崇明縣目前由崇明、長興、橫沙三個島嶼組成，總土地面積1411平方公裏。
其中，崇明島位於中國沿西太平洋海岸線的中點，長江入海口，是中國最大的河流，世界上最大的沖積島，也是僅次於臺灣省島和海南島的中國第三大島。被譽為“長江門戶，東海瀛洲”。全島三面環江，壹面臨海，西臨滾滾長江，東臨浩瀚東海，南與江蘇省浦東新區、寶山區、太倉市隔海相望，北與江蘇省海門市、啟東市接壤。全島面積1267平方公裏，東西長80公裏，南北寬13至18公裏。該島地勢平坦，無丘陵和丘陵，西北和中部略高，西南和東部略低。90%以上的陸地標高(以吳淞0m標高為基準)在3.21m至4.20m之間..該島的地理位置從東經12109′30″到北緯12154′00″到北緯3127′00″。島上水土潔凈，空氣清新，生態環境優良，人均壽命76.7歲。
長興島位於吳淞口外江南水道，東臨橫沙島，北接崇明島。該島呈帶狀，東西長26.8公裏，南北寬2 ~ 4公裏。面積88平方公裏，其中灘塗8.5平方公裏，耕地26.2平方公裏(不含前衛農場)。南沿有近20公裏的深水岸線，壹般水深-12米至-16米，最深點-22米，可停靠30萬噸級船舶。
橫沙島是長江口最東端的島嶼，三面江，壹面海。背靠長興，北與崇明島遙相呼應，南與浦東隔河相望。該島呈海螺形，南北長約12公裏，東西寬約8公裏。平均海拔2.8米。總面積56平方公裏，其中耕地26.8平方公裏。目前0米以上灘塗資源20萬畝，-5米以上67萬畝。周邊海岸線30余公裏，其中南端約2公裏深水岸線，水深-12米。