1999年
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件★ 130 競技場無差別脅迫事件（前篇） 131 競技場無差別脅迫事件（後篇） 135 消失的兇器搜索事件◆ 136 青色古堡探索事件（前篇） 137 青色古堡探索事件（後篇） 138 最後上映的殺人事件（前篇） 139 最後上映的殺人事件（後篇） 140 SOS！步美傳達的訊息 146 本廳刑事戀愛物語（前篇） 147 本廳刑事戀愛物語（後篇） 156 本廳刑事戀愛物語2（前篇） 157 本廳刑事戀愛物語2（後篇） 165 少年偵探團消失事件◆
2000年
176 與黑暗組織的再會（灰原篇） 177 與黑暗組織的再會（柯南篇） 178 與黑暗組織的再會（解決篇） 182 九道門大搜索◆ 188 危命的復活 洞窟中的偵探團 189 危命的復活 負傷的名偵探 190 危命的復活 第三種選擇 191 危命的復活 黑衣騎士 192 危命的復活 新壹回來了 193 危命的復活 約定的場所 194 意味深長的八音盒（前篇） 205 本廳刑事戀愛物語3（前篇） 206 本廳刑事戀愛物語3（後篇） 212 蘑菇、熊和偵探隊（前篇） 213 蘑菇、熊和偵探隊（後篇）
2001年
223 人魚又再度哭泣（推理篇） 225 生意興隆的秘密◆ 230 謎壹樣的乘客（前篇） 231 謎壹樣的乘客（後篇） 233 無法消失的證據（前篇） 234 無法消失的證據（後篇） 242 元太少年的災難 246 陷入網中的謎團（前篇） 247 陷入網中的謎團（後篇） 258 來自芝加哥的男人（前篇） 259 來自芝加哥的男人（後篇）小紅帽の哀
2002年
266 情人節的真相（事件篇） 269 犯罪的紀念品（前篇） 270 犯罪的紀念品（後篇） 276 警察手冊遺失事件 277 英語教師VS西部名偵探（前篇） 279 迷宮的陰暗（前篇） 280 迷宮的陰暗（後篇） 289 迷途森林的光彥（前篇） 290 迷途森林的光彥（後篇） 294 愛與決心的粉碎（前篇）◆ 295 愛與決心的粉碎（後篇）◆ 301 惡意與聖者的行進（前篇） 302 惡意與聖者的行進（後篇）
2003年
304 震動的警視廳 1200萬人質★ 309 與黑暗組織接觸（交涉篇） 310 與黑暗組織接觸（追擊篇） 311 與黑暗組織接觸（決死篇） 312 染上夕陽的布偶（前篇） 313 染上夕陽的布偶（後篇） 329 金錢買不到的友情（前篇） 330 金錢買不到的友情（後篇） 335 東都顯影所的秘密（前篇） 336 東都顯影所的秘密（後篇） 338 4臺保時捷（前篇） 339 4臺保時捷（後篇） 340 廁所隱藏的秘密（前篇） 341 廁所隱藏的秘密（後篇） 343 便利店的陷阱（前篇）
2004年
345 與黑暗組織直面對決！滿月之夜的二元神秘事件★ 346 尋找P股上的印記（前篇） 347 尋找P股上的印記（後篇） 348 愛與幽靈與地球遺產（前篇）◆ 349 愛與幽靈與地球遺產（後篇）◆ 358 本廳刑事戀愛故事5（前篇） 359 本廳刑事戀愛故事5（後篇） 361 帝丹高中學校怪談（前篇） 366 顯而易見的碼頭慘劇 （前篇） 367 顯而易見的碼頭慘劇 （後篇） 373劇毒蜘蛛的陷阱◆ 374 星星和香煙的暗號（前篇） 375 星星和香煙的暗號（後篇） 376 限時15時◆
2005年
