《政治經濟學及賦稅原理》的發表，使李嘉圖成為壹流經濟學，並成為以他為核心的學術團體的宗師。
這時，穆勒與李嘉圖的關系發生了轉變，由以李嘉圖為學生和穆勒為教師的師生關系發展為以李嘉圖為導師和以穆勒等人為信徒的門徒關系。穆勒就自稱他和麥克庫洛赫是李嘉圖的兩個而且是僅有的兩個地地道道的信徒。
為了傳播李嘉圖的思想，1821年，穆勒出版了《政治經濟學原理》，第壹次系統闡述李嘉圖的理論。對李嘉圖的學術崇拜阻礙了穆勒對科學的探討和對真理的追求。
李嘉圖體系存在兩個其自身無法克服的矛盾：勞動價值論與勞動和資本相交換的矛盾；勞動價值論同等量資本獲取等量利潤的矛盾。
19世紀二十年代，李嘉圖體系遭到了馬爾薩斯和貝利的猛烈攻擊。在李嘉圖去世後，作為李嘉圖學說的堅定信仰者和繼承者，懷著對李嘉圖及其學說的深厚感情，穆勒擔當起為李嘉圖學說辯護的責任。但是，基於信仰而不是科學的辯護註定是缺乏力量的，放棄了科學實際上就是選擇了失敗。在對第壹個矛盾的解釋中，穆勒混淆了勞動和勞動力，實際上是取消了李嘉圖壹貫堅持的勞動價值論；而在對第二個矛盾的解釋中，穆勒關於新葡萄酒和陳葡萄酒的解釋最終成為學說史上的壹個笑話。穆勒的解釋絲毫沒有解決李嘉圖體系的矛盾，反而將李嘉圖學說庸俗化，並最終導致了李嘉圖體系的解體。