壹開始，托馬斯被“格子”送到了“林間空地”，林間空地有壹群人，托馬斯加入其中。 環繞著林間空地的，是壹個巨大的迷宮。
剛到林間空地時，托馬斯的記憶全都消失了。 直到晚上，他的腦袋被“行者”中的壹個人：蓋裏，打了壹拳，才只能想起來他自己的名字。
第二天，他從人群中的幾個人口中知道了許多有關於迷宮的事情： 據說，迷宮裏有壹種叫“格裏弗”的半機械的怪物，會蜇人，被蟄的人就會“異變”，而且活著的人中沒人見過格裏弗，因為見過的人都因異變死了，到現在，還沒有人能逃脫格裏弗的追殺，不過萬幸的是，格裏弗只在晚上出現，白天的時候，他們全都躲在同壹個地方了， 而傍晚的時候，迷宮就會自動關閉，格裏弗就不會跑到林間空地來，只會在迷宮裏巡查，獵殺著傍晚沒跑出去的人； 還有，晚上迷宮關閉的時候，迷宮會“無規律的”移動，改變路徑，以至於畫不出地圖，也就是說，他們永遠逃不出去。
第三天，紐特讓托馬斯去林間空地旁的森林挖肥料，卻看到了“行者”中的本。 本異變了，要殺死托馬斯，於是，奧爾比不得不強制把本“放逐”——即逼他進入迷宮，讓他自生自滅：要麽在迷宮裏活下來，要麽異變病毒發作而死。
第四天，傍晚，清晨就跑到迷宮裏去“畫地圖”的奧爾比和瑉豪在迷宮關閉前還沒有回來，人們在緩慢關閉的迷宮口等的時候，看到瑉豪背著竟然白天被蟄的奧爾比，壹步步吃力地走出來，但是他們沒有更多的時間了，他們走不出來了。 托馬斯可能是不想讓瑉豪在迷宮裏被格裏弗害死，就趁迷宮關閉的最後幾秒鐘沖了進去。 然而瑉豪說，恭喜他自殺成功。 然後他們把奧爾比掛在迷宮石壁的藤蔓上，壹只格裏弗就來了，瑉豪先跑了，格裏弗沒有看到它。 於是格裏弗盯上了托馬斯，然而，托馬斯憑靠各種實用的跑酷技巧和主角光環，以及利用迷宮會移動這壹優勢，成功用迷宮石壁的閉合壓死了這只格裏弗。
到了第五天，人們不在祈禱這三個人在活著回來的時候，瑉豪和托馬斯背著奧爾比回來了。 瑉豪告訴大家，托馬斯成功殺死了壹只格裏弗。 然後幾個行者跟著托馬斯去看那只格裏弗的屍體，這時，瑉豪發現了壹個東西，他把它取出來，他們沒想到這東西竟然在後來他們逃離迷宮時起到了至關重要的作用。 結果當天，蓋裏就要審判托馬斯，說他們和那些迷宮裏的格裏弗相處三年了，什麽都沒有發生，而托馬斯現在殺死了壹只，天知道會發生後果？ 而且，他還不要命的跑到迷宮裏帶人去研究那只格裏弗的這時，瑉豪還在為托馬斯辯駁的時候，格子升上來的的聲音響起，人們很奇怪——因為格子壹個月只上升壹次，這次剛過了五天就來了。 他們終究還是選擇了打開籠子，但是，這次裏面就只有壹個女孩和壹張紙，紙上面寫：她是最後壹個，永遠。 然後他們又審判托馬斯去了，紐特畢竟是這裏除了奧爾比之外最有威嚴的人，他雖然認為托馬斯有錯，但是不同意把托馬斯放逐的懲罰，他認為，關壹個晚上禁閉，不給吃的就行了。 他說：“托馬斯又沒有傷人，他反而殺了壹個對我們又威脅的格裏弗，為什麽要放逐他呢?”
