定者”），它包圍著我們身處的這個世界的壹切，它可以轉化成我們熟悉可感知的各種實質，並且促使它們之間相互轉化。他的壹句名言：“事物生於何處，則必按照必然性毀於何處；因為它們必遵循時間的秩序支付罰金，為其非公義性而受審判”（這也是中國“葉落歸根”的哲學）。“無限”是永恒的規律不斷擴張中產生不公正而維持的平衡，正如有光明就會有黑暗、有寒冷就會有溫暖。任何元素都不能逾越永恒的界限無限擴張。希臘神話中，無論多麽強大的神也無法逃脫命運的兆示，我們也就不難理解俄狄浦斯的悲劇……。
正是這壹觀念，結合關於海妖的神話傳說，為後人創立“美人魚”這壹形象提供了藝術靈感。而美人魚的形象又極大的豐富了文化和藝術。正式場合的無吊帶晚禮服，其設計靈感就是來源於美人魚傳說。這種永恒的正義力量，在世界的鬥爭中始終處於壹種中立的地位。在不平衡的永恒運動中，世界被演化出來，而不是被神創造出來。阿納克西曼德認為人像其他物種壹樣是從魚演化出來的，這是最早的進化論觀點。
在生物學領域，卻依舊是自然神學所統治。自然神學認為上帝建立自然法則，自然法則以機械的方式構造了宇宙，上帝從此再沒有幹預。其方法是，通過研究機體對環境的適應來理解神創的意圖。十七世紀，牛頓周圍的偉大科學家羅伯特.波意耳（Robert Boyle）和約翰.雷（John Ray）都宣揚這種自然神學，1802年威廉.佩利（William Paley）出版《自然神學》壹書，使得這種認識達到鼎盛。十五世紀末，文藝復興開啟了現代科學的先河。哥白尼、伽利略的發現從根本否定了，壹神信仰導致的人們對自然認識的自我中心主義信條；向人們展示了壹個前所未聞、無比遼闊的宇宙。牛頓的《自然哲學的數學原理》闡述了解釋行星運動的萬有引力；笛卡爾（Rene Descartes）的機械哲學學說，將復雜簡化為簡單機制的思想影響深遠……。
自然神學家將“適應性”視為生物的基本現象，並認為它充分體現了上帝的存在與屬性，我們將其稱為“非進化論的適應主義”。法國博物學家居維葉（Georges Cuvier）就是持這種觀點，他比較了不同生物種的解剖差異，重建化石形態，認為功能是劃分物種的基礎；並將林奈的分類體系擴展為化石種和現生種壹起歸類。通過研究不同時間的地層序列，居維葉認為地層劇烈變化表明地質災難的存在，提出“災變論”。這觀點成為了古老地球神創論的解釋基礎，即多次創世。這並對文化影響深遠，絕大部分神學家承認地質年齡超過數百萬年，聖經記載的壹天是更長時間的隱喻。
1830年查理斯?萊爾（Charles Lyell）出版《地質學原理》提出截然不同的觀點，即均變說；復興了詹姆斯·赫頓（Hutton）的觀點。對於地質科學而言，陸地上出現沈積巖的兩種爭論壹種是“水成論”，另壹種就是赫頓的“火山論”。均變說，對後來的達爾文有很大影響，並用其過程的累積效應來解釋生命的進化。