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原文:人要做好自己。要想在別人之前出人頭地，就要在別人之後吃苦！——李碧華的《霸王別姬》
《霸王別姬》講述了壹個基於梨園弟子程蝶衣和段小樓的生活經歷和情感糾葛的悲傷故事。文學虛構與國粹經典、個人命運與時代變遷巧妙融合，壹波三折，感人至深，詩情畫意，極具張力，發人深省。
陳凱歌在1988參加電影節的時候，徐楓主動約他見面，帶著李碧華的小說來看他。他看了就說陳凱歌有必要拍這樣的片子。舊版李碧華原著小說的結局是，程蝶衣和段小樓若幹年後在香港的洗手間相遇，壹絲不掛，坦誠相待，回眸深情，然後出門，各奔東西。陳凱歌告訴李碧華，結局必須改變。《霸王別姬》聚焦人性主題——迷戀與背叛。在寫之前，陳凱歌向兩位編劇強調，永遠不要把人物意識形態化，讓他們做自己該做的。
1924年冬天，9歲的小豆被做妓女的媽媽砍掉了右手，隨後進入關家戲班學習戲劇。戲班裏，只有哥哥小石同情和關心小豆。十年後，在關大師嚴格而殘酷的管教下，兩兄弟演技迅速提升，小豆子以藝名(張國榮飾)出演主角；小石頭藝名段小樓(張豐毅)，主演。兩人合演的《霸王別姬》在北京家喻戶曉，兄弟倆也很紅。兩人約定共同主演《霸王別姬》壹輩子。
段小樓娶了壹個妓女，菊仙(鞏俐)，並附上她哥哥的蝴蝶禮服。她懷著沈重的心情來到哥哥的住處，把他忍辱換來的、哥哥渴望已久的寶刀獻給了哥哥，並決定不再與他合演《霸王別姬》。在關大師的號召下，兩兄弟再次合作。
抗戰結束後，他們被迫為壹群無紀律無素質的國軍人唱歌。段小樓與士兵發生沖突，在混亂中，菊仙流產了，然後壹些士兵以叛國罪抓住了蝶衣。竭盡全力營救蝶衣，並虛心向曾經玩弄蝶衣的官僚袁(葛優飾)求教。菊仙要求蝶衣撒謊並乞求解釋，並給蝶衣看了蕭樓不再和蝶衣壹起唱歌的書面證據。於是蝶衣在法庭上依然不屈不撓，卻因身手了得，被國民黨高官解救。
解放後，他們的絕活沒有受到重視。誤食鴉片的程蝶衣在壹次演出中失聲，決心戒毒。在吸毒成癮後，她終於在段小樓夫婦的幫助下重新站了起來，但卻遭到了好心的養子小四的陷害，小四強迫她代替他的妾到段小樓演出。段小樓不顧後果地繼續罷工，聚賢勸他為大局而戰，段小樓終於執行了。蝶衣傷心欲絕，斷絕了與段小樓的外交關系。
文化大革命期間，段小樓被小思陷害，並強迫他陷害死毅。段小樓拒絕了，並被拖到街上。這時，死翊突然出現，扮成虞姬，甘願與段小樓受辱。段小樓看出，蘩漪設下了圈套，希望保護菊仙，甚至說他是叛徒。蝶衣聽後痛苦萬分，以為段小樓只在乎菊仙，他看到自己所恨的菊仙此刻可憐兮兮的。他把所有的怒火都發泄在了菊仙身上，並透露菊仙曾做過妓女，於是段小樓被迫與菊仙劃清界限，說自己從未愛過菊仙，菊仙絕望地上吊自殺。
粉碎“四人幫”後，兄弟倆在分離22年的舞臺上最後壹次表演了《霸王別姬》。於吉唱完最後壹句，用送給霸王的劍自殺了，這充滿了他的感情和幻想。蝶衣在哥哥小樓的懷抱中結束了自己的演藝生涯和這場輝煌的悲劇。