內蒙古自治區東西跨度很大，自然地理景觀十分顯著，東西兩部風光迥然不同，東部為茫茫興安林海，西部是浩瀚的大沙漠。此外，還有眾多的河湖、火山、溫泉等可供開發的旅遊資源，使本地區形成了以草原風光為主，兼有山、水、林、沙等類型齊全、數量豐富的旅遊資源結構。
在內蒙古的自然旅遊資源中，以遼闊無際、水草豐美的大草原最富有特色、最能吸引旅遊者。從東北部的呼倫貝爾草原壹直到西部的阿拉善荒漠，是內蒙古草場資源的基本部分。天然草原植被保持的比較完整。而鄂爾多斯高原，則是內蒙古草原帶的最南端，由於地形、氣候、土壤等條件的差異，多為荒漠草原。全自治區由東到西大致可分為典型草原、草甸草原、幹旱草原及荒漠草原四個地帶。草原有呼倫貝爾、科爾沁、錫林郭勒、烏蘭察布大草原。呼倫貝爾和錫林郭勒草原最為著名，是內蒙古最好、最具代表性的草原，地勢平坦，壹望無際，每當春季消融，便有先開花後長葉的植物冒雪迎春；夏季則綠草如茵，百花爭艷，草原上牛羊成群，構成了美麗的草原畫卷。
內蒙古的森林資源在全國占有較為重要的地位，全區森林總面積占有全國森林總面積的12.8%，全區森林主要分布在大興安嶺、以及蠻罕山、克什克騰、寶格達山、芭荊大壩、迪彥廟、大青山、烏拉山、賀蘭山等地區，同時，建國以來還營造了大批的人工林。全區樹種約有46科350多種，喬木對種以興安落葉松為優勢，其次為白樺、柞和楊樹。位於本區東部的大興安嶺原始森林，總面積為667萬公頃，其中列入國家自然保護區的有448萬公頃，是我國最大的自然保護區，林區保持良好的生態環境，山青水秀，風景優美，野生動物種類繁多，為發展森林觀光、動植物考查、避暑旅遊、狩獵旅遊提供了有利條件。
西部沙漠戈壁面積廣闊，總面積達20多萬平方公裏， 著名的有巴丹吉林、騰格裏、烏蘭布和、毛烏素及庫布齊等沙漠。沙丘、綠洲、湖泊構成了獨特的自然風光，尤其是黃河南岸庫布齊沙漠的“響沙灣”，是我國“三大響沙”之壹。
內蒙古境內分布著數千條長短不等的河流，其中流域面積有1000平方公裏以上的河流就有70多條，全區水資源總量為518億立方米。黃河是內蒙古最長的河流，在內蒙古境內全長800公裏，不僅給內蒙古帶來了灌溉之利，而且還提供了航運、發電和漁業之便。由於黃河由南向北進入內蒙古，在冬季河流封凍和春季河流解凍時，大量冰塊在內蒙古河套壹帶受阻，形成冰壩，稱為“淩汛”，這是黃河在內蒙古段的特有現象。額爾古納河是內蒙古的又壹大河，長540公裏，其上遊稱為海拉爾河，沿途接納了免渡河、莫日格勒河、伊敏河等支流成為中俄之間的界河，現已開展界河遊。其它較有名的河流還有嫩江、西遼河等。
內蒙古天然湖泊眾多，全區有大小湖泊1000多個，是全國主要湖泊集中地區之壹，但多數為面積不大的鹹水湖，以盛產鹽、堿、芒硝等著稱。面積在100平方公裏的湖泊有呼倫湖、貝爾湖、達裏諾爾、烏梁素海、岱海、黃旗海、查幹諾爾，居延海等。
內蒙古地區還分布有大量的溫泉、礦泉，以東部地區最為集中。主要有滿洲裏市紮賚諾爾礦區的靈泉，大興安嶺西麓興安盟境內的阿爾山溫泉，赤峰市境內的敖漢溫泉、寧城縣和克什克騰旗的熱水溫泉，西部烏蘭察布盟的涼城岱海溫泉，以及呼倫貝爾盟鄂溫克旗境內的維納河礦泉等，這些溫泉和礦泉含有多種對人體有益的礦物質，可治療多種疾病，且多數為避暑勝地，在這裏可度假休閑。