鄧禹才識過人，少有知人之明。王莽末年農民戰爭爆發後，綠林軍將領擁立劉漢宗室劉玄為帝，建元更始。綠林豪傑們以鄧禹青年有為，通曉文韜武略，爭相薦舉；但鄧禹深知劉玄庸碌無能，不肯答應。更始元年（公元23年）九月，綠林軍攻克長安，推翻王莽統治。十月，劉玄自南陽北上，建都洛陽（第二年遷都長安），但面臨的形勢仍然十分嚴峻，政令所及，僅限於洛陽、長安、南陽壹帶，其他廣大地區則處於分崩離析狀態，既有起義的農民軍，又有割據的地主武裝，還有壹部分王莽政權舊官吏仍在行使管轄職權；尤以同洛陽近在咫尺的河北地區形勢最為嚴重，光是不相統屬的農民起義軍就有銅馬、青犢、五幡、五校、五樓、尤來、大槍、枟鄉、大彤、高湖、重連、鐵脛、富平、獲索等數十支，眾達數百萬人。所以更始政權建立不久，立即派遣劉秀以破虜將軍行大司馬事名義持節北渡黃河，撫慰河北各州郡。
鄧禹聽到這個消息，立即渡河北上追趕劉秀，追到鄴城（今河北磁縣南）才得相見，促膝談心，為之出謀畫策。他分析了當時的形勢，指出：更始政權腐朽無能，群臣爭權奪利，不能成大事，勸說劉秀“莫如延攬英雄，務悅民心，立高祖之業，救萬民之命”。劉秀對劉玄的所作所為本來不滿，又懷有帝制自為之心，所以對鄧禹的獻策深表贊同，“因令左右號禹曰鄧將軍，常止宿於中，與定計議”。從此，鄧禹成為劉秀帳下參與決策的最親信的謀士。
鄧禹不僅是壹位善於運籌帷幄的謀士，而且他還是壹員勇於沖鋒陷陣的將軍。由於能文能武，故能出將入相，在平定河北、河東和建立東漢政權的過程中發揮了重要的作用。
在更始二年（公元24年）平定王郎的戰役中，劉秀自薊至信都，派遣鄧禹征發數千人，令自將之，別攻拔樂陽。後來，鄧禹又隨劉秀擊王郎橫野將軍劉奉，大破之。在進攻河北農民軍的戰鬥中，鄧禹奉命與蓋延等擊銅馬於清陽，延等先至，戰不利，還保城，為銅馬軍所圍。禹遂進與戰，“大破之”；又從劉秀追銅馬軍至蒲陰，“連大克獲”。
鄧禹不僅能將兵，還能發現將才，舉薦將才。當時任使諸將，多訪於鄧禹，禹每有所舉者，皆當其才，光武“以為知人”。所以在“北州略定”中，他不僅是有定策、薦賢之功，也在征戰中立下了汗馬功勞。
劉秀在略取河北地區的過程中，采納了鄧禹羅致人才的建議，任用了不少有才能的謀臣武將，故勢力發展很快。平定了河北，取得了河內郡。劉秀以河內險要富實，欲選擇諸將中可以守河內的人才，詢問於鄧禹。鄧禹說：“寇恂文武備足，有牧人禦眾之才，非此子莫可使也。”於是，劉秀乃拜恂為河內太守，行大將軍事。
壹、平定河東
這年冬天，樊崇率赤眉軍自潁川（今河南禹縣）分兩路入關進攻長安。劉秀預料赤眉軍必破長安，欲乘機兼並關中，考慮自己先經營山東，而授鄧禹“以西討之略”。乃拜其為前將軍、持節，中分麾下精兵二萬人，遣西入關，令自選偏裨以下的部將。鄧禹以韓歆為軍師，李文、李春、程慮為祭酒，馮愔為積弩將軍，樊崇（與赤眉軍首領樊崇同名）為驍騎將軍，宗歆為車騎將軍，鄧尋為建威將軍，耿？為赤眉將軍，左於為軍師將軍，“引而西”。
