袁世凱稱帝失敗後。曾請段祺瑞出面組織內閣。但由於段祺瑞對徐樹錚的信任，卻致使二人生隙。段祺瑞想讓徐樹錚出任自己的秘書長，為此。他請張國淦出面向袁說項。張輕聲對袁說，“總理想自己物色壹個秘書長。”話音剛落。已猜到段祺瑞想法的袁世凱臉色壹沈，“他想用誰？用誰？”張說，想用徐樹錚。袁的臉色更難看了，恨恨地說，“真是笑話，軍人總理，軍人秘書長。這裏是東洋刀，那裏也是東洋刀。”末了，可能想到現在是他在求段，便說，徐樹錚是軍事人才。就叫他任陸軍次長吧。
段祺瑞知道此事後。大為惱怒。臉色比袁世凱還難看，連手中的煙鬥都扔到了地上，大聲說，“怎麽，到了今天，還是壹點都不肯放手嗎？”兩邊折衷的結果，徐樹錚出任幫辦秘書，即副秘書長。
袁世凱龍驤虎步，是段的老上司。段祺瑞為了徐樹錚，敢和老上司叫板，由此可見徐在他心目中的位置。
黎元洪任總統後，段祺瑞再任國務總理。段組閣的第—件事，仍是擬任命徐樹錚為國務院秘書長。如同袁世凱壹樣。黎元洪也堅決反對。未果後。黎只得提出壹個條件。那就是決不單獨見徐樹錚。這個條件，乃是他對徐樹錚的傲慢犯上深惡痛絕。
有壹次，徐樹錚拿了三個官員的任命到總統府請黎元洪蓋印，黎多嘴問了下這三個官員的出身。徐樹錚十分不耐煩地說：“總統不必多問，總理早已研究清楚了。請快點蓋印吧，我的事情還忙得很呢。”
黎元洪貴為民國大總統，竟被國務院秘書長當面頂撞，氣得臉色發青。卻只敢對手下人發壹通牢騷：“我本來不要做這總統的，而他們竟公然目無總統。”
民國要人中，黎元洪因脾氣好而人稱黎菩薩。但面對段和徐的強勢，泥菩薩後來也忍無可忍。並因利益互搏而演變成史上有名的府院之爭，而府院之爭的直接結果便是張勛復辟。
有壹種廣為流傳的說法是。張勛兒戲般的復辟。實乃徐樹錚所策劃。徐樹錚此前到徐州會晤張勛。向張表示，芝老（段祺瑞）只求達到驅黎目的。壹切手段在所不計。言下之意即使張勛復辟，段祺瑞並無反對意見。但等到張勛復辟時，同樣是在徐樹錚的策劃下，段祺瑞於馬廠誓師，高調通電討伐張勛。
僅僅兩個星期。張勛和溥儀的復辟鬧劇便戛然而止，黎元洪黯然下臺。段祺瑞則坐收三造***和的美名並東山再起。