1、級別不同
特高課是這些間諜特務機關裏面成立最早、級別最高的，梅、竹、菊機關則主要是為了輔助其實現抗日野心，在中國不同的區域實施策反、諜報、抓捕等活動，特高課在日本戰敗後由於其犯下的累累罪行而被解散，至於其他衍生諜報機構也隨著日本的戰敗消亡了。
2、活動區域和任務不同
侵華戰爭開始後，特高課便成為了監視中國人思想動態，取締反日言行；搜集情報；破壞抗日地下組織，偵捕審訊處理特工人員；監視偽高官言行；進行策反誘降等活動的機器。
特高課在日軍偷襲珍珠港、太平洋戰爭中也起了重要作用。
梅機關因選址在上海虹口日本僑民聚集區壹座被稱為“梅花堂”的小樓裏而得名，主要在上海活動。梅機關的主要職責是負責扶植、監視以汪精衛為首的偽國民政府。
後來又更名為“最高軍事顧問團”，實為操縱汪偽政府的頂頭上司。曾代表日本政府與汪精衛秘密簽訂了《日支新關系調整要綱》。
竹機關主要在我國華北地區活動。
菊機關主要在福建地區活動，主要從事策反工作，成功策反了曾任軍長兼閩粵邊防軍總指揮的黃大偉，最終黃大偉叛變投敵，成為了日本走狗。?
3、隸屬不同
特高課全名特別高等警察課，隸屬日本內務省 ，建立於19世紀20年代末，是日本的間諜組織。
梅機關由日本政府和參謀本部於1939年8月22日在上海建立的壹個特務機關，由日本陸軍中將、日本駐汪偽政府最高代表影佐禎昭擔任機關長。
竹機關是土肥原賢二主持的“對華特別委員會”。擴展資料：
知道梅機關、竹機關、菊機關的人很多，很眼熟。沒錯，梅、竹、菊三缺壹——“蘭”。日本確實設有“蘭機關”，是華南日本特務的最高機構代號。主要負責搜集兩廣地區的情報，並策反兩廣地區的高級將領叛變蔣介石政府。?
竹機關主要是為了實施以下陰謀：
1、鳥工作。起用唐紹儀及吳佩孚等壹流人物，釀成強有力的政權趨勢，在政治上削弱抗戰陣營，在中國建立有影響力的偽政權；
2、獸工作。拉攏宋哲元、韓復榘舊部、東北軍舊部、閻錫山軍、石友三軍、劉建緒軍、徐源泉軍及其他的武裝團體，使蔣政權統治下的軍隊（軍閥）瓦解歸順，在軍事上分化抗日力量。
3、山工作。主要是對李宗仁、白崇禧的廣西軍隊進行拉攏；
4、擾亂中國經濟。
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