支付寶的支付涉及到用戶的資金安全，遵循官方的安全規範非常重要。如安全控制、短信驗證服務、數字證書、第三方證書、支付盾、淩豹、淩豹移動版、安全保護問題、安全策略、手機安全設置等。2016、10、12日，支付寶對超額提現收取0.1%服務費，對超過免費提現額度的個人用戶收取0.1%服務費，每人有2萬元的基本免費提現額度。除提現外，使用支付寶進行消費、理財、購買保險、手機充值、水電煤繳費、註冊、繳納交通罰款、使用手機支付寶轉賬至支付寶賬戶、信用卡還款等服務不受影響。2016 10 6月12日起，用戶新從余額轉入余額寶的資金，轉出時只能轉回余額，不能直接轉入銀行卡。2017 3月15日晚，支付寶就央視315晚會曝光的人臉識別漏洞發布聲明，稱支付寶只對當前手機上已使用密碼成功登錄的用戶開放人臉登錄。
2010 10年6月，支付寶推出國內首個二維碼支付技術，幫助電商將發展空間從線上延伸到線下。使用方法:用戶可以點擊支付寶錢包中的“掃壹掃”，根據提示對準二維碼。條碼支付:2011 7月1日，支付寶在廣州發布條碼支付，適用於便利店等場景。這是國內第壹個基於條形碼的支付方案，目前還沒有類似的支付技術。使用時，用戶點擊“支付寶錢包”中的“支付碼”，收銀員用條碼槍掃描條碼完成支付；NFC用法:公交卡放在有NFC的安卓手機上後，可以查看公交卡余額，進行充值。值得註意的是，支付寶移動支付是壹種遠程在線支付方案，NFC在其中的作用是“近場握手，遠程支付”。和NFC略有不同。