《天主實錄》：1630年，利瑪竇翻譯了羅明堅編《新編西竺國天主實錄》。它是最早把星期制度引進中國的。《天學實義》後來被乾隆皇帝收錄在四庫全書中，並有蒙、滿、朝鮮、越南及日文譯本。《幾何原本》：利瑪竇與徐光啟合譯了歐幾裏德《幾何原本》的前六卷。利瑪竇使用《幾何原本》是他在羅馬學院學習用的課本，由利瑪竇的恩師——當時歐洲著名的數學家克拉維烏斯神父整理編纂。克拉維烏斯神父在原本後又增添了兩卷註釋，總***十五卷。
《坤輿萬國全圖》：世界地圖。
《西字奇跡》：（今改名《明末羅馬字註音文章》），是中國漢字拉丁化道路之始。
《二十五言》：關於天主教道德信念準則和修養的書。
《畸人十篇》：利瑪竇同十位中國士大夫的對話集。
《交友論》：收入了古羅馬西塞羅入文藝復興時期人文主義大師愛拉斯謨等人友誼的格言上百則。也有利瑪竇根據他對中國人的思想了解而編寫的。這是利瑪竇所寫的第壹部華文著作。 《交友論》是利瑪竇用中文寫作的第壹部著作。1595年，到達南昌以後，利瑪竇就將《交友論》分贈當地的達官貴人。“這部《交友論》使我贏得了人們的信任，同時，也使人認識了我們歐洲的作為。這部作品是文學、智慧和德行的結晶。
《利瑪竇書信記》：1599年編著。
《西國記法》：壹本介紹利瑪竇本人如何能有過目不忘的能力的書。
《辯學遺牘》：1635年出版，收錄了利瑪竇以天主教觀點與明末凈土宗袾宏和其門生虞淳熙的佛教觀點交流的信件。
《同文算指》：介紹歐洲算術，根據克拉烏維斯所著的《實用算術概論》（Epitome arithmeticae practicae，1583年）譯成。內容由基本四則運算、分數至比例、開方、正弦余弦等三角幾何。由李之藻筆錄，清朝時錄入四庫全書。
《測量法義》：關於應用幾何、測量，由徐光啟筆錄，附《勾股義》。
《圜容較義》：李之藻筆錄。
《渾蓋通憲圖說》：天文學知識，李之藻筆錄。
此外，他還寫過或參與寫過《西琴八曲》《齋旨》《乾坤體義》等著作。
利瑪竇用意大利文寫的日記後經比利時耶穌會士金尼閣（Nicolas Trigault）整理翻譯為拉丁文，出版於1615年，取名《基督教遠征中國史》，漢譯名為《利瑪竇中國劄記》。
1910年，汾屠立神父（Pietro Tacchi Venturi）將耶穌會羅馬檔案館中發現的利瑪竇意大利語原文手稿同其他書稿以題名《利瑪竇神父歷史著作集》（Opere Storiche del P. Matteo Ricci）刊行，***上下兩卷。1942年，德禮賢神父（Pasquale d'Elia）將其編入《利瑪竇全集》（Fonti Ricciane）。
《天主實義今註》，商務印書館出版，譚傑校勘，2014年6月出版。