光武帝建武元年（公元25年）正月，鄧禹率領所部攻破箕關（在今河南濟源縣西，王屋山南），進入河東（今山西西南部壹帶），圍攻河東郡治安邑（今山西夏縣西北）達數月之久。在安邑以南擊敗前來解圍的更始大軍數萬人，斬更始大將軍樊參。六月，駐守洛陽的更始大將王匡、成丹、劉均等又率十余萬大軍渡河攻鄧禹，鄧禹軍應戰失利，驍騎將軍樊崇戰死。諸將恐懼，勸鄧禹退走，鄧禹不聽，整軍再戰。第二天早晨，王匡悉軍出攻禹，禹令軍中無得妄動；既至營下，因傳發諸將鼓而並進，大破之。王匡等皆棄軍逃走，鄧禹遂定河東。這次以少勝多的戰役，充分顯示出鄧禹的軍事才能。捷報傳至河北後，光武大悅。此時，光武已在鄗邑（今河北高邑縣東）即位，使使者持節拜禹為大司徒，封為酂侯。對其“謀謨帷幄，決勝千裏”、“斬將破軍，平定山西”的功績深加表揚。這時，鄧禹方二十四歲。
二、進出關中
鄧禹攻破王匡後，繼續西進。從汾陰（今山西河津縣南）渡過黃河攻克夏縣（今陜西韓城縣南），又在長安東北的衙縣（今陜西白水縣北）擊敗更始左輔都尉公乘歙所部十萬之眾。這時，赤眉軍攻克長安，關中混亂，百姓聽說鄧禹乘勝獨克而師行有紀，皆望風相攜負以迎鄧軍，“降者日以千數，眾號百萬”。鄧禹部下諸將皆勸他乘勝進攻長安，鄧禹以為，其眾雖多而能戰者少，而且軍糧不足。既無積蓄，又無饋運，而赤眉軍新破長安，財糧充裕，勢不可擋。莫如駐屯長安外圍，略取長安以北的上郡、北地、安定三郡，就糧養士，坐以待變。於是乃引軍北至栒邑（今陜西旬邑附近）。
劉秀以鄧禹久不進兵，下令催促。鄧禹仍堅持己見，自駐北地大要（今甘肅寧縣），督率諸將攻略北邊各郡，同時征兵征糧，而令部將馮愔、宗歆留守栒邑。馮愔為了爭權而殺掉了宗歆，並出兵反擊鄧禹。後來這場叛亂被平息。同時糧食也開始缺乏起來，軍士們皆以棗菜為食。繼而在長安附近又為赤眉軍所敗，被迫退至高陵（長安東北）。
正當處境困難之際，光武令其東還，詔書說：“赤眉無谷，自當來東。吾折捶笞之，非諸將憂也，無得復妄進兵”。建武三年春，鄧禹率騎將軍鄧弘等引兵東歸，行至華陰（今屬陜西）以東，與征西大將軍馮異相遇。馮異正率領所部自洛陽經弘農（今河南靈寶）西進關中，在華陰地區已與東歸的赤眉軍相峙六十余日。鄧禹自以未完成攻占關中的使命，有負劉秀的重托，便和鄧弘壹起要求馮異同他們壹道***攻赤眉。馮異以為赤眉軍尚有較強的實力，不如等待時機，與光武部署在澠池附近的大軍東西夾擊，壹舉殲滅赤眉軍。鄧禹、鄧弘急於成功，不聽馮異的勸阻，向赤眉軍發動了進攻。赤眉軍采取了誘敵之計，“棄輜重走，皆載赤豆覆其上，兵士饑，爭取之。赤眉引還擊之，軍潰亂，……吏士散已盡”。鄧禹率領殘余二十四騎逃奔宜陽（今河南宜陽西），向光武請罪，引咎辭職，繳還大司徒、梁侯（原封酂侯，建武二年改封梁侯）印綬，光武給予免官留爵處分。過了幾個月，又起用為右將軍。建武四年（公元28年），光武命鄧禹率將軍鄧曄等擊破割據漢水流域的延岑，軍威重振。
