早在明正德(1506——1521)年間，閻若璩的五世祖(高曾祖)居言(字西渠)就因為“世業鹽莢”而僑寓於運河之濱的江蘇淮安，到了明末清初，閻氏家族逐漸衍生、發展為淮安大族。雖然如此，僑居淮安的閻氏家族卻壹直與家鄉保持著密切的關系，閻若璩的高曾祖、高祖、曾祖三代去世後的靈柩，都歸葬於太原晉源區的閻家墳村西的鳳凰山頂，至今仍然是太原壹處著名的勝跡。其祖父世科、父親修齡兩輩，因為當時適逢明代亡國巨變，無法歸葬家鄉太原，只好寄葬於江蘇淮安。
閻若璩出生於明思宗崇禎九年丙子(1636)十月十日亥時。據記載，他在少年時期有“口吃”“體弱”“資質頗鈍，讀書暗記不出聲。”直至十五歲時的壹個冬夜，讀書有所障礙，若璩乃憤發不寐，直至四更天氣，夜寒至甚，他仍然堅坐沈思，忽然感到心靈開朗，如門戶大開、四周壹片光明，從此以後他就“穎悟異常……視書壹過目即成誦”。他以此在屋柱上題寫了壹句格言：“壹物不知，以為深恥。遭人詬問，少有暇日。”閻若璩以上“苦學開竅”的故事，對啟發和教育少年從小樹立“立誌苦學，奮發有為”的上進精神，非常有益。
由於明、清兩代的“科舉”制度規定：考生必須在“原籍”參加考試，所以閻若璩曾經於順治二年(1663)、康熙二年(1663)、康熙五年(1666)、康熙十壹年(1672)、康熙十七年(1678)先後回故鄉太原參加鄉試。但是“文章憎命達，魑魅喜人過。”他始終沒有能夠通過考試、取得功名，進入官場。
閻若璩對歷史的實地考察，起始於故鄉山西之行。出於對家鄉故土和山川草木的深摯熱愛感情，充分利用寶貴的時間，對有關山西、太原的歷史地名、事件和歷史沿革，進行深入的實地考察：他根據《爾雅》《元和郡縣誌》等書，考明太原縣南三裏有地名為“潛丘”者，即取號為“潛丘居士”，以表自己不忘故鄉之情；他對晉祠“汾東王祠”“聖母廟”“晉源神祠”等歷史演變沿革；並州澤藪“昭余祁”之地望；絳州、曲沃壹帶之文物古跡等等亦多有考證研究，並有自己獨到、深刻的見解。
《清史稿》說：“若璩於地理尤精審，山川形勢、州郡沿革，了如指掌……及於人名、類事、訓詁、典制，事必求其根底，言必求其依據，旁參互證，多所貫通。”可見其學術成就之高。閻若璩雖然壹生未能踏上仕宦之途，卻以自己廣博的學問和深厚的知識，以獨自創立的“以實證虛、以虛證實”的科學考證方法，成為清代經學大師和中國古代歷史“考據學”的光榮奠基者。
還要指出的是：閻若璩是古代山西除《康熙字典》編纂者陳廷敬以外的又壹位“帝王之師”。康熙三十八年已卯(1699)，康熙皇帝南巡江、浙，駕幸淮安時，就曾經召見以學問馳名於世的閻若璩，“以禦舟行速，未果”。接著，當時尚為“皇四子貝勒殿下”的“雍正皇帝”，則以手書邀請其至京，據《不足齋筆記》記載：“皇四子以書幣禮致之，先生力疾赴至都中，則相待厚甚。逾於賓友。”又《道古堂集》記載：閻百詩“晚年名動九重，世宗在潛邸，手書延請，復至京師，呼先生而不名。身雖不顯，而道則享也。”
對於此事，《閻若璩先生年譜》則記曰：“正月登車，壹月抵都……三月二十七日進府，殿下止府君跪拜，迎送執手賜坐，日索觀所著書，每進壹篇，未嘗不稱善。凡飲食、藥餌、衣服及幾研、陳設諸物，罔不經心，目擊其經典。命太醫院林大文先生朝夕視，且曰："吾受益先生日正長，"”不料，閻若璩在潛邸中居住兩月之後，卻患“下泄”之疾，神氣委頓，於“六月六日，晨起頓首辭別。殿下固留不可，則命以大床為輿，上施青紗帳，二十人輦之，移城外十五裏，如臥床不覺其行也，言笑自若。”於康熙(甲申)四十三年(1704)六月初七日卒於京師館舍。享年六十九歲，世宗憲皇帝於康熙四十三年(1704)六月十七日，親書挽章致祭曰：“先生挺出群賢之標，家世奕奕，衣冠而朝……不為榮利，沈思經籍……下筆吐辭，天驚石破，讀書等身，壹字無假。”可以說：在清代，受到如此殊榮的“帝王之師”，僅有“太原閻若璩”壹人。