385 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(前奏曲) 390 本廳的刑事戀物語6（前篇） 391 本廳的刑事戀物語6（後篇） 394 怪屋大冒險（封印篇） 395 怪屋大冒險（操縱篇） 396 怪屋大冒險（解決篇） 398 奇妙壹家的委托（前篇） 401 寶石搶匪現行犯（前篇） 402 寶石搶匪現行犯（後篇） 403 不可思議的天使之館（前篇）◆ 404 不可思議的天使之館（後篇）◆ 411 神社鳥居之驚悚暗號（前篇） 412 神社鳥居之驚悚暗號（後篇） 414 追逐藍色小鳥的少年偵探團◆ 418 米花町閣樓的房屋◆ 421 銀杏色的初戀（前篇） 422 銀杏色的初戀（後篇） 423 偵探團與青蟲4兄弟◆
2006年
425 黑色的沖擊！黑色組織魔爪伸來的瞬間★ 427 充滿神秘的上學之路（前篇） 428 充滿神秘的上學之路（後篇） 435 以偵探團為焦點的專訪（前篇） 436 以偵探團為焦點的專訪（後篇） 443 嘆氣拾潮（前篇） 444 嘆氣拾潮（後篇） 453 因緣與友情的試映會 454 顛倒的結尾（前篇） 455 顛倒的結尾（後篇）
2007年
460 1年B班大作戰 466 分不開的雪人（前篇） 467 分不開的雪人（後篇） 468 池塘邊的奇怪事件◆ 472 少年工藤新壹的冒險（前篇） 473 少年工藤新壹的冒險（後篇） 476 元太的必殺射門（前篇） 477 元太的必殺射門（後篇） 478 真實的30分鐘◆ 481 山姥的刀（前篇） 482 山姥的刀（後篇） 483 消失的巡警◆ 484 黑色照片的去向（前篇） 485 黑色照片的去向（後篇） 486 從右至左的招財貓◆ 488 電視臺的惡魔★
2008年
492 紅與黑的碰撞 血緣 495 紅與黑的碰撞 昏睡 501 紅與黑的碰撞 嫌疑 502 紅與黑的碰撞 潔白 503 紅與黑的碰撞 決死 504 紅與黑的碰撞 殉職 507 KTV包房的死角（前篇） 509 紅白黃色與偵探團 510 柯南vsW暗號推理 511 推理對決！新壹VS沖矢昴 515 怪盜基德的瞬間移動魔術★ 518 明治維新神秘之旅（探索篇）◆ 519 明治維新神秘之旅（解決篇）◆
2009年
521 殺人犯—工藤新壹★ 522 新壹的真實身份與蘭的眼淚★ 523 真正想問的事 524 憎惡是青色的火花（前篇） 525 憎惡是青色的火花（後篇） 533 呼喚過去的傷痕 534 新傷痕與吹口哨的男人 535 舊傷痕與刑警之魂 536 消失名畫背後的秘密◆ 542 讓魚兒消失的壹角巖（前篇） 543 讓魚兒消失的壹角巖（後篇） 549 回轉壽司之謎（前篇） 550 回轉壽司之謎（後篇） 551 犯人是元太的爸爸（前篇） 552 犯人是元太的爸爸（後篇） 554 鸛的探索之旅（蘭搜索篇）◆ 555 鸛的探索之旅（追蹤陽菜篇）◆ 557 與危險的二人同行 558 死亡之館 赤壁(三顧之禮)
2010年
563 偵探團VS強盜團(騷亂) 564 偵探團VS強盜團(沈默) 568 白鳥警部，櫻花的回憶(前篇)女王の哀
569 白鳥警部，櫻花的回憶(後篇) 571 妖怪倉庫中的奪寶戰鬥(前篇) 572 妖怪倉庫中的奪寶戰鬥(後篇) 575 黑色連衣裙的不在場證明(前篇) 577 螢火蟲點亮的真相◆ 578 召喚危機的紅色預兆 583 小林老師之戀 584 白鳥警部的失戀 585 跨越時空的櫻花之戀 586 黑暗中消失的麒麟之角 587 基德vs四神偵探團 591水族館之家◆ 597 蒸汽密室的劇本(前篇) 598 蒸汽密室的劇本(後篇)
2011年
