主角完成任務後不久，FSA政府意識到像主角這樣的生化藥劑可能會對國家安全造成威脅，於是推出了所謂的仿生清洗政策:拆除那些退役士兵的生化部件。這壹政策自然引起了很多經過生化改造的士兵的不滿。因此，經過壹系列的暴動、暗殺、審判和清洗，許多仿生士兵被投入監獄或被判死刑，剩下的流亡者組成了對FSA極度敵視的組織:bio regine，生化士兵聯盟，這是壹個在遊戲開始就用核彈引爆城市的恐怖組織。
我們的主角內森·斯潘塞沒有參加這個組織。在信天翁計劃中獲救的超級喬陷害了他，給了他壹個暗殺任務。斯潘塞因為這次任務被判謀殺罪，被判死刑，關進了監獄。
我得先說說超級喬。他出現在許多早期的卡普空遊戲中。原型來自於當時冷門的美國漫畫:《G.I.Joe》這個名字，80後應該很熟悉。(在原著中，G.I.Joe是壹個項目的名稱，而不是壹個單獨的角色)，所以在這本書的開頭，得知斯潘塞被他陷害入獄，是相當震驚的。另外，根據任務期間的交流，喬在消滅政策中的行為是盡力保護生化兵，忍辱負重維護生化兵的權益。
斯潘塞不喜歡FSA和喬，但喬說他知道斯潘塞失蹤的妻子艾米麗的下落，說如果任務完成，他可以告訴他找到她的線索。另外，斯潘塞並不認同恐怖組織傷害無辜民眾的行為，所以他接下了這個任務，開始潛入計劃。
在這個過程中，喬所屬組織TASC(Strategic Security Committee，戰略安全委員會)的Armstrong將軍指出，斯潘塞的任務是在壹座被bioreign摧毀並占領的城市中找回壹件物品，而這件物品的真實信息是高度機密的，連喬所在的位置都無法得知——最終，它似乎是壹個能量核心，可以啟動數千個禿鷲機器人(也就是遊戲中提到的Project Vulture)。很明顯，bioreign的人也在尋找這個東西，這也是他們運作的根本目的。
在任務中，內森遇到了他的前下屬Mag，他也是壹個生化人:她的改造部分是她的腿。因為政府的仿生清洗政策只能導致她再次坐在輪椅上，所以她加入了BioReign。另外，從Hack得到的信息來看，Mag應該壹直暗戀著Nathan，她對可能因為Nathan的轉變而離家出走的Emily非常不屑。——可惜這個角色最後死的壹文不值，編劇真是...(除此之外，內森還在《戰地之狼》遊戲中遇到了原本屬於TASC-湯姆的神秘狙擊手)。
根據Hack的信息，Nathan的妻子當年留了壹張紙條。雖然內森說這是偽造的，因為語氣異常，但警方放棄了搜查，因為鄰居說他們夫妻發生了激烈的爭吵。此外，內森在被關押期間的視頻中，曾拍到他在取出生化手臂後輕撫插槽，露出某種害相思病的花癡表情。........
到了最後階段，內森終於得知，喬就是利用政府職務之便，秘密成立BioReign的幕後人物。他的目的其實是利用禿鷲計劃武力奪權，所以他利用了被迫害的憤怒青年和生化人，還打算利用內森壹早通過斯潘塞的任務暴露能量核的真實位置。
Boss，和他合作的生化人，從檔案中可以知道他應該是信天翁計劃中帝國的幹部。他沒有出現在原版FC裏，而是出現在了重制版裏，壹個典型的武力至上的腦殘兵。
喬也是生化改造計劃的發起人之壹。艾米莉在他的勸說下參與了實驗，並在某種程度上成為了戰場上左臂被手榴彈炸掉的斯潘塞生化改造的催化劑。這裏沒有陳述遊戲，但是從喬的描述來看，“最像人類的機器其實是由人類制造的；生化成分需要和本體有很強的精神紐帶。“艾米麗應該是被他們殺了，用她的腦細胞之類的東西變成了這個生化手臂的壹部分。”
最終，憤怒的斯潘塞撞壞了喬的禿鷹，絕望地從天上掉了下來...字幕之後，我們再來聽壹遍開頭略帶憂郁的鋼琴版主題曲，細細品味。......