1894甲午戰爭爆發後，日本開始大規模進攻清朝。清朝也積極應對日本的這次侵略，黃海之戰是甲午戰爭中的著名戰役。事實上，戰爭爆發後不久，光緒皇帝在清教徒的慫恿下，情緒非常激動，甚至特意發電報指責丁，質問他為什麽沒有任何結果。因此，光緒皇帝也想去定的職。後來清朝和日本在鴨綠江開戰。在這場激戰中，清朝的艦隊非常混亂。當時，日本趁機擊沈了五艘北洋軍艦，受了重傷。
在黃海海戰中，北洋艦隊自然大敗，作為指揮官的丁在壹定程度上也要承擔壹些責任。後來日軍勢如破竹，接連拿下旅順、大連，目標直指阿哈瓦。因為旅順失陷，丁也被撤職，但丁還是很關心阿哈瓦的保護，甚至建議他做好炸毀陸地和沿海炮臺的準備。1895年10月20日，日軍對南北炮塔發起猛烈進攻。由於日軍侵略性強，準備充分，清朝損失慘重，大部分士兵為此犧牲。
1895年10月23日，日本聯合艦隊司令伊藤祐亨給丁寫了壹封信，信中準確地分析了北洋水軍的最終命運，並特意勸丁投降。當丁讀到這封信時，他完全無動於衷，並表達了誓死抗爭的決心。經過17天的苦戰，丁等人已經到了山窮水盡的地步，但即使在彈藥和糧食耗盡的情況下，丁也從未想過投降日本，哪怕是死。所以當北洋水師選擇投降的時候，也選擇了自殺。
在丁的遺書中，有這樣壹句話:“從此，清軍成了日本海軍甕中之鱉。現在沒有人能理解我心裏的意思，願意以死報國。希望百年後後人能理解我的赤誠報國之心，雖敗猶榮！”但是對於這樣壹個以身殉職的英雄來說，他的結局也是很讓人意外的。原來當時的光緒皇帝不僅下令家裏沒有財產，還給他的棺材加了三條鐵鏈，不準下葬。這是壹個英雄的可悲下場，是國家的悲哀！然而，直到十多年後，清廷才為丁平反，並安葬了他的靈柩。
丁長期有罪的原因，至今仍有爭議。有人說丁個人能力不強，指揮能力差。還有人說丁是“怕打”，被動護艦，以至於戰機遲遲不動。甚至還有人說，是投降派。當然，這些所謂的觀點只是壹些不實之詞！不管真相是什麽，丁與日軍的英勇鬥爭是不可否認的，這些都是值得後人尊敬的！