606 法庭的對決Ⅳ審判員是小林澄子（前篇）◆ 607 法庭的對決Ⅳ審判員是小林澄子（後篇）◆
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件 1.這個藥名我是絕對不會弄錯的。因為那是組織命令我，由我親自調制的藥哦。 2.我不叫灰原。Sherry，那才是我的代號。怎麽樣，吃驚嗎？工藤新壹。 3.妳是我非常感興趣的研究對象，所以我想讓妳活著，如果向組織報告，妳可能在送到我這裏之前就被殺了。 4.沒辦法，我本來也不是想打算做什麽毒藥的。 5.放棄吧，工藤君，這件案子已經被……將軍了。 6.為什麽，妳當時為什麽不救我姐姐呢？……妳既然這麽有推理能力，我姐姐那件事妳應該很容易就看透了啊！ 7.看來我們得相處很長壹段時間了，江戶川君。
130 競技場無差別恐嚇事件（前篇） 1.名偵探壹遇到足球，就變成壹個不折不扣的少年了。 2.工藤新壹，妳大概做夢也沒想到，妳已經，深深地介入了我們組織從半世紀前就開始進行的秘密計劃。 3.因為有妳在……就是因為妳也在那裏，我才能夠這樣冷靜，因為有和我遭遇壹樣情況的妳也在那裏。
131 競技場無差別脅迫事件(後篇) 1.人是不可能逆轉時間的，如果要勉強扭曲它的話，人類會受到懲罰。 2.不愧是工藤，靠這點線索也能找出歹徒，我對妳越來越有興趣了。 3.其實我是和妳相當的18歲呢……
136 藍色古堡探索事件（前篇） 1.太好了呢，這個，不是妳最喜歡的暗號麽？不對嗎？ 2.放心吧，我對他根本沒有那種感覺。（對步美） 3.要解開這個謎題，我看只有那個在城堡裏失蹤而且好奇心旺盛的推理狂才辦得到吧。 4.妳在胡扯些什麽，妳想他會是那種無故失蹤數小時，沒有任何連絡，讓人白白替他擔心的人嗎？ 5.是被城堡裏的人囚禁，無法脫身，或許是已經……被殺了。可愛の哀
138 最後上映的殺人事件(前篇) 1.人類的科學所創造出來的悲劇，妳不覺得很可怕嗎？ 2.這不是很好麽……偶爾讓腦細胞休息，享受壹下休閑時光。這也是我今天的計劃……用腦過度會和博士壹樣禿頭的。
139 最後上映的殺人事件(後篇) 1.妳還真平靜。我每天早上看見這個都會全身發冷。我會問，“妳到底是誰？” 2.我也覺得很抱歉。害得追逐真相的妳，必須不斷地欺騙大家，就算什麽都可以真實反映出來的鏡子，也反映不出真正的妳。（後壹句也可以翻譯成“鏡子裏顯示出來的永遠只是真實的影像，而不是真實的自己”）
156 本廳刑事戀愛物語2(前篇) 沒錯，她已經隱隱約約感到妳的真實身份了。繼續欺騙她已經沒有意義，只是徒曾傷害而已。妳的正義之眼看得穿邪惡之心，卻看不透女人的心意嗎？我從壹開始見到妳的時候就愛上妳了，妳沒有註意到嗎？(少年偵探團排練話劇時的臺詞)
176-178 與黑暗組織的再會 1.妳還挺有正義感的嘛。不過別把我算進去，我對正義這種抽象的東西沒興趣，而且我覺得到那麽危險的地方也不能做什麽。 2.我不想再讓妳喊我是兇手了。 3.那脫下眼鏡的妳就是超人嘍？……謝謝，至少還有些安慰作用。 4.聽著，因為我可能就沒有機會跟妳說話了。
188 危命的復活 洞窟中的偵探團 難道我……在逃避？開什麽玩笑。
190 危命的復活 第三種選擇 1.如果真是這樣，我就會按剛才的做。不過大多會被組織發現後滅口。 2.真是不好意思，看來我的體內還是流著冷酷的黑色的血。
192 危命的復活 新壹回來了 笨蛋，如果妳出了事，我難保不會遭到池魚之殃，所以只好先不恢復原貌幫妳，而且，妳吃的只是試用解藥，我還要仔細觀察之後，再決定自己是否要吃。 194 意味深長的八音盒(前篇) 不行——對妳這個壹遇到案件，就不管三七二十壹出面去解決的推理狂，我實在不能把解藥輕易給妳。
