1966年，《萌芽》被迫停刊。
1981年，《萌芽》雜誌復刊。復刊後的《萌芽》很快便博得了廣大青年讀者的喜愛，發行量直線上升，刊物發表了壹大批優秀文學作品，也培養了壹批有才華的青年作家，復刊後的《萌芽》在新時期的文學創作活動中占有壹席之地。
根據文化市場的需要1996年壹月號《萌芽》又進行了改版，萌芽的辦刊目的不僅在於培養青年作家、少年作家，同時也為了提高廣大青年讀者的文學素養。改版後的萌芽更貼近生活、貼近校園和青年學生，既是壹本青年文學刊物又是壹種青年文學修養性讀物，《萌芽》的品牌欄目有：小說家族、校園清泉、青春心事、校園掃描、第壹類接觸、異域傳真、社團之頁等等。由學生自己擔綱編輯的刊中刊（AMAZING）不斷推出"詞條作文"、"超時空小說大系"、"才子作坊"等驚奇文章。萌芽的廣告語在壹定程度上表達了萌芽的風格：用壹本雜誌來體驗青春，用壹本雜誌來感受文學。大約3,4元吧.如果是小學生的話，有《兒童文學》。
如果是中學生的話，有《中學生》,《花季雨季》……