帝服喪二十七天。期滿的第二天，只有皇帝和張輔、楊士奇三人仍著喪服上朝，滿朝文武皆更換服裝，由此朱高熾對楊士奇更加敬愛，逐步提拔他為少保、少傅，後又命他兼任兵部尚書，開啟了內閣直接插手六部具體行政事務的先例。不久，楊士奇成為內閣首輔，位次列於內閣其他同僚之上，逐漸填補了朱元璋廢除丞相後留下的巨大的權力真空。
楊士奇與仁宗皇帝關系極為融洽。朱高熾特地賜給楊士奇及楊榮、金幼孜和夏原吉每人壹顆銀印，上刻“繩愆糾繆”的格言。楊士奇可以用此印密奏關於貴族甚至皇族胡作非為的案件，擁有了皇帝賜予的特權，對於及時有效地揭露貪汙腐化、改善政治風氣起到至關重要的作用。當時李慶建議朝廷將軍隊所屬多余軍馬給予地方官吏，楊士奇上疏反對，朱高熾為了不使他過多樹敵，故意沒有批準楊士奇的奏折，而借陜西按察使陳智上奏的機會駁回李慶的建議，君臣的相得由此可見壹斑。
楊士奇利用得天獨厚的條件極力促使朱高熾變成壹個開明有為的君主。
朱高熾監國時，禦史舒仲成曾得罪過他，他即位後便想將其治罪。楊士奇認為這樣做，將使言官不敢說話，朱高熾於是打消了自己的念頭。大理卿虞謙、大理少卿弋謙也因上疏言事得罪朱高熾，由於楊士奇的調解才沒有獲罪。言路因此得以暢通，下情得以上達。朱高熾即位後，許多文武大臣歌舞升平，楊士奇卻反其道而行之，讓他居安思危，看到“流徙尚未歸、瘡痍尚未復、民尚艱食”①的社會現實。朱高熾甚為感激，特地創制了“楊貞壹印”賞賜給他。朱高熾去世，楊士奇成為當然的首席顧命大臣。
洪熙元年（1425），朱瞻基繼承皇位，是為宣宗，他既具備父親的文才，又具備祖父的武略。“三楊”繼續留任內閣，他們定期上朝覲見皇帝，討論較為迫切的具體事務。他們可以直接向皇帝呈遞密封的奏議，並對官員呈遞的奏議提出適當的答復，供皇帝禦批，內閣由此成為皇帝與六部的橋梁，控制了決策權。