205 本廳刑事戀愛物語Ⅲ(前篇) 我要PRADA最新款的手袋。
212 蘑菇、山熊和偵探隊(前篇) 1.蘋果是禁果。以前亞當和夏娃吃過後，就被逐出了伊甸園。所以它是“明辨是非的知識果實”。 2.妳真傻，重要的不是跟誰學的知識，而是要把這些知識活用，現在的妳對我來說是最好的救護人員。謝謝妳幫了我。(對光彥） 3.放心吧，我和他不是妳想象的那種男女關系。(對光彥）
230 迷壹樣的乘客(前篇) 妳正經壹點行不行？
231 迷壹樣的乘客(後篇) 1.對，這是最好的辦法。即使僥幸逃過了這壹次，等錄口供的時候不管我願不願意都得跟那個人見面，如果我就這麽消失了，我跟組織以及其他人之間的連接點也就跟著消失了。 2.我明明早就知道…明明早就知道從自己逃出組織起這個世界上就沒有我的容身之處了……我……真傻……我真傻對不對，姐姐？ 3.這不是我的血，對，這是那個為了救我的那個傻瓜流的血。看來妳欠我的人情這次是還清了，工藤。
233 無法消失的證據(前篇) 1.被朋友排擠的危險人物，這樣詮釋其實對我來說也再恰當不過了。 2.如果我像瑪麗皇後壹樣化作斷頭臺上的露水的話，它會不會像她的愛犬迪比壹樣追隨我投身於塞納河裏呢？ 3.不是瞧不起,是沒救了(對柯南)
234 無法消失的證據(後篇) 傻孩子，已經沒有人在生妳的氣了，妳放心好了。
242 元太少年的災難 1.是嗎？我倒覺得挺好的。我在美國念書的時候，都是自己壹個人在學校的餐廳裏吃自助餐。所以，我覺得大家這樣熱鬧地吃營養午餐也很有趣啊。 2.嘛，如果妳以前不知道的話，那現在給我記住了，gin，也是個左撇子（對柯南）。
246 陷入網中的謎團(前篇) 我只是覺得無路可逃，不是鯊魚，對方是壹只海豚，沒錯，海豚是海洋中最受歡迎的哺乳動物。如果是從又黑又冷的海底逃出來的鯊魚根本不能和它相提並論。 247 陷入網中的謎團(後篇) 勇氣，挺身而出的，正義的字眼……我叫灰原哀。請多多指教。（解開心結後第壹次正式向蘭作自我介紹）
258 來自芝加哥的男人(前篇) 這和某人每天只會不厭其煩地尋找血淋淋的推理情節的興趣相比，要好得多了。
266 情人節的真相 (事件篇) 1.每到這個日子就送心儀對象巧克力的這種戀愛遊戲，大概只有在日本才有。其實情人節這壹天的由來，是跟壹個遭人嚴刑拷問最後被處死的神父聖瓦倫丁有關。 2.所有的男孩子在收到巧克力之後，都會得意忘形的。 3.妳偵探事務所的那個女朋友呢？希望到時妳們可別像血染的情人節那樣，留下痛苦的回憶。
269 犯罪的紀念品(前篇) 1.看來妳似乎已經順利地用某種方法，從妳那個看起來有點悲哀的女朋友那裏拿到巧克力了。 2.物品會反映出創作者的心境。妳看這些巧克力。雖然臉上帶著笑容，可是表情是悲傷的，心裏明明很難過，不過還是強忍著淚水，硬擠出壹絲笑容。真的是太勉強了。（評論小蘭做的巧克力）
270 犯罪的紀念品(後篇) 1.只要被正義感驅使，就不考慮任何後果地追求事情的真相。為了不讓別人受到傷害，自己背負壹切。妳這種像少年壹樣的天真性格，讓人看了之後更加感興趣。但妳知道嗎？妳這種幹凈的香味，反而會使她、我還有妳自己，被這種既孤獨又危險的味道牢牢地束縛住。 2.妳的臉上寫滿了擔心兩個字。是不是和妳那個重要的女朋友有關？我就知道男孩子都壹樣，只要壹收到巧克力，就會得意忘形。（對柯南） 3.妳們彼此都……非常痛苦。 4.花是纖弱而短命的，即使維護起來，它們依然因喜戀陽光而枯萎，壹旦暴風雨襲來，再金貴的柵欄也保護不了它們。妳到底懂不懂啊，工藤。（評論小蘭的話）
