李自成大戰告捷，本來局勢大好，後面卻內外樹敵，後勤保障不足，壹手好牌打得稀爛。
戰爭本來就是壹個極其耗費物資的事情，由於戰事頻繁，所以李自成的糧草供應量是十分巨大的，可是當時民間荒災壹個接壹個，軍糧的供給更是農民從牙縫中扣出來的。為了解決這個後勤問題，闖王竟特意制作了獨特的刑具，以此來逼迫百姓和達官貴人交錢、交糧，甚至還將百姓賴以生存的家禽收繳充公，當做軍資。
為了防止百姓逃跑，不繳納軍資，甚至還推行了連坐的刑罰，若有壹家逃跑，鄰裏十家跟著陪葬，由此就斷了在民間打下的民心根基。而後，李自成還給自己樹了壹位彪悍的外敵。當時，李自成之所以能夠覆滅了大明朝，吳三桂“功不可沒”。吳三桂領導的這支精銳部隊正在山海關抵禦外敵，因自身難保而無法及時回朝，而導致京城被攻破。
吳三桂效忠的明朝已經被推翻，那麽吳三桂也就只有投誠或抵抗兩條路可選，吳三桂本身是想投誠的，卻不料闖王大軍在京城中搶奪民女，就連前朝舊臣的千金都難以躲過此劫，後來，吳三桂的愛妾陳圓圓也被李自成的部下搶走，這個消息讓吳三桂徹底打消投誠的念頭，誓死抵抗到底。
隨後便掀起了山海關之戰，吳三桂和多爾袞強強夾擊，讓李自成的義師潰不成軍，李自成被迫放棄京城，轉而退守西安，但在西安也呆不了幾天，最後只剩下他壹個人，孤零零的逃往南邊的九宮山。