三、功臣之首
建武十三年（37年），東漢削平各地割據勢力，完成了統壹大業。鄧禹以功更封為高密（今山東高密縣西）侯，食邑達四縣之多。其弟鄧寬亦因鄧禹功封明親侯。東漢初年，光武“以天下既定，思念欲完功臣爵土，不令以吏職為過，故皆以列侯就第”。鄧禹深知光武對待功臣采取的賜以高官厚祿而不令其執掌朝政的旨意，“天下既定，常欲遠名勢。有子十三人，各使守壹藝。……資用國邑，不修產利”。所以“帝益重之”，令其與固始侯李通、膠東侯賈復與公卿大臣參議國家大事。光武中元元年（公元56年）又命其“復行司徒事”，即行宰相之職，這在東漢功臣中是罕見的破例之舉。
明帝即位後，“以禹先帝元功，拜為太傅，進見東向，甚見尊寵”。太傅位在三公之上，是最高的官職。壹般臣僚進見皇帝都是北向，東向是以賓禮相待，這也是十分罕見的事例。永平元年（公元58年），鄧禹逝世，終年五十七歲，謚為元侯，有確認他為中興功臣之首的意思，故後來淩煙閣標名也以之為首。
鄧禹早年雖與光武為布衣之交，但在中興功臣中，他既非首事之臣，也不如後來吳漢、賈復等人功績顯赫，其所以居中興功臣之首，蓋以運籌帷幄之功居多。他曾協助光武，初定取河北以成帝業之謀。後來以知人薦賢名世，並在壹系列決策性問題上發揮了重大作用。如《後漢書》著者範曄所說：“明定帝略”、“勛成智隱”，誠為中肯之言。
鄧禹sǐ後，子孫相繼為高官。南陽鄧氏與扶風竇氏、弘農楊氏、汝南袁氏都是東漢時期顯赫的世家大族。
五、總結生平
鄧禹少時敏慧，13歲便能誦詩，後遊學長安。時劉秀也遊學於長安，鄧禹雖年幼，但見劉秀後，知其非常人，遂跟隨劉秀，數年後方歸家。
王莽末年，農民起義風起雲湧，各地豪強紛紛擁兵自立。公元23年，劉玄稱帝，年號更始，鄉裏豪傑多推鄧禹起事，鄧禹不肯從。更始帝拜劉秀為破虜大將軍，封武信侯，不久命劉秀往定河北鎮撫州郡。鄧禹聞訊，即杖策北渡，追至鄴（今河北省臨漳縣西南）地，始與劉秀相見。劉秀大喜，遂留鄧禹同宿，做徹夜長談。鄧禹進言說：“更始雖都關西（泛指函谷關或潼關以西地區），今山東（秦漢時代通稱崤山或華山以東為山東）未安，赤眉、青犢之屬，動以萬數，三輔假號，往往髃聚。更始既未有所挫，而不自聽斷，諸將皆庸人屈起，誌在財幣，爭用威力，朝夕自快而已，非有忠良明智，深慮遠圖，欲尊主安民者也。四方分崩離析，形埶可見。明公雖建藩輔之功，猶恐無所成立。於今之計，莫如延攬英雄，務悅民心，立高祖之業，救萬民之命。以公而慮天下，不足定也”（《後漢書·鄧禹列傳》）。劉秀大悅，對鄧禹深為敬重，令左右呼鄧禹為鄧將軍，每遇大事，必與商討。
不久，河北割據勢力王郎起兵叛漢，鄧禹隨劉秀被迫離薊（今北京城西南角）至信都（在今河北省邢臺西南），得軍數千人，令鄧禹率領，攻拔廣阿（在今河北省隆堯東）。劉秀舍城樓上，披輿地圖，指示鄧禹說：“天下郡國如是，今始乃得其壹。子前言以吾慮天下不足定，何也？”鄧禹說：“方今海內肴亂，人思明君，猶赤子之慕慈母。古之興者，在德薄厚，不以大乎？”（《後漢書·鄧禹列傳》)。劉秀聞後非常高興。