279 迷宮的足球流氓(前篇) 1.那是當然的，因為背叛者是沒有容身之處的。 2.這樣不是很好嗎？可以忘記壹切，遠走高飛，逃到壹個聽不見任何噓聲的，遙遠的地方。
280 迷宮的足球流氓(後篇) 妳不是告訴過我，不要逃避自己的命運嗎？妳會保護我的對不對？不過我不像溫室裏弱不禁風的花朵，我不需要妳的保護。
290 迷途森林的光彥(後篇) 所以我才覺得困擾，因為我沒有任何感覺。我姐姐在發生那件事情之前，我也是感覺不到任何不尋常，這是我查覺危險唯壹方法。我因為習慣了這種和平生活而變得遲鈍了。看來我是越來越不行了。
304 震動的警視廳 1200萬人質 1.沒錯，歹徒就像小孩子，是壹個手上握有炸彈玩具的惡劣小子。 2.對於壹個死去的人，會以最美好的回憶永遠留在心裏，就像某人壹樣。 3.我聽到了，惡魔的呼喚。 4.妳拆除炸彈是正確的，但我知道妳不會犧牲別人來換取自己的性命的。
312 染上夕陽的布偶(前篇) 1.嗯，知道得很詳細啊，雖然妳〔柯南〕是男孩子。 2.我沒跟妳說過嗎？我在懂事之前就被送到美國讀書去了，親手碰到女兒節人偶這還是第壹次。爸爸媽媽好像給姐姐買過壹套，但是他們在生下我之後不久就死了，姐姐為了不勾起苦澀的回憶壹直沒有把人偶擺出來。（哀是孤獨） 3.秘藥，是可以操縱人的生死的秘藥，這樣的回答妳滿意了嗎？ 4.放心吧，我研究的目的不是這種夢想的藥，是這個地球上幾乎所有的人，都無法認識它的價值的可怕的東西，就像只有在這個小國家的女孩子才會重視的女兒節人偶壹樣。
313 染上夕陽的布偶(後篇) 夕陽，把世界都染上了鮮血的太陽的終結，我還能看多少次，這悲哀的天色。
330 金錢買不到的友情（後篇） 就像汽水的自動販賣機壹樣，放錢進去就能解渴，不放錢的話就什麽也沒有。金錢是買不到人心的。
335 東京現影所的秘密(前篇) 1.原來如此，從爸爸那裏遺傳到推理能力，愛出風頭滿懷自信、使用變聲機時的演技、加上生氣的時候毫不考慮後果的危險行動這些地方，果然是從母親那裏遺傳來的。 2.畢竟還是些小孩子，和我們不壹樣。
338 4臺保時捷(前篇) 只是感冒而已，不用大驚小怪地來看我。
340 廁所裏隱藏的秘密(前篇) 妳還是不知道，什麽都不知道。不過，我也不希望妳知道。 341 廁所裏隱藏的秘密(後篇) 1.因為我想知道，這樣不行嗎？想知道我的父母是不是像組織裏傳說的那種人物。特別是在見到妳那麽陽光的媽媽之後。 2.不過，雖說是離開。其實根本沒有什麽地方可去。 3.等，等壹下！難道就是妳現在在聽的嗎？！不行，不要聽！！這不是妳該知道的事情！！再深入的話恐怕妳真的會被……
345 與黑衣組織直面對決 滿月之夜的雙重迷案 1.不要，工藤，這裏應該由我來面對，這和妳壹點關系也沒有。所以、所以……妳不要死，我不許妳死！ 2.我不是來送死的，我來是為了結束這壹切。就算被妳抓起來了，只要我還活著，妳們的追蹤就會繼續下去，以我的生命交換，妳壹個人的約定：除我以外，妳不能對其它任何人出手。絕對不能。（對貝爾摩德） 347 尋找屁股上的印記(後篇) 我拒絕。通過改變名字和住址變為另壹個人的話，或許真的可以安全些。但那樣會變得不斷地重復同壹件事。擔心受怕地生活，如果自己的藏身之處被發現的話，又要再度地變為另壹個人，永遠地循環下去，而且，我還沒有完全信任妳們FBI還有…還有…就是…因、因為我不想逃避。
366 顯而易見的碼頭慘劇〔前篇〕 偶爾換換心情也不錯呢，在這個被稱為人類之母的大海裏，吹吹海風也不錯呢
367 顯而易見的碼頭慘劇 (後篇) (柯南:人類的體溫對魚來說太灼熱了. )是的,對我來說太灼熱了,快要被灼傷了.