當天晚上，迷宮的門居然沒有關上，迷宮裏的所有格裏弗都跑了出來，像是要為那只被托馬斯弄死的格裏弗報仇壹樣，抓去了很多人，連奧爾比都被它們抓走了。
蓋裏越來越生氣，把那個剛來的女孩和托馬斯綁在木柱子上，要點火搞什麽“獻祭”。 托馬斯也是越來越生氣，壹個反手把自己解綁了，隨手拿起個棍子就要刺蓋裏，還好紐特及時用刀擋住。 然後托馬斯開始了他精彩的演講： 首先，我承認我的行為卻是是對妳們產生了非常嚴重的損失。 但是，殺死了壹只格裏弗，我們還獲得了壹條線索：那個機器是壹個導航器（真不知道他們怎麽知道的，作者註），殺出去，我們可能逃出迷宮，我們至少有了另壹個選擇； 與其待在這裏，整天擔驚受怕，怕被格裏弗殺死、老死，還不如沖出去。 就算死，也死的痛快！ 然後說了壹大堆鼓舞人心的話，說服了壹群人跟著他逃離迷宮，然後跑啊跑，跑到了格裏弗的窩，然後和七只格裏弗打了起來，中途好像摔死了壹個人，然後中途那幾個導航器掉了出來，突然他們身後那層石壁打開了——原來那個導航器也是鑰匙，出現壹個液晶屏要八位數字密碼， 托馬斯想起來了迷宮裏的八個區域——瑉豪告訴他的。於是他就壹邊打格裏弗，壹邊問瑉豪迷宮八個區域的開啟順序（他後來知道，迷宮不是無規律移動的）。他就得到了答案：71526483。
密碼剛壹輸入完，格裏弗就像停電了壹樣不動了，這群人立刻往出口跑去，卻又鬼使神差地來到了壹個剛被破壞的實驗室，裏面的人都遭槍殺。托馬斯隨手用食指點了壹個按鈕，顯示屏上突然出現出來壹個視頻。內容是壹個女博士告訴他們：“在迷宮之外，世界因為太陽耀斑（或黑子）爆發，出現了壹種很恐怖的病毒——耀斑病菌，人壹旦攝入這種病菌，它就會快速進入大腦就會讓人成為形同喪屍的‘狂客’。如果狂客咬了人，這個人很快也會變成狂客。這種病沒有先例，無法治療。但是隨著新壹代的出現，人們偶然發現他們的血清中有壹種酶，可以當做耀斑病菌的克星制作解藥似乎壹下子就成為了可能。但是這種酶無法制造，只能從新壹代的血清中提取。所以只能用這壹小部分的病毒免疫者來拯救大部分的……”話沒說完，壹群武裝分子進來到處掃射，女博士說了最後壹句話：“WICKED is good.”然後拿起壹把左輪手槍對準了她的太陽穴，開槍自殺了。 托馬斯壹群人幾乎是面無表情地看完的——幾個夥伴就是被這個“WICKED”組織害死的
。他們剛要走，突然看到蓋裏拿著壹支手槍對準了托馬斯。托馬斯很驚慌：“蓋裏？妳，妳怎麽在這裏？妳不是還在林間空地嗎。但是，如果妳也要走的話，也可以和我們壹起走，我們自由了！” 蓋裏笑了壹下，好像托馬斯講了壹個滑稽的笑話：“自由？我們能有自由嗎？我們屬於迷宮，迷宮！”說完最後壹個音的時候，他開槍了，與此同時，托馬斯旁的查克擋在托馬斯身前，瑉豪手裏的匕首飛向了蓋裏的心臟。也是同時蓋裏和查克死了（蓋裏應該是假死，因為他第三部又出現了）。
實驗室的門在這時也開了，剛剛在視頻裏出現的武裝分子又沖進來，把活著的這群人拖走，把他們帶進了壹架直升飛機。飛機起飛了，他們看到了壹片在末日電影裏才會看到的場面：全球沙漠化，熟悉的大樓小屋全都成了過往，再怎麽仔細尋找，只能看到壹望無際的廢墟，以及剛逃離的、充滿未知的的移動迷宮……