首先，劇場的開頭很糟糕。晚上，柯南在偵探所二樓取東西的時候，門外有動靜。柯南去查看，但當他回來時，ジン(Gin和ウォッカ(Vodka突然出現在房間裏，ジン堵住了柯南的嘴。這時，ジン向ォッカ眨了眨眼睛，然後說，看看和妳有關的人是怎麽完成的。小蘭出現在門口的玻璃裏，柯南被擋在了說話的地方。ォッカ舉起槍，門開了，但沒有槍響。
壹群少年偵探在密花森林裏抓到了甲蟲。柯南在這裏拿到了博士新研發的表帶，他居然可以舉起袁泰。(這個東西在劇末大有用武之地。)其中發現了壹只母甲蟲背上有壹個開著的跨筆記印，這是事後的關鍵信息之壹，然後懸念以醫生的冷笑話謎題結束。
案件是以麻將牌為線索的連環殺人案。
第二個是警視廳的內奸。具體的發現是因為群馬縣的莽撞警察(在這個劇場版中已經升任警察署)在會後哼起了七只烏鴉的旋律，被柯南聽到後跟蹤。結果在黑色保時捷裏發現了壹個警察，佐藤警官向周圍的人提到了很多毛利偵探辦案時柯南給出的提示和不可思議的故事，被壹個內奸聽到了(這個內奸絕對是想不到的)
會議期間，毛利人輕率的推理使黃昏時的警官羨慕如果工藤新壹在這裏。橫河的警官說工藤已經很久沒有出現了。這時，高木冒失地說出了工藤當黑騎士時的樣子，被內奸聽到了。
壹個黑影在屋裏用電腦。因為他是內奸，所以很容易侵入警視廳的電腦。屏幕上顯示了許多江戶川·柯南的文件。
這個劇場版第壹次將電視內容與劇場連接起來，包括黑暗騎士的章節和阿什瓦拉與組織重聚的章節。鏡頭轉向迪丹小學柯南和同學們的泥塑。嚴光捏甲蟲，步美是月兔，元太是鰻魚-|||，柯南是海豚。
深夜，壹個黑影分別入侵了迪丹高中和迪丹小學。這就是內奸，因為他在知道了柯南的信息和壹些故事後起了疑心，拿走了海豚泥塑上的魚鰭和黑騎士的衣服，把海豚魚鰭上柯南的指紋和黑騎士的戲服上工藤新壹的指紋進行了比對。結果顯示98%壹致！事件轉到小蘭身上，打破了柯南的飯碗，似乎暗示了某種厄運。
之後嫌疑人鎖定了無關人員。群馬警署在抓捕過程中，早早出示了警官證，導致抓捕失敗。嫌疑人的女友持刀威脅警察放了他的男朋友，並持刀刺向埼玉縣警察廳(第壹次出道的警察之壹，氣質有些傲慢)。這時警官停刀了，也就是拖車不是被黑暗組織的人暗殺，而是嫌疑人自己劫持了人質。人質不是別人，正是那個穿成苦艾酒的人。之後柯南偷偷跟蹤她到地下停車場暴露身份，理由是跟蹤她的眼神，在她左褲管裏看到了手槍的痕跡。至於苦艾酒為什麽被故意劫持，我就留個謎了。苦艾酒給柯南的線報是組織的另壹個人，愛麗舍，也就是大都會警察局的內奸...
鏡頭轉向關西的京都和大阪。柯南打電話給，請他調查京都酒店的火災事件，但他被葉嚇了壹跳，於是在窗口接電話的差點從三樓掉下來摔死。
在預告片中，黑暗組的狙擊手雖然瞄準了佐藤和高木的頭部，但卻擊中了汽車輪胎。他們沒有傻到直接和警視廳對抗，只是給了壹個警告。
後來佐藤開始懷疑警視廳有內奸，因為掌握了他們的行動路線。
真正的嫌疑犯是壹個非常娘娘腔的男人，姓水谷，他的女朋友叫奈奈，死於壹場酒店火災。至於事件經過和報復原因，我也作為壹個謎留了下來。本來有七張麻將牌，但當我聽到有人說真正的嫌疑犯水谷說八個人不能原諒時，我明白了。
雖然毛利小五郎開始在推理中犯錯誤，但他後來在群馬山野觀看北鬥七星時受到啟發，他成功地推理了壹些上下文。
倫敦警察廳壹行人趕往東京鐵塔。
醫生陸續發現身上有十字印章的甲蟲，少年偵探隊的孩子們以為是求助，於是第壹次去目擊甲蟲的地方。這時，他們召回了預告片。當時少年偵緝隊的三個真正的小學生好像被襲擊了，驚訝地尖叫，但其實醫生並不放心。他們在阿沙拉的勸說下來到了樹林裏，在那裏找到了壹個小屋，但是燈亮著，裏面閃著手槍的人。於是醫生叫來了高木和佐藤，高木佐藤臨時改道給密花森。壹輛摩托車，不是別人的，是苦艾酒車，壹個槍的影子在那個房間裏閃現...
