風之杖講海拉爾被加農毀滅沈到海底，海拉爾王變成了龍舟（小誤），加農為統治世界要得到塞爾達公主的黃金三角，但此時公主壹已不存在了（不知是否以死），所以他開始地毯式搜索到處綁架尖耳朵的女孩，因此牽連到泰特拉（其實她擁有公主的血統）和林克的妹妹，林克救了泰特拉後為了救妹妹加入泰特拉成為海盜。在神殿泰特拉覺醒成為公主幫助林克，最終重新封印加農。
此後林克繼續同泰特拉旅行，在某海域泰特拉聽信了幽靈船的傳說想去拿寶藏結果被抓，林克在跳船時不幸落水漂流到某海島遇到精靈雪拉和西文爺爺，並在海王神殿結識船商萊茵巴克，西文教唆（==b）萊茵巴克同林克壹起尋找幽靈船就能拿到寶藏。當他們找到幽靈船後才發現泰特拉已被變成石頭，西文其實是海王大人。當年西文被怪物貝萊姆打敗，為逃跑和雪拉等精靈封印了自身的力量。西文幫林克鍛造了聖劍後同貝萊姆大戰3回合最終打敗了貝萊姆，泰特拉解除石化，西文也變回海王（其實就是只鯨魚==）。當林克與西文等人告別後卻發現自己和泰特拉躺在幽靈船的甲板上，而他們的船就在旁邊。其他海盜都不相信泰特拉所說的話，但林克卻看到萊茵巴克正在遠方的船上向林克招手……
又過了很多年，年老的尼克（泰特拉的壹位手下海盜）與壹位酷似林克的少年居住在鐵路發達的新海拉爾（在城堡劇情中可以看到天花板上有泰特拉的玻璃畫像，可以猜測靈魂軌跡的公主為泰特拉的後代。但林克貌似並不是沙漏時期林克的後代，否則尼克不會說“妳讓我想起我的那位摯友（老林克）”）此林克立誌成為火車司機，並前去城堡領取證書，認識了當代的公主和她身邊的可疑大臣。事後公主偷偷告訴林克她發現很多鐵軌開始消失，想背著大臣前去調查，結果發現大臣就是幕後黑手，他想通過讓鐵道消失來削弱靈魂之塔的力量，讓魔王（非加農）復活。大臣與手下鐵爪便當男打敗了林克（被秒殺==）和他的老師，將公主的靈魂與肉體強行分離，奪走肉體後和便當男消失。林克和公主的靈魂前去靈魂之塔調查，從先知處得知大臣想用公主的海拉爾之血增強魔王的力量（此處有公主發飆劇情，可見公主很好地繼承了泰特拉的禦姐之血……）。林克和公主開始勇闖世界各地的神殿修復靈魂軌跡（同時也修復被大臣打塌的靈魂之塔），最終林克和便當男（實為先知的弟子）決戰，便當男被打敗後在公主的感化下改邪為正，幫助公主奪回肉體結果被魔王滅口便當，公主的海拉爾之力覺醒與林克聯手打敗魔王（不愧是泰特拉的後代，不像其他作裏都是被宰的花瓶），兩人最後手拉手看夕陽……結局有三個，根據決戰前妳對公主的回答而定，我就 不壹壹細說了。
時之笛有漫畫版妳想要的話可以去百度貼吧塞爾達傳說吧（非廣告）
其他版本我基本沒怎麽玩（主要是玩不過去……）