有以下兩點原因：
1、沒有A+學科。
在第四輪學科評估結果出來時，很多同學和家長都發現，南開大學沒有壹個學科被評上A+學科，要知道985大學裏沒有評上A+學科的院校是非常少的，更不要說跟南開大學排名相差不多的同濟大學還有4個A+學科，更顯得南開大學沒有A+學科非常的突兀。
2、排名下滑。
南開大學曾經是與清華大學、北京大學、復旦大學齊名的大學，被稱為“清北復開”，但是近幾年南開大學已經跟這三所大學拉開了差距，“清北復開”也變成了“清北復交”，排名也逐漸下滑，雖然還在全國前20名之內，但是跟清華北大之間確實差了很多。
教學建設：
國家級特色專業：金融學、經濟學、工商管理、人力資源管理、數學與應用數學、化學、物理學、環境科學、生物技術、軟件工程、計算機科學與技術、微電子學、資源循環科學與工程、歷史學、中國語言文學類、英語、政治學與行政學、哲學。
國家級壹流本科專業建設點：哲學、經濟學、金融學、保險學、國際經濟與貿易、法學、政治學與行政學、思想政治教育、漢語言文學、英語、歷史學、世界史、數學與應用數學、物理學、化學、生物科學、統計學、智能科學與技術、環境科學、工商管理、旅遊管理、財政學、金融工程等。
以上內容參考：百度百科-南開大學