出血和受傷
有些手術者不良的操作方法或粗糙的操作方法會對女性造成壹些傷害，如宮頸管損傷、子宮內膜出血等。此外，不適當或粗糙的器械也可能導致受傷和出血。
可能會發生盆腔感染。
因為要用細管把優化後的精液泵入子宮，會增加子宮和輸卵管感染的幾率。手術時會帶入細菌，處理精液時也可能造成細菌汙染。
下腹痛
人工授精時如果精液註入過快過多，會導致宮頸壓力過大，導致子宮痙攣性收縮，下腹部痙攣性疼痛。而且太快太多的精液註射和過高的子宮壓力都可能引起子宮內膜異位癥。
早期流產率很高
接受人工授精的女性自然流產率較高，約為20% ~30%。可能與宮腔內人工授精越過了宮頸粘液對精子的自然選擇過程有關。此外，宮外孕的發生率也在2%-8%。