這期間，劉秀選任將領，多先征詢鄧禹意見，而鄧禹每有所舉，均當其才，因而劉秀深敬其知人。後劉秀派蓋延攻擊清陽不下，為敵所困，鄧禹率軍大破敵解圍，生獲其大將。繼而又隨劉秀連克邯鄲及諸州郡，河北略定。
更始二年（公元24年），赤眉軍西入函谷關。更始派定國上公王匡、襄邑王成丹、抗威將軍劉均及諸將，分據河東、弘農以拒之。赤眉軍人多，王匡等莫能當。劉秀估計長安將來必為赤眉所破，想乘機奪取關中於是。劉秀知鄧禹沈深有大度，拜鄧禹為前將軍，行王事，率精兵2萬往，並令其自選偏裨以下的人與其同去，鄧禹以韓歆為軍師，李文、李春、程慮為祭酒，馮愔為積弩將軍，樊崇為驍騎將軍，宗歆為車騎將軍，鄧尋為建威將軍，耿欣為赤眉將軍，左於為軍師將軍，引兵西進。
建武元年（公元25年）正月，鄧禹率軍越太行山，出箕關進取河東（山西省南部地區）。河東都尉閉關拒守，經戰十日，大破守軍，奪獲大批軍資糧秣。繼而又率軍圍安邑（今山西省夏縣西北），但數月未能攻下。更始大將軍樊參率數萬人，渡大陽欲攻鄧禹，鄧禹派諸將在解南迎戰，大破敵軍，斬樊參。於是王匡、成丹、劉均等合軍十余萬，***擊鄧禹。初戰，鄧禹失利，樊崇戰sǐ。天黑後雙方停戰，軍師韓歆和諸將見氣勢已挫，都主張乘夜退走，鄧禹不從，認為王匡之軍雖多，但勢不強。第二天利用王匡停止進攻之機，重新組織隊伍，調整部署。第三天清晨，王匡盡出其軍攻打鄧禹，鄧禹令軍中不得妄動，嚴陣以待，堅守不出。待王匡軍至營前，猝然擊鼓，全師猛撲，大破王匡軍。王匡軍至等皆棄軍而逃，鄧禹率輕騎急追，俘劉均及河東太守楊寶、持節中郎將弭強，將其斬殺，收得節六，印綬五百，兵器不可勝數，遂定河東。
同月，劉秀已在鄗邑（今河北省柏鄉縣北）即帝位，派使者持節拜鄧禹為大司徒。並說：“制詔前將軍禹：深執忠孝,與朕謀謨帷幄，決勝千裏。”孔子曰：‘自吾有回，門人日親。’斬將破軍，平定山西，功暛尤著。百姓不親，五品不訓，汝作司徒，敬敷五教，五教在寬。今遣奉車都尉授印綬，封為酂侯，食邑萬戶。敬之哉”(《後漢書·鄧禹列傳》)！鄧禹時年二十四歲。
河東既定，鄧禹又率得勝之師於汾陰（今山西省寶鼎）渡河，入夏陽（今陜西省韓城東南）。更始中郎將左輔都尉公乘歙，引其眾十萬，與左馮翊兵***同抗拒禹，鄧禹敗其軍。這時赤眉軍已進入長安，赤眉軍軍紀不好，百姓不知所歸。聞鄧禹軍紀律嚴明，沿途秋毫無犯，故所向披靡，降者日以千計。“禹所止輒停車住節，以勞來之，父老童耭，垂發戴白，滿其車下，莫不感悅，於是名震關西”。（《後漢書·鄧禹列傳》）光武帝甚為高興。
鄧禹部眾皆勸入關，直接進攻長安。但鄧禹卻取持重態度，不欲速進，面諭諸將說：“不然。今吾觽雖多，能戰者少，前無可仰之積，後無轉饋之資。赤眉新拔長安，財富充實，鋒銳未可當也。夫盜賊髃居，無終日之計，財谷雖多，變故萬端，寧能堅守者也？上郡、北地、安定三郡，土廣人稀，饒谷多畜，吾且休兵北道，就徹養士，以觀其弊，乃可圖也”（《後漢書·鄧禹列傳》）。於是乃引軍北向栒邑（今陜西旬邑縣），所過郡縣，陸續歸附。