閻若璩的著作有：《古文尚書疏證八卷》《毛朱詩說壹卷》《四書釋地六卷》《潛丘劄記六卷》《困學記聞二十卷》《眷西堂詩集》等。他的壹生，表現出不盲從古人和不迷信權威的獨立思考精神；重視實踐、追求真理、不務虛假的科學、踏實的人生態度；不媚從權貴、以學問為崇的坦蕩、正直人格。他除了與太原傅山、昆山顧炎武的交往以外，還和當時著名學者余姚、黃宗羲、屈大鈞等有著廣泛的交往和友誼。其聲望和名譽並不在傅山、顧炎武等人之下，是壹位對中國史學產生廣泛、巨大、深遠影響的著名歷史人物。
閻若璩在幾次回到故鄉太原期間，曾經多次拜訪、會晤比自己年長三十歲、當時已經名播天下的傅山先生，“傅山先生長於金石、遺文之學，每與會晤，窮日繼夜，不少衰止”；他還與不遠千裏前來太原拜訪傅山的著名學者、江蘇昆山顧炎武先生切磋學問，顧炎武“以所撰《日知錄》相質，即為改定數條，顧虛心從之”；他在赴京師赴“博學宏詞科”考試時，曾與當時的“翰林編修”汪琬相交，為其所著《五服考異》糾謬數條，汪琬無言而從。閻若璩因此在京師聲名大振。當時是“尚書”之位的徐幹學向他指問《經》學，“先生應答自如”。“徐大嘆服，即邀至邸，延為上客。每詩文成，必屬裁定，”後來徐幹學奉敕纂修《大清壹統誌》，乃邀請當時已經五十四歲的閻若璩擔任《壹統誌》的分纂工作。閻若璩又用十余年，終於完成了《大清壹統誌》的編纂工作。
《尚書》是中國第壹部古書，與《詩經》《周易》《禮記》《春秋左傳》等並稱為“五經”。是壹本文字艱深、內容難解、古代讀書人必讀的書籍。它經歷秦始皇焚書坑儒，由人秘密收藏才得以保存下來，被稱為《今文尚書》(二十八篇)，到了漢武帝時，又在山東孔府發現壹部《古文尚書》(四十四篇)，至唐初由孔穎達將二者合而為壹。閻若璩在二十歲時，讀《尚書》至古文二十五篇，即懷疑其是偽作之書，於是潛心研究了三十余年，采用“以虛證實，以實證虛”的考證方法，盡得其癥結所在，寫成《古文尚書疏證》八卷，在學術界確立了自己牢固地位。
在閻若璩之前，中國史學雖然早就有“考證”之學，但學者們多是采用在狹隘的書齋中埋頭苦讀、閉門造車，以虛辨虛的治學方法，這樣研究得出的學術見解和結論，雖然比不辨真偽、盲從前人進了壹步，但是這種知識畢竟還是與真正的學問和客觀的情況存在著相當的距離。
針對以上情況，閻若璩首創采取了“以虛證實，以實證虛”的治學方法，他把司馬遷“讀萬卷書，行萬裏路”的治學精神貫徹運用到自己的史學研究當中，在古代交通條件落後、困難的情況下，不辭勞苦地跋涉山水，把讀書過程中發現的相關問題放回到實踐中加以研究、考察，經過實事求是的抓梳剔除和審慎嚴密的思考分析再作出判斷，對相關的疑難問題作出確切、明白的科學解釋，在很多存在分歧的學術問題上，都能夠說出翔實有理的證據和見解，真正做到“言而有據，實而有證”，使存疑者豁然開朗，使異見者無言以對，他的這種科學作風，不僅為後世學人樹立了壹代師範和楷模，而且更使得後世讀者能夠通達順暢地跨入知識殿堂的大門。歷史研究的科學發展證明：這是壹種值得學術界和讀書界高度提倡的科學態度和治學方法。