治療的原則和目標是消除致病因素，改善機體健康狀況，緩解局部癥狀，促進潰瘍愈合，延長潰瘍復發間隔。
壹般療法
保持口腔衛生，防止繼發感染，消炎止痛，促進潰瘍愈合。
藥物
1，外用藥
(1)鎮痛藥物:可選用利多卡因或苯佐卡因凝膠或噴霧劑。只有當疼痛難以忍受時才使用，以防止成癮。
(2)漱口液:包括0.05%洗必泰漱口液或復方洗必泰溶液、0.1%依沙吖啶溶液、0.1%西吡氯銨溶液或1%聚維酮碘溶液等。有消炎作用。
(3)含片:西地碘片、地喹氯銨片或西吡氯銨片具有廣譜殺菌和收斂作用。
(4)散劑:常用滋陰生肌散、冰硼散、口腔潰瘍散等。這些不溶性細粉除了藥物本身的清熱生肌作用外，還能吸附潰瘍表面的滲出物，起到吸附劑的作用，減少外界刺激，減輕疼痛，促進愈合。
(5)促愈合藥物:應用於潰瘍面的重組人表皮生長因子凝膠、重組牛堿性成纖維細胞生長因子凝膠。
(6)其他局部用藥:康復新液，具有疏通血管、養陰生肌的作用，外用有治療潰瘍的功效。也可以在潰瘍面貼上抗生素、激素、止痛藥、中藥或其他具有消炎抗菌作用的藥膜，除了藥物作用外，還可以保護潰瘍面。
2.口服藥物
(1)維生素:維生素可以維持上皮的正常代謝功能，促進病變的愈合。水溶性維生素，如維生素B1、維生素B2、泛酸鈣、維生素B12、維生素C等，大多是輔酶的成分，對機體的代謝功能有重要作用。因此，給予適量的維生素可以提高機體的自愈能力。壹般可以服用維生素C和復合維生素B。
(2)抗生素:復發性潰瘍患者繼發感染時，可全身使用抗生素，如青黴素類、頭孢菌素類、大環內酯類、磺胺類等廣譜抗生素。應嚴格根據藥敏試驗選擇藥物，不得濫用。
(3)免疫制劑:包括左旋咪唑、反應停、轉移因子、胸腺肽等。這些藥物能增強細胞免疫功能，對本品過敏者禁用。
(4)雌激素:發病與月經周期有關的女性可以考慮嘗試雌激素，它可以促進蛋白質和核酸的合成。
(5)補充微量元素:發現部分患者血清鋅含量下降，補鋅後病情好轉。包括硫酸鋅糖漿、葡萄糖酸鋅、甘草酸鋅等。
相關藥物
利多卡因、苯佐卡因、0.05%氯己定漱口液、復方氯己定溶液、0.1%依沙吖啶溶液、0.1%西吡氯銨溶液、1%聚維酮碘溶液、西吡氯銨片、地喹氯銨、西吡氯銨含片、滋陰生肌散。
其他治療
1，理療
用激光、可見光或微波治療儀照射潰瘍，可減少滲出，促進愈合。
2.部分關閉
對於長期不愈合或疼痛的潰瘍，如嚴重潰瘍，可進行黏膜下註射。地塞米松加利多卡因或曲安奈德通常註射到潰瘍基底以下的結締組織中，有緩解疼痛、促進愈合的作用。但不適合長期使用。
治療周期
口腔潰瘍的治療周期壹般為10-15天，但可能因病情嚴重程度、治療方案、治療時機、個人體質等因素而因人而異。