松本警司等人到達了東京鐵塔。
柯南通過調查知道西絲·水谷和奈奈的興趣是看星星，於是獨自去了東京鐵塔。水谷似乎正準備結束自己，柯南又壹次開始耍酷，像忘記黑暗組織壹樣做推理。
最驚心動魄的壹刻，突然發現壹道黑影閃過，白鳥、千葉等景觀全都驚呆了！！！！！
在推理的最後，奈奈的哥哥發瘋了，拿出壹把刀刺向柯南。柯南準備反擊了。手槍突然響了，警視廳廳長松本出現了。真的很及時。
但是.....為什麽那些打昏警察的人沒有警司？。。因為現實太可怕了，與此同時，米花森小屋的男人真的找到了壹個被綁架的人，而那個人不是別人，正是松本導演本人！東京鐵塔松本的導演是由壹個穿黑衣的人偽裝的。偽裝者是愛麗舍！！！柯南知道這個松本是假的，就用麻醉槍射擊，沒打中...
為什麽小蘭會出現在東京鐵塔？因為柯南，當花園正在看東京鐵塔的電視直播時，他獨自壹人在電視上，被電視攝像機捕捉到了。園方打電話給蘭，說發現了柯南的位置，擔心柯南的蘭知道了，馬上去了。
奈奈的哥哥用刀捅了假松本，但這個人功夫了得。相反，他用鉤子打了對方壹拳，吐了血
柯南又開始耍酷推理，不料被愛麗舍的壹句話讓他啞口無言...愛麗舍透露柯南就是工藤新壹！但他沒有告訴杜松子酒和伏特加。至於為什麽，是因為在阿什瓦拉遭遇黑暗組織的那壹集，金殺死了任務失敗的皮斯科，皮斯科被愛麗舍宮尊為父親...於是愛麗舍沈默了，就算他知道了柯南的身體，也不會告訴Gin那些貨！
之後開始辱罵柯南，比毛利扔柯南還可怕。他狠狠地打敗了柯南...最後把他踢到墻角。
過了壹段時間，蘭來到柯南身邊，卻不知道松本是假的，就先去照顧柯南了。在預告裏看到柯南的話後，蘭，快跑...蘭轉身發現假松本用手槍指著她，於是事情回到電視第壹集，給蘭講了子彈的原理。當松本開槍時，蘭設法避開了射擊，但他飄逸的長發被打斷了許多。
這個假松本(愛麗舍，很強，原來是比蘭水平還高的空手道高手)踢了幾次頭完全無效。反而被愛麗舍壹拳，正要終結蘭的愛麗舍。突然，他聽到了新壹的聲音，他很驚訝(因為他知道柯南就是新壹)卻不知道變聲器，於是放棄了蘭去追求柯南。柯南把守望燈埋在門後。愛麗舍看到後，以為他在那裏。
追擊之後，當我們到達塔頂時，柯南埋伏在樓梯後面的壹記漂亮的飛踢，讓強壯的愛麗舍頭撞臺階暈了過去。柯南搶過槍，但黑色直升機突然出現...柯南猶豫了壹下，愛麗舍反擊，掐住柯南的脖子，按在地上...我在這裏不解釋這個秘密...因為那個秘密，愛麗舍被金氏用狙擊槍殘忍地殺害了...杜松子酒...真的太可惜了。
柯南被直升機的機槍追上了塔頂。機械地，他用他的帶子拉伸和反彈，用他的帶子跳到了東京鐵塔的中間。背帶強烈反彈，彈起了什麽東西，正好打在黑色直升機上，直升機墜毀了。。。杜松子酒和其他酒怎麽樣？戲的結尾才透露出來，我卻不說話了。
這就是結局...
在倉木麻衣的歌曲《拼圖》(非常好聽)之後，宣布柯南決定做壹個14網目劇場版，背景是暴風雨海上墜落的飛艇...