留存今世的清朝中央機構歷史檔案中，有壹部分為皇室問疾治病的脈案和用藥處方，這些醫療檔案文獻的最初形成者，就是當年清朝的宮廷醫療機構——太醫院。
設立於順治元年（1644年）的太醫院，歷經清宮十朝，壹直主掌宮廷醫療之事。初設時，置院使壹人，左、右院判各壹人，以掌院事。
後於乾隆五十八年（1793年）又特簡管理院事王大臣壹人領院務。院判以下屬官數額，歷代多經添裁，至光緒年間為：禦醫十三人，吏目二十六人，醫士二十人，醫生三十人。
職官品秩原定為：院使正五品，院判正六品，禦醫正七品，吏目八、九品各十三人。至宣統元年（1909年），經時任院使的張仲元疏請，晉院使以次各官品秩為：院使正四品，院判正五品，禦醫正六品，吏目八品改為七品，九品改為八品。
職官中除管理大臣為滿族官員外，其余均為漢員。為使醫官素質能維持在較高水平，太醫院規定，倘有員缺時，除院使由左院判升補，左院判由右院判轉補，右院判由禦醫升補外，其余禦醫、吏目、醫士出缺，均要經考試擇學業醫術精良者按級遞升。對初進院的醫生，須是通曉醫理並身無過犯者，並要自取同鄉京官印結後，赴太醫院具呈報明驗看；再取本院醫士、醫官保結，由院官面試，認為確屬醫學可造就者，方才準其在院學習候試。待醫生缺出，再經考試頂補。太醫院設有教習廳，選品學兼優的禦醫、吏目任教習，將初進院醫生和醫官子弟均送入學習。
到同治六年（1867年）又設醫學館，於每年春秋二季對醫士、醫生、學習生進行考試，並根據成績列出等級，準備按名升補。每隔六年，還要會同禮部舉辦大考。吏目以下人員均須參加。由院官考核每人的文理、醫學等科目，分別去留，列出等級，並咨行吏禮二部註冊備案。
若醫官因重病不能效力時，經院官驗實可奏準告退，病愈仍補原缺。如發現推諉托故不歸而在外行醫者，嚴加議處。
太醫院內的醫療部門，最初分為大方脈、小方脈、傷寒、婦人、瘡瘍、針灸、眼科、口齒、咽喉、正骨、痘疹***十壹科。後咽喉並入口齒，痘疹並入小方脈，成為九科。至光緒年間，傷寒、婦人並入大方脈，瘡瘍改為外科，針灸、正骨停辦，成為大方脈、小方脈、外科、眼科、口齒五大科。院內各醫官平時習業，皆須專精壹科。