盡管呂祖謙壹生屢遭不幸，但在學業上體現的那種寬宏函容和兼收並蓄的精神，仍使他獨樹壹幟，成為南宋壹位重要學者和思想家。清代學者全祖望在校補《宋元學案》的過程中，很能發現呂祖謙為學的特點，他說：“宋乾、淳以後，學派分而為三：朱學也，呂學也，陸學也。三家同時，皆不甚合。朱學以格物致知，陸學以明心，呂學則兼取其長，而復以中原文獻之統潤色之。門庭徑路雖別，要其歸宿於聖人則壹也。”他還說：“小東萊之學，平心易氣，不欲逞口舌以與諸公角，大約在陶鑄同類以漸紀其偏，宰相之量也。”這確是呂祖謙的風格和為學特點，而表現這壹風格和為學特點的，莫過於他促成了朱、陸的“鵝湖之會”。
所謂“鵝湖之會”，是指以朱熹為首和以陸九淵為首的兩個針鋒相對的學派，於淳熙二年（1175）在江西信州鵝湖寺舉行的壹次辯論會，這是我國哲學史和思想史上壹次重要的聚會，為時三天，於當年六月八日結束。《象山全集》所附《年譜》，引有陸九淵門人朱亨道的壹段話：“鵝湖講道，切誠當今盛事。伯恭蓋慮陸與朱議論猶有異同，欲會歸於壹，而定其所適從，其意甚善，伯恭蓋有誌於此。語自得，則未也。”呂祖謙自己亦曾回憶此事說：“某留建寧凡兩月余，復同朱元晦至鵝湖，與二陸及劉子澄諸公相聚切磋，甚覺有益。元晦英邁剛明，而工夫就實入細，殊未可量；子靜亦堅實有力，但欠開闊耳。”壹個“就實入細”，壹個“欠開闊耳”，壹褒壹貶，判然分明。足見就總體來說，呂祖謙是傾向於朱熹，而對陸九淵是有所批評的。
呂祖謙十分註意讀史。朱熹對呂學有所評述。壹次，門人黃義剛向老師“問東萊之學”。朱熹便回答他：“伯恭於史分外仔細，於經卻不甚理會。”又壹次，朱熹問他的門弟子吳必大：“向見伯恭，有何說？”必大回答：“呂丈勸令看史。”朱熹對此很不滿意，發議論說：“他此意便是不可曉！某尋常非特不敢勸學者看史，亦不敢勸學者看經。只《語》、《孟》亦不敢便教他看，且令看《大學》。伯恭動勸人看《左傳》、遷《史》，令子約諸人擡得司馬遷不知大小，恰比孔子相似！”這裏朱熹的意見顯然十分偏頗，既不勸學者讀史，也不勸學者看經，甚至連《論語》、《孟子》“也不敢便叫他看”，而只令“看《大學》”壹種，也不過是自己的壹己之見，並沒有什麽十足的道理可言。
呂祖謙既重視讀史，他勸人看《左傳》、讀《史記》便是理所當然的了。呂祖謙十分重視通史，他留下的未竟史著《大事記》12卷（通釋3卷，解題12卷），就是壹部本擬“起春秋，後訖於五代”的編年體通史。可惜天不假年，他只寫到漢武帝征和三年便去世了。不過，從他留下的這部分書看，這是壹部嚴謹的史著，連對呂祖謙教人讀史頗有微詞的朱熹也不得不承認，“其書甚妙，考訂得子細”。這部書，每個事目都註明出典，如周敬王四十壹年（即魯哀公十六年），“夏四月，孔子卒”。便註明：“以魯史、《左傳》修。”每條都如此，壹絲不茍。本書另附通釋3卷，解題12卷。呂祖謙說：“《大事記》者，列其事之目而已，無所褒貶抑揚也。熟復乎通釋之所載，則其統紀可考矣。解題蓋為始學者設，所載皆職分之所當知，非事雜博、求新奇，出於人之所不知也……凡所記大事無待箋註者，更不解題。”可見解題就是箋註讀這壹條應當掌握的知識。仍以上條“孔子卒”為例，解題說：“魯史、《左傳》皆書己醜。杜預曰，四月十八日乙醜，無己醜；己醜五月十二日，日月必有誤。孔子生於魯襄公二十二年，至是年七十三。”這的確都是“職分之所當知”的事。而通釋，則正如陳振孫所說，是“經典綱要，孔孟格言，以及歷代名儒大議論”。“學者考通釋之綱，玩解題之旨，斯得先生次輯之意雲”。
呂祖謙於讀史極下功夫，有《十七史詳節》273卷傳世。誠如清代四庫館臣所說：其書“所錄大抵隨時節鈔，不必盡出精要”。看來這是呂祖謙讀史時隨手抄出的，具有選本性質，故得流傳。
另壹較有影響的史著是《東萊博議》，又稱《左氏博議》，雖是“為諸生課試之作”，卻多有呂祖謙的真知灼見。全書***4卷，選《左傳》文66篇，分析透徹，議論明達，不少地方，闡發了他卓越的史學思想。如在《曹劌諫觀社》壹文，呂祖謙便盛贊了史官的直筆。他說：“當是時，人君之言動，史官未有不書者。為君者視以為當然而不怒，為史者視以為當然而不疑，此三代之遺直也。其後管仲之戒齊桓也，曰作而不記，非盛德也。管仲之所言雖是，而已開作而不記之端也。又其後，周王之私犒晉使也，曰，非禮也，勿籍。周王之所舉已非，而且顯然戒史官以勿籍矣。然壹時之史官世守其職，公議雖廢於上，而猶明於下。以崔杼之弒齊君，史官直書其惡，殺三人而書者踵至。身可殺而筆不可奪，鈇鉞有敝，筆鋒益強。威加壹國，而莫能增損汗簡之半辭，終使君臣之分、天高地下，再明於世，是果誰之功哉！”又說：“使其阿諛畏怯，君舉不書，簡編失實，無所考信，則仲尼雖欲作《春秋》以示萬世，將何所據乎？無車則造父不能禦，無弓則後羿不能射，無城則墨翟不能守。大矣哉，史官之功也！”這種對古代史官的高度評論，在理學大盛的南宋，可謂不同凡響，反映了呂祖謙重視史學、重視文獻有征的求實精神。
呂祖謙在任史官時，曾參與編修《徽宗皇帝實錄》200卷，又曾奉旨校正《聖宋文海》，這就是由他重新編選的《宋文鑒》。這部書***150卷，所涉詩文集800余家。其書“斷自中興以前”，保存了北宋大量的詩文。呂祖謙曾對他的侄子呂喬年說：“國初文人尚少，故所取稍寬。仁廟以後，文士輩出，故所取稍嚴，如歐陽公、司馬公、蘇內翰、黃門諸公之文，俱自成壹家，以文傳世，今姑擇其尤者，以備篇帙。或其人有聞於時，而其文不為後進所誦習，如李公擇、孫莘老、李泰伯之類，亦搜求其文，以存其姓氏，使不湮沒。或其嘗仕於朝，不為清議所予，而其文自亦有可觀，如呂惠卿之類，亦取其不悖於理者，而不以人廢言。”都可見呂祖謙在選文時的良苦用心。此書初成，朱熹並無贊辭，但晚年經過仔細研讀，卻說：“此書編次，篇篇有意……其所載奏議，皆系壹代政治之大節，祖宗二百年規模，與後來中變之意思，盡在其間，讀者著眼便見。”足見本書的編選是極有功力的。