下面我所說的，都建立在這個基本觀點上：中、西醫不應當割裂開來對待和發展。人體的運行規律大都是壹致的，不會因為人為的研究方式不同，而進化分成中人、西人。中西醫目前都還並未達到“真理”本身的高度，繼續發展下去，對人體的認識應該是殊途同歸的，這是件好事。中醫對人體的認識有很多西醫所不知道的，而西醫理論也有領先中醫之處，如果題主有關註過中、西醫最前沿的研究，會發現兩者的壹些觀點在慢慢相近、趨同。題主說不要談中西醫之爭。但是這裏，我不得不談。為什麽呢，因為妳的發問，其實是建立在以現代醫學為坐標系看待中醫，才產生的。假設，世界上只有中醫學，那麽它無論如何發展，都不會出現題主所說的與現代醫學結論壹致的“困境”。正是因為目前現代醫學的很多研究、理論與中醫學不相符，所以才出現假想的問題：結論壹樣了怎麽辦？結論本來就只能壹樣。因為如前面所言，人體的運行只有這壹套相同的規律。
此外，題主妳所說的這句話，“現代醫學的完善程度又使得中醫面臨了壹個困境。那就是如果嚴格按照現代科學方法來創新則必然得出和現代醫學壹模壹樣的結論，如果不嚴格按照現代科學方法創新現有的中醫理論又支撐不起來足夠科學的研究”。對此我的觀點是：
壹、“困境”這是從中醫行業利益來考慮的，可能會被現代醫學所限制的，利益困境（這裏的利益包括輿論傾向）。而這所謂的利益困境，除了“藥”這個巨頭的利益沖突之外，其實妳所考慮到的主要是大眾因為缺乏專業素養，中醫也不懂，西醫也不懂，卻站在制高點指點江山才產生的。是不是？有些人認為，中醫得出了和現代醫學壹樣的結論就是中醫不行。這種觀點是非常偏頗且民科的。為什麽中醫不可以得出和現代醫學壹樣的結論呢？現代醫學可是不斷得出了很多和中醫壹樣的結論。這能說明現代醫學落後於中醫嗎？有人會認為這是中醫給現代醫學造成的困境嗎？
而從學術層面來說，並不存在“困境”。要求中醫必須按照原有的思路來創新，是很死板且不切實際的。事實上，中醫與現代醫學的研究，壹直在互通有無，相互學習。很多人是壹味希望吵得越熱鬧越好，或者某壹方必須完敗才行。單單從學術這個角度考慮的話，我認為不應該為了亮明所謂的“中醫特色”，受制於此而不敢做出突破。“特色”不是強行表現維持的。當然這是有巨大的利益糾葛的。說說容易，真做起來未必。
二、研究方式有很多，科學只是壹種認識的方法。世界很復雜，不要也不應該囿於唯壹壹種認知方式，這會大大阻礙認識的進步。此外，科學是在進步的。目前的科學發展是非常牛沒錯，但是未知遠遠大於已知。非科學的認知≠落後的認知。這壹點，我認為科學與非科學的研究都可以實行，而研究結果不應以當前的“科學”為標準。這壹點對專業的人來說是很明確的。
最後回到提問本身。
壹門學問，不創新而停滯不前是很可怕的。尤其是醫學這樣應用極其廣泛的，中醫學也不例外（很多人包括中醫行業的非常崇古，甚至認為《內經》《傷寒論》即巔峰，這壹點我不太認同，不過不展開了，這是另壹個話題了）。
題主提出的“中醫現代化”，其實就是中醫如何適應時代的問題。由於妳只把範圍限定在 理論創新 這壹塊，別的我就略過不表了。
我對醫學理論創新的理解是，逐漸向真理靠近的過程。光是新穎卻沒有充分事實依據的觀點不可稱之為創新。
要看創新，就不得不回過頭看從古至今的理論演變和突破。中醫的門派既多，又層出不窮。所以只揀最重要的、傑出的、系統的理論作為回顧歷史的參考。
（此處待更新哈哈哈哈哈哈哈哈，畢竟梳理起來實在太累了）
題主還有什麽疑惑我沒說清楚的話，歡迎討論。
最後我想多說幾句，曾經初學中醫的時候，我也是狂熱的中醫粉，那時候我甚至很抵觸西醫。很痛惜中醫呈現出的沒落模樣。事實上，現在臨床水平高的中醫比例也真的很低很低很低。中醫在我心裏壹直是瑰寶，我時常感嘆自己沒有足夠的能力讓它大放光彩，讓普天下的人都真正認識到它的傑出。但是後來學的多了，看的廣了，我忽然發現，其實西醫很多科研人員那種追求真理的精神，和孫思邈、張仲景那些古人是壹樣的。是我自己狹隘又無知地，隨著輿論大流硬分成中西來看待。我也恍然明白過來，真理永遠不會消亡。如果真的有壹天，所謂的“中醫”消亡、失傳，我不會難過，因為消亡的只是壹種外在的表達形式，它背後的真理永存。而我很感激真正的古今中外的醫學家，無論中西，他們純粹地追求著真理。也覺得很放心，我明白了永遠都會有人追求真理。至於那真理，人們把它叫做中醫，東醫，南醫，西醫，都沒關系。