光武帝因關中未定，而鄧禹又久不進兵，遂下詔催促鄧禹進兵長安，鎮撫西京，詔曰：“司徒，堯也；亡賊，桀也。長安吏人，遑遑無所依歸。宜以時進討，鎮慰西京，系百姓之心”(《後漢書·鄧禹列傳》)。鄧禹仍堅持前意，派軍攻取上郡（今陜西榆林東南）諸縣，留將軍馮愔、宗歆守枸邑。自統主力平定北地(今甘肅慶陽和寧夏吳忠壹帶)。但馮愔、宗歆二人爭權相攻，馮愔遂shā宗歆，因而反擊鄧禹。鄧禹遣使問計於光武帝，光武帝問使者馮愔最要好的人是誰，使者說是護軍黃防。光武帝猜馮愔、黃防不能久和，回報鄧禹說：“縛馮愔者，必黃防也”（《後漢書·鄧禹列傳》）。壹個月後，黃防果然抓住馮愔。
建武二年(公元26年)春，光武帝遣使者更封鄧禹為梁侯，食四縣。時赤眉內亂，西走扶風（今陜西興平東南）。鄧禹探得長安空虛，遂引軍西來，倍道兼行，徑入長安，屯兵於昆明池（在今西安市西南），大饗士卒。
鄧禹引兵與延岑戰於藍田，不克。漢中王劉嘉向鄧禹投降。但劉嘉相李寶倨慢無禮，被鄧禹斬shā。李寶弟收集李寶余部攻打鄧禹，並shā將軍耿欣。自馮愔反叛後，鄧禹威信稍損，又乏食，歸附的人又相繼離散。此時赤眉軍復攻長安，鄧禹與其相戰，敗走，退至高陵，軍士饑餓，皆食棗菜。光武帝讓鄧禹還，告誡鄧禹說：“赤眉無谷，自當來東，吾折捶笞之，非諸將憂也。無得復妄進兵”（《後漢書·鄧禹列傳》）。
建武三年（公元27年）春，奉劉秀之命進擊赤眉的鄧禹，因“慚於受任無功”（《資治通鑒》卷四十壹），率部至湖縣(今陜西潼關東)，邀馮異***同迎戰赤眉軍。馮異認為赤眉軍尚強，應放其過去，東西夾擊才能獲勝。鄧禹及其部將車騎將軍鄧弘邀功心切，急於迎戰。鄧弘率部與赤眉軍大戰整日，赤眉軍佯敗棄輜重退走，車上盡裝泥土，僅用豆子覆蓋在表面，鄧弘軍士卒爭相取食。赤眉軍乘機還軍猛攻，鄧弘軍大敗。鄧禹、馮異合兵救之，赤眉軍退。禹復戰，大敗，sǐ傷3000余人，只帶24騎逃歸宜陽。馮異亦被擊敗，棄戰馬徒步逃出，退至回豁阪（位於湖縣西），堅壁自守。
鄧禹因此戰失利，引咎交上大司徒、梁侯印綬。數月後，拜右將軍。延岑自敗於東陽後，與秦豐聯合。
建武四年（公元28年）春，鄧禹與復漢將軍鄧曄、輔漢將軍於匡在鄧擊敗延岑，鄧禹追至武當，再破其軍，延岑，逃往漢中，其眾皆降。
建武十三年（公元37年），天下平定，光武帝加封功臣，封鄧禹為高密侯，食邑高密、昌安、夷安、淳於四縣。光武帝因鄧禹功高，又封其弟鄧寬為明親侯。
“禹內文明，篤行淳備，事母至孝。天下既定，常欲遠名埶”（《後漢書·鄧禹列傳》）。鄧禹有十三子，各讓其守壹藝。修整閨門，教養子孫。光武帝更加重用鄧禹。中元元年，再行司徒事。
漢明帝即位後，以鄧禹為先帝元勛，拜為太傅，當年病逝，終年57歲，謚元侯。