401 寶石搶劫現行犯〔前篇〕 她（指蘭）很堅強，比我們想象的更堅強。
435 偵探團的采訪 高木警官和目暮警官已經有免疫力了，小林老師可是第壹次聽到妳的推理，有點不知所措啊，稍微收斂點比較好啊......妳平時做得不是挺好的嗎？啊呀呀？這樣。好奇怪啊？這樣。有點傻的小孩的樣子。妳應該明白吧，如果妳的名偵探作風被越來越多的人知道的話，遲早會傳到他們的耳朵裏。
460 1年B班大作戰 1.真是傻瓜，既然他都解得開，那我們哪有解不開的道理，何況這是小林老師專為我們小學生設計的暗號，並不是留在命案現場令人費解的死前留言或是藏寶圖，應該光靠我們的力量就能解開才對呀，根本沒理由壹開始就打退堂鼓吧。 2.這沒有什麽不好意思的，方言是語言的屬性，暫時不用可以，但是絕不應該扔掉，那裏面可記錄著妳成長的重要的信息。 3.我總算了解壹點工藤的辛苦了。
488 電視臺的惡魔 1.惡魔的世界也很殘酷呀。 2.簡直如同童話壹般，當惡魔留下眼淚的同時，也就失去了魔力。
495 紅與黑的碰撞 昏睡 就像FBI被稱為事務所壹樣Company也是俗稱，是為了貫徹執行美利堅合眾國的國策，收集情報，進行對外工作，直屬於總統的間諜情報機關，就是CIA。 501 紅與黑的碰撞 嫌疑 1.這個妳應該知道吧，最好不要太小看組織了，特別是GIn。 2.真的明白嗎？還有那個瑛佑他說他接受證人保護計劃嗎......是啊，我當時也不接受的。 3.說起來那個秀壹我很感興趣呢，無論怎麽樣，他可是願意聽妳這個壹年級小學生意見的FBI的厲害人物呀，我很感興趣呀......什麽，有什麽原因不能讓我見見嗎......難道說、難道說……那個人不會是Loli控吧？
509 紅白黃色與偵探團 1.這表示很和平呀，不是很好嗎？ 2.這個感覺！盯得獵物無法動彈的視線，將獵物剖腹斷腸般的壓迫感-------在！就在這附近！有組織的同夥！ 3.在這裏，絕對就在這裏，剛才給我沈重壓迫感的，組織的同夥。如果不快點知道他是誰的話，如果不做點什麽的話，這些孩子也會受到牽連的……
521 殺人犯 工藤新壹 白癡！那個藥只是試驗品，就算有些誤差，藥效也頂多能連續撐24小時。在那之前，不幫助他恢復記憶的話就糟了。……妳在說什麽胡話！失去記憶的人連續出現，壹定會引起別人懷疑的，發現兩個人是同壹個人，尤其是她（指小蘭）。這樣的話她就壹定會刨根問底了，什麽原因、被誰灌下了藥。她真的能接受這樣的真相嗎？不管怎樣，為了不讓她也和我們壹樣身處險境，能在他再壹次變小之前把他帶回來嗎？剩下的就交給我吧。
524 憎惡是青色的火花（前篇） 1.傻瓜（指小蘭），妳仔細看看吧。工藤穿著的外套的左邊，從袖口下面壹直到側邊，不都是裁開然後用別針別上的嗎？那是他左手被妳拽著穿衣服的證據。所以妳沒什麽不甘心的。
536 消失的名畫的秘密 真完美，完美的讓我頭暈……
549 回轉壽司的秘密（前篇） （步美給柯南拿了很多鮭魚子壽司，請柯南和她壹起吃。哀閉起眼睛）鮭魚子哪裏好吃……（無聊地喝茶）
587 基德VS四神偵探團 是啊……不該看到的東西妳也看到了……色狼……
至於劇場版的話，從M3世紀末的魔術師開始哀都有登場哦！