第壹，互聯網區域發展不均衡，數字鴻溝依然存在。受經濟發展因素的影響，我國互聯網發展也呈現出了東部快、西部慢、城市快、鄉村慢的特點。從基礎設施建設看，我國東部沿海城市互聯網寬帶接入網絡和骨幹網絡教為完善，互聯網普及率較高。
未來兩三年內將形成成熟的互聯網寬帶企業。在西部地區除重慶、成都等城市其他均處於起步階段。我國華北、華東、華南的網站和域名數遠遠多與西南、西北的網站和域名數，這種數字鴻溝的存在可能將會進壹步拉大區域經濟的差距。
第二，網絡與信息安全問題依然嚴峻。隨著互聯網向經濟、社會等領域的不斷擴展，網絡與信息安全問題成為社會關註的熱點。當前在全球範圍內系統安全漏洞出現，2002到2005年我國有關部門接到網絡安全事件報告從1761件猛增到12萬3473件，日均超過338件。同時網上能夠較好體現本民族優秀文化傳統、具有較強吸引力的網上內容還比較欠缺，色情、暴力等各類不良信息仍然存在。嚴重影響未成年人的成長。因此可以說網絡和信息安全問題已經成為困擾互聯網產業發展的關鍵問題之壹。
第三，影響互聯網產業發展的深層次問題依然存在。壹是目前互聯網上的行為缺乏有效約束，虛擬網絡環境下誠信問題較為突出。影響了互聯網向傳統產業和現代服務業的滲透。二是互聯網產業尚未形成有效的競爭和合作關系，抗風險能力不強，產業鏈上各個環節還沒有實現。三是互聯網企業盈利模式單壹，目前綜合網站的盈利集中在無線增值、網絡廣告、網絡遊戲和搜索引擎上，雖然基於Web2.0的博客、波客等發展迅速，但盈利模式不清晰，仍在探索中。四是我國互聯網產業的創新能力不足，在技術上缺乏重大創新和突破。在業務應用和商業模式方面也是在國外公司的後面，對深層次需求開發還不夠。另外我國目前有壹些互聯網增值企業自律意識不足，缺乏社會責任感，侵犯版權等事情時有發生，不正當競爭現象也時有出現，這可以看出我國互聯網市場秩序有待進壹步規範。
第四，互聯網新技術、新業務不斷湧現，對管制提出了更高的要求。目前互聯網業界普遍對VoIP、P2P、搜索引擎十分關註，對現有的管理體制提出了新的要求，也對監管制度和監管能力提出了更高的要求。如何保護運營商網站建設的積極性，鼓勵新技術的出現，給監管帶來了新的挑戰。