斯賓諾莎與笛卡兒的觀點的最大區別就是對上帝的態度截然相反。對笛卡兒而言，上帝的存在是顯而易見的事實，而在斯賓諾莎那裏，上帝被整個自然所取代。這就是斯賓諾莎著名的自然神論，又叫泛神論。
斯賓諾莎認為，實體不能由其它東西產生，存在必然是它自身。他繼承笛卡兒的觀念，認為實體有無限多的屬性，人們只知道兩種，即思維和廣延。這兩種屬性構成了我們所知道的自然界的壹切。任何事物都是由這兩種屬性構成，大自然才是引領壹切的創造者，即是說，自然才是創造壹切的神，是真實的上帝，而聖經中所說的上帝是不存在的，是人們幻想和虛構的事物。他明確地說，上帝不是壹切，壹切均在上帝之中，大自然本身就是上帝，而實體就是神。
既然任何實體都由思維和廣延這兩種屬性組成，斯賓諾莎據此認為，所有獨立的實體都是有生命的，.每壹個有形體的事物的觀念就是它的靈魂。所有的精神活動，所有的物質活動都是自然的壹部分，都是神的壹部分。自然法則是所有事物的內在原因，也是支配世界的真正的上帝。而每個個體都是整體的壹部分，都是自然的壹部分，既相對獨立又屬於整體。當然，斯賓諾莎所說的神已經不會自身創造超自然的奇跡，而是只能遵從自然規律，象數學推理論證壹樣發生演變。所以壹切結果都是必然的，世界沒有偶然性。
斯賓諾莎和笛卡兒壹樣，對數學方法在哲學方面的應用非常感興趣，對演繹法有很深的造詣。他《倫理學》就像歐幾裏德的《幾何原本》壹樣，充滿了許多的定義、公理、定理，當然這些非同尋常的寫作方法未必會得到其它人的理解和贊同，因為沒有多少人會對這些深奧的哲學命題來作數學式的解答，所以在很長壹段時間裏斯賓諾莎幾乎被湮沒了，直到17世紀末，法國人貝勒在其名作《歷史批判辭典》中對斯賓諾莎作出了較高評介之後，人們才開始重新認識到他的價值。
《倫理學》分為三部分，形而上學，心理學，倫理學。形而上學直接繼承於笛卡兒，心理學則取長於霍布斯，倫理學部分則獨樹壹幟，充分展示了斯賓諾莎哲學最有價值的部分。
他認為，人是自然的壹部分，人的自然本質決定了人的本性就是要自我保存。因此，追求個人利益乃是人的最高自然權利，是人性的普遍規律和唯壹的道德基礎。這是他的倫理學的出發點。由此出發，他認為，善與惡的標準是是否有利於自我的保存。人的自我保存的意圖與身心聯系時就產生情感，痛苦、快樂、欲望是人的三大情感。人的最大快樂是獲得至善，而獲得至善就意味著人的心靈與真個自然獲得完全的壹致。
既然世界是由自然法則決定的，那麽人還有改善自身的必要嗎？斯賓諾莎是這樣看待這個問題的，他認為，世界雖不可以變更其必然性，但在壹定的範圍之內，個體可以根據自身的認識來改變周圍的環境，當然這種改變將會被限制在壹定的範圍之內，由此他不認為人的認識能力和改造能力是無窮的。人只能根據自身的能力去做能夠做的事，並且壹定要遵從自然的法則，人才能獲得相對的自由。斯賓諾莎指出，使人無法獲得真正幸福與和諧的是人內心的種種與自然不和諧的欲望，人如果能夠體悟到每壹件事的發生都有其必然性，人就可以憑直覺理解整個大自然。人就會很清楚地領悟到每件事情都有關聯，每件事都是壹體的，人就可以以壹種完全和諧的心態來理解世間的事物。他在《倫理學》結尾寫到，“賢達者，只要他被認為是賢達者，其靈魂絕少擾動，他按照某種永恒的必然性認識自身，認識神，認識物，決不停止存在，而永遠保持靈魂的真正的恬淡自足”。這樣的思想同中國古代的道家思想如出壹轍。
和當代科學界認識不同的是，時間現在被視為壹種獨立的實體。而斯賓諾莎認為時間根本不存在，它只是人們根據自身需要的壹個虛構之物。他說，“只要在精神在理性的指示下理解事物，無論那觀念是現在事物、過去事物、或未來事物的觀念，精神有同等感動”。對神（自然）來說，年月日毫無關系。
斯賓諾莎的哲學理論基本上從神學的桎梏之中擺脫了出來，使人們從自然的角度重新認識這個世界。
從系統學的角度來說，他的關於自然法則的論述，實際上已經闡述了系統關系和系統規律的基本知識，對於人們認識物質世界本身有莫大的益處。但是他的認識是表面的，淺層次的，雖然他的邏輯推理花費了他的大量精力。他的辯證法已經使他擺脫了形而上的困擾，卻又進入了機械決定論的泥潭。盡管如此，斯賓諾莎仍然稱得上是壹位開拓性的人物，特別是後來的唯物論學者，包括謝林、費爾巴哈、馬克思等人都從他的理論中獲得過靈感。
斯賓諾莎本人面對教廷的威嚴，敢於奮然直陳，甚至遭到暗殺也不改初衷，其認識真理的精神實在可貴。羅素在《西方哲學史》中這樣評價他，“斯賓諾莎是偉大哲學家當中人格最高尚，性情最溫和可親的。按才智講，有些人超越了他，但在道德方面，他是至高無上的”。