本片是《喜羊羊與灰太狼》大電影系列的第六部，按照以往的慣例，大電影的故事通常是平鋪直敘、簡單歡樂，但是這次的故事卻有點復雜，有點讓人出乎意料。
《喜羊羊6》的畫面效果有了較大的提升，無論是人物造型還是服裝搭配，都進行了全面升級，不僅更加鮮艷，也更加可愛。另外，升級的還有裝備，小羊們都裝上了飛行器，可以自由地在天空翺翔了，而灰太狼則是乘著浴缸壹邊洗澡壹邊飛翔。
在以往的《喜羊羊與灰太狼》電影系列中，灰太狼被老婆掄平底鍋已經成為壹個標誌性的動作，還發生過小朋友模仿動畫片烤羊情節致同伴受傷的事情，不過這些場景在《喜羊羊6》中全部都看不到了，不僅“暴力”動作消失，灰太狼壹家在《喜羊羊6》中也溫馨蛻變。為了實現紅太狼的童話夢想“壹飛沖天”，灰太狼和小灰灰壹路磕磕絆絆鬧出笑話無數，經過不懈努力，最終和小羊們並肩戰鬥，拯救了童話世界的天馬城。
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參考資料：
影片繼續了“羊與狼”的故事，但是此次卻不像以往，羊兒們不再是靠著智商來碾壓灰太狼，而是灰太狼成功轉型成不吃羊的“狼”，並且和以往相比，暴力、低俗的劇情和臺詞少了許多。（金鷹網評） 《喜羊羊與灰太狼之飛馬奇遇記》可以說是壹部敷衍之作，這個大電影系列，以這部新作為標誌，徹底走上了下坡路，劇情在該簡單的時候不簡單、該豐富的時候不豐富，是其最大弊病。在小羊們拖著飛馬王子飛向天馬城的路上，電影仿佛突然不知道怎麽講故事，近20分鐘的時間裏，飛行隊伍在布滿雲彩的天空無所適從，沒有任何事情推動劇情進展，整部電影有過半時間缺乏銀幕語言，讓人不知所雲。 （京華時報評）