懷海對禪宗面臨的形勢具有清醒而深刻的認識。他決心實行教規改革，為禪宗的發展掃清障礙。他提出：“我們修行的是大乘法，豈能受屬於小乘系統的戒律、教規所束縛？”有人建議說：“《瑜伽論》、《瓔珞經》是大乘戒律，我們何不奉行這兩部經典的規定？”懷海對於這種完全照搬印度教條的意見也不贊同，他說：“我們應該博采大小乘戒律規制的合理部分，根據需要，自己制定壹套盡善盡美的新制度！”懷海這麽說了，也這麽做了，他根據實際情況制訂出壹系列切實可行的新規制。首先是創意別立禪居，即創立獨立的禪院、禪寺，不與律寺混雜。禪院(寺)中不立佛殿，唯樹法堂，表示佛法不依賴言象，只靠師傅的啟發和僧人自身的體認。這是將惠能“不立文字，教外別傳”的主張制度化了。又調整叢林中師徒、同學間的關系，打破舊寺院中尊卑、貴賤分明的等級結構，令僧徒不論高下，盡入僧堂。堂中設長連床，施橫架掛搭道具。僧徒睡覺的姿勢規定為斜枕床唇，稱為帶刀睡，旨在保證僧徒的身心健康。又規定悟道最深、德高望重的禪僧為化主，稱為長老；獨住壹室，稱為方丈。長老說法，僧徒在法堂分列東、西兩行立聽，賓主問答，激揚宗要。僧徒排列的次序，唯由出家時間即僧齡而定，不問出家前的貧富貴賤。上述內容，屬於生活和修行參學方面。
在生產方面，懷海倡導普請法，即自長老以下不分長幼普遍參加生產勞動，提出“壹日不作，壹日不食”的口號，並身體力行，“凡作務執勞，必先於眾”。負責管理生產的僧人見懷海年邁帶頭參加勞動，於心不忍，暗暗把懷海的生產工具收藏起來。懷海到處找不到工具，就不吃飯，以貫徹“壹日不作，壹日不食”的原則。普請法的提出以及懷海模範實行這壹制度，徹底否定了舊戒規輕視勞動、反對僧人勞動的內容，使僧徒勞動變成必要和光榮的事，從而開辟了壹條農禪結合的道路，使禪宗迎來了更大的發展，也使我國各地禪僧分布的丘陵地和淺山區得到了很好的開發。
此外還有關於禪院事務的其他種種規定，懷海將它們編為壹書，稱為《百丈清規》，或稱《禪門規式》。這壹清規在百丈叢林推行開後，天下禪僧紛紛仿效，很快風行於全國。可惜《百丈清規》在宋代就已失傳，當時禪林行用的是宗頤編的《禪苑清規》。元代朝廷令百丈山禪僧德輝重編清規，題名為《敕修百丈清規》，***8卷，但已非百丈清規的原來面目了。
懷海生於唐開元八年(720年)，元和九年(814年)示寂，享年95歲。穆宗長慶元年(821年)，敕謚大智禪師，塔曰大寶勝輪。
懷海的弟子，《景德傳燈錄》載為三十人，其中以靈佑和希運為上首。希運傳臨濟義玄，形成臨濟宗，靈佑***慧寂創立溈仰宗。 有壹天，他陪馬祖散步，聽到野鴨的叫聲，馬祖問："是什麽聲音？""野鴨的叫聲。"過了好久，馬祖又問："剛才的聲音那裏去了？"懷海答："飛過去了。"馬祖回過頭來，用力擰著懷海的鼻子，懷海痛得大叫起來。馬祖道："再說飛過去！"懷海壹聽，立即省悟，卻回到侍者宿舍裏哀哀大哭。同舍問："妳想父母了嗎？"答："不是。"又問："被人家罵了嗎？""也不是。""那妳哭什麽？"懷海說："我的鼻子被馬大師擰痛了，痛得不行。"同舍問："有什麽機緣不契合嗎？"懷海說"妳去問和尚去吧。"同舍就去問馬大師："懷海侍者有什麽機緣不契合？他在宿舍裏哭。請和尚對我說說。"大師說："他已經悟了，妳自己去問他。"他回到宿舍後，說："和尚說妳悟了，叫我來問妳。"懷海呵呵大笑。同舍問："剛才哭，現在為什麽卻笑？"懷海說："剛才哭，現在笑。"同舍更迷惑不解。
壹次，懷海禪師上堂說：
靈光獨耀，迥脫根塵。
體露真常，不拘文字。
心性無染，本身圓成。
但離妄緣，即如如佛。
意思是說靈光獨自閃耀，就可以脫離塵世的牽累。本性顯露，真理永恒，無須拘泥於語言文字，心性清凈，沒有汙染，本來就已圓滿完成。所以只要遠離虛妄塵緣，就可以覺悟。
有壹天，眾人都在外面勞作，突然壹個和尚聽到了鼓聲，便扛起工具，大笑而歸。百丈懷海感慨道："真是壹個好釋子！與觀音菩薩聽音入理有同工之妙！"百丈禪師回去後問那個和尚："妳剛才明白了什麽道理？"和尚說："剛才肚子正好餓了，壹聽到鼓聲，我便趕緊回來吃飯。"百丈聽後，哈哈大笑。 懷海禪師對禪宗的又壹個巨大貢獻就是訂立了天下聞名的禪門清規《百丈清規》，他總是親自實踐帶頭勞動，年老了也不停止在外勞作。據說百丈懷海禪師九十四歲時，還與弟子們壹起勞動。有壹次，弟子們把他的農具悄悄地藏起來了，想讓他休息，百丈說："我沒有什麽德行，怎麽敢讓別人養著我呢？"所以，當天他沒有參加勞動，也沒有吃飯。百丈懷海就這樣告誡他的弟子們要"壹日不作，壹日不食。"這句話成為千古傳頌的佳句名言。