片頭開始是壹艘圓形艦艇離開了壹個看起來與地球有些相似的星球，留在地表的壹位類人類外星人看著離開的飛船，打開壹瓶黑色容器並喝下容器內的液體，然後他的身體立即就開始崩碎瓦解，墜入河川瀑布中。外星人的遺體分化後進入旁邊的瀑布，他的DNA引發了生源反應。
2089年，考古學家伊麗莎白·肖（Elizabeth Shaw）與查理·赫洛維（Charlie Holloway）在蘇格蘭的斯凱島考古時找到了壹個古代時刻，發現這是壹份星圖，這份星圖與其他幾個相互間沒有聯系的古文明遺跡中發現的圖形相符。他們相信這是外星人到訪地球的紀錄，相信人類是由外星人所創造出來，他們稱外星人為“工程師”，並將所發現的星圖視為邀請。
韋蘭公司的年邁的首席執行官彼得·韋蘭（Peter Weyland）為壹支探險隊提供資金，讓他們登上“普羅米修斯號”根據星圖前往遙遠的行星LV-223。航進程中船員都處於休眠狀態，由人形機器人大衛（David）監控旅程。船只於2093年到達目的地，船員得知他們的任務是要找到工程師。此次任務的負責人梅莉迪絲·維克斯（Meredith Vickers）命令船員沒有她的允許不能擅自與外星生命接觸。
“普羅米修斯號”降落在壹個大型人造建築附近，船員組織了壹支小隊進去考察。他們在裏面找到了許多石瓶，還有巨大的人形雕像，以及壹個身首異處的外星人屍體，肖找到了它的頭。他們還找到了其他多具屍體，因此推測此物種於該處應都已死亡。考察隊中的密爾本（Millburn）和費菲爾德（Fifield）對這場使命的真實目的感到很不自在，要求返回“普羅米修斯號”，但卻遺跡中迷路。
普羅米修斯偵測到有風暴快速逼近，要求考察隊提前結束了考察返回母艦。考察隊把外星人的頭帶到船上進行檢驗，發現工程師的DNA與人類相符，可是檢驗引發外星人頭部殘骸爆炸。大衛秘密地把壹個石瓶帶到了船上，而遺留的石瓶則開始滲露出黑色的液體。
大衛打開了石瓶研究其中的黑色液體，不久赫洛維走了進來，表示自己為了找到答案願意付出任何代價，於是大衛有意地將壹點黑色液體混入飲料中遞給毫無防備的赫洛維喝了下去。之後不久，肖與赫洛維發生性行為，赫洛維隔天在洗手臺鏡中發現自己眼中閃過黑色異物。
密爾本和費菲爾德在建築內發現了放有大片石瓶的地方，石瓶中不斷地有黑色液體滲出，壹條外形像蛇壹樣的生物咬破了密爾本的防護服並殺死了他，然後噴出壹股股腐蝕性的液體熔化了費菲爾德的頭盔，後者也倒在壹片黑色液體中。其他船員回來後發現了密爾本的屍體，單獨行動的大衛發現了壹間控制室，裏面還有壹位尚處在休眠中的幸存工程師及壹份目標為地球的星圖。
與此同時，赫洛維的身體狀況急劇惡化，肖急忙將他送回“普羅米修斯號”治療，但維克斯拒絕讓他上船，爭執之下她用火焰噴射器燒死了他。之後大衛為肖運行醫療掃描時發現患有不孕癥的肖懷孕了。她害怕這個孩子可能與赫洛維的死有關，於是用船上的自動手術臺從腹部取出了壹個外形像魷魚壹樣的生物。之後肖發現彼得·韋蘭也在這艘船上，他打算請工程師幫助延長自己的壽命，並且他還是維克斯的父親。
費菲爾德突變成了壹只可怕的怪物並攻擊了“普羅米修斯號”的機庫，殺死了多名船員後才被別的船員所殺。“普羅米修斯號”的船長簡尼克（Janek）推測，這個人造建築是工程師的壹個軍事設施，而黑色液體則是壹種致命的生物武器，其失控導致了設施的荒廢，他還相信這個建築中存在壹個航天器。
韋蘭與另外幾人在大衛的陪同下到達控制室，肖也跟在後面。大衛喚醒了休眠中的工程師，然後開始向對方說明韋蘭的期望。沒想到工程師竟然扯下了大衛的頭，然後殺死了韋蘭及其隊員，只有肖成功逃脫，然後工程師重新激活了飛船。肖告訴簡尼克，工程師的目標是地球，打算在地球上釋放那種可怕的黑色液體消滅人類，請他壹定要阻止工程師的飛船。
簡尼克彈出救生艇，將“普羅米修斯號”朝外星人的飛船撞上去，犧牲了自己和另外兩位飛行員。維克斯從救生艇中逃出，但被工程師嚴重損毀的飛船壓死。前往救生艇的肖發現自己的外星人後代還活著，並且已經長到非常大。大衛的頭部功能仍然正常，他警告肖那個工程師還活著。工程師強行打開了救生艇的氣閘來攻擊肖，後者為自保而放出外星人後代，工程師雖然極力掙紮，但還是被制服，被怪獸的產卵器刺入喉嚨。
肖找到了大衛的殘骸，大衛表示可以協助肖利用另壹艘外星人太空船回到地球，因此帶著大衛被分離的身體及頭部，前往另壹艘太空船，並要大衛協助前往外星人的母星，詢問為什麽要毀滅人類；在離開時，肖發出警告消息不要前往本消息的發射地星球，該星球已無人生還。
在肖離開該星球後，救生艇上遭異形生物寄生的外星人胸口鉆出壹只異形。
擴展資料：
《普羅米修斯》影片的故事背景設定在21世紀，劇情圍繞壹艘名為“普羅米修斯號”（Prometheus）的太空船及其船員展開，他們根據從多個地球古文明文物中發現的星圖前往外太空尋找人類的起源。然而當他們到達壹個遙遠的世界後，卻發現了可能導致人類滅絕的威脅。
本片的開發早在21世紀初就已經開始，原本的計劃是作為《異形》系列的第五部電影作品。斯科特與另壹位導演詹姆斯·卡梅倫拓展出思路，為前者於1979年推出的科幻恐怖片《異形》制作壹部前傳。但因2003年的《異形大戰鐵血戰士》搶占了先機，所以本片的發展壹直處在休眠狀態。直至2009年，斯科特再次對原先的拍攝計劃表現出興趣。
斯派茨撰寫了壹個《異形》系列電影前傳的劇本，但斯科特選擇了不同的劇情發展方向，以免與之前的電影在線索上出現重復。2010年末，林道夫加入進來對斯派茨的劇本進行改寫，他和斯科特壹起開發了壹個既發生在《異形》之前，又與該系列沒有直接聯系的故事。根據斯科特的說法，雖然影片的故事和《異形》發生在同壹個宇宙，並且情節從壹定程度上來說也與《異形》存在千絲萬縷的聯系，但《普羅米修斯》探索的仍然是其獨立的神話和理念。