在大堡礁海底，我心愛的兒子突然死去或活著的消息對魚爸爸馬林來說猶如晴天霹靂。雖然膽小怕事，現在為了救她心愛的孩子，馬林已經豁出去了。它決心跟上澳大利亞的水流，踏上尋找兒子的漫漫征途。
雖然她已經下定決心，但這並不意味著馬林可以在壹夜之間拋棄她懦弱的性格。途中與大白鯊布魯斯的幾次驚心動魄的追逐，很快讓他放棄，幾乎讓父子重逢的希望破滅。然而，幸運的是，馬林遇到了來自撒馬利亞人的帝王藍唐魚多莉。多莉是壹條樂於助人、心胸開闊的大魚。雖然嚴重的失憶癥經常讓瑪琳哭笑不得，但是有了多莉在身邊，瑪琳漸漸明白了如何用勇氣和愛去克服內心的恐懼，也明白了生活中有些事情真的值得去冒險，去努力。
就這樣，兩條魚在浩瀚的太平洋上的奇遇，讓他們結交了各種各樣的朋友，遭遇了各種各樣的危機。魚爸爸馬林終於克服了所有的困難，與他的兒子團聚，並安全返回家鄉。馬林，壹個過去甚至看不起她兒子的懦夫，經過這次考驗，在他兒子的眼裏成了壹個真正的英雄！壹場闔家團圓的大戲在滿眼淚水中落下帷幕。