主要職能是組織、協調、指導本系統各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務體系建設；制定並組織實施納稅人納稅服務標準和操作流程；管理12366等納稅服務平臺；組織實施面向納稅人的稅法宣傳、輔導、納稅服務、維權和稅收法律救濟(不含行政復議和行政訴訟)；組織實施納稅信用體系建設；受理納稅人對納稅服務的投訴，指導稅務爭議調解；負責註冊稅務師的管理；負責轄區內地方稅收和基金(費)的征收，實現收入完成情況的跟蹤管理和預測分析；承擔發票和稅票的實物管理；負責稅務登記、納稅申報、涉稅審批、發票購銷、臨時開票等涉稅事項的受理和辦理；承擔納稅人稅收違法管理行為的壹般違法處理；其他相關工作。
內設機構為綜合業務股、宣傳咨詢股、納稅服務1股、納稅服務2股四個單位。
綜合業務單元:負責制定內部行政規章制度，處理日常事務；承擔本單位的人事管理、教育創造、紀檢監察、黨務、行政管理和後勤保障工作；負責納稅服務調查和納稅人需求調查；負責制定納稅服務業務規範；負責業務指導、監督和考核；負責註冊稅務師的管理；負責納稅信用體系建設和信用評級。
辦稅服務壹股:負責市區辦稅服務廳納稅人涉稅信息的受理、辦理和備案管理；負責辦理網上辦稅服務廳所有涉稅業務；負責發票和票證的實物管理；負責處理稅務登記、納稅申報、發票購售等方面的壹般違規行為。；負責辦稅服務廳的日常管理。
辦稅服務二股:負責政府行政服務中心、進駐鄉鎮便民服務中心的征收服務點和自助辦稅點的管理。
宣傳咨詢股:負責組織實施對納稅人的日常稅法宣傳和納稅輔導；負責編寫各類稅法宣傳資料；負責外網信息和欄目的維護；負責12366納稅服務熱線、12366短信平臺、12366在線咨詢、12366快速反應中心、納稅服務誌願者總隊、電子納稅服務中心等平臺的管理。負責保護納稅人的權益；負責受理和處理納稅服務投訴；制定“納稅人之家”活動計劃，監督指導“納稅人之家”活動；負責組織納稅人(社會)滿意度的調查分析。
2.蘇州市昆山地方稅務局第二稅務分局(副處級建制，蘇州市昆山地方稅務局重點稅源管理稅務分局)
承擔全市範圍內金融保險企業、建築安裝企業、交通運輸企業、房地產行業、總局和省局指定聯系企業、臺資集團企業的地方稅、基金(費)管理和風險評估；承辦相關涉稅事務的管理；承擔稅收協調和稅收保護的相關任務。
內設機構為四個單位，包括綜合管理股、稅源管理1股、稅源管理2股、風險評估股。
綜合管理股:負責本單位的人事管理、教育創造、紀檢監察、黨務、行政管理、後勤保障等工作；承諾實施稅源管理制度；組織實施稅政、征管、數據等職能部門交辦的各項業務任務；指導和協調稅源管理單位風險應對的日常管理、納稅評估和日常檢查工作。
稅源管理單元:承擔重點稅源的專業化、精細化管理；做好納稅人日常稅源管理工作；負責主要稅源的日常監控和分析，完成低風險事項的評估和處理；對重點稅源戶實施宏觀和微觀分析，做好稅源預測分析。
風險評估單元:負責部門推送的中等風險事項的評估和處理，實施納稅評估或日常檢查，集中實施註銷檢查；總結風險應對和註銷檢查的結果和問題，並及時反饋。
3.蘇州市昆山地方稅務局第三稅務分局(副處級建制)
承擔千燈鎮、澱山湖鎮、張浦鎮行政區域內地方稅、基金(費)的管理和風險評估(第二稅務局管轄的納稅人除外)；承擔個稅管理工作；承辦涉稅事務管理；承擔稅收協調和稅收保護的相關任務。
內部機構由綜合管理股、稅源管理股、風險評估股三個單位組成。
綜合管理股:負責本單位的人事管理、教育創造、紀檢監察、黨務、行政管理、後勤保障等工作；承諾實施稅源管理制度；組織實施稅政、征管、數據等職能部門交辦的各項業務任務；指導和協調稅源管理單位風險應對的日常管理、納稅評估和日常檢查工作。
稅源管理股:承擔壹般稅源的專業化管理；做好納稅人日常稅源管理工作；負責壹般稅源的日常監控和分析，完成低風險事項的評估和處理；實施壹般稅源戶宏觀和微觀分析，做好稅源預測分析。
風險評估單元:負責部門推送的中等風險事項的評估和處理，實施納稅評估或日常檢查，集中實施註銷檢查；總結風險應對和註銷檢查的結果和問題，並及時反饋。
4.蘇州市昆山地方稅務局第四稅務分局(副處級建制)
承擔金溪鎮、周莊鎮行政區域內地方稅收、基金(費)的管理和風險評估(第二稅務局管轄的納稅人除外)；承擔個稅管理工作；承辦涉稅事務管理；承擔稅收協調和稅收保護的相關任務。
內部機構由綜合管理股、稅源管理股、風險評估股三個單位組成。該組織的職能與第三稅務分局內部組織的職能相同。
5.蘇州市昆山地方稅務局第五稅務分局(正科級建制)
承擔昆山高新技術產業園區和玉山鎮行政區域內地方稅收和基金(費)的管理和風險評估(第二稅務局管轄的納稅人除外)；承擔個稅管理工作；承辦涉稅事務管理；承擔稅收協調和稅收保護的相關任務。
內設機構為四個單位，包括綜合管理股、稅源管理1股、稅源管理2股、風險評估股。該組織的職能與第三稅務分局內部組織的職能相同。
6.蘇州市昆山地方稅務局第六稅務分局(副處級建制)
承擔昆山花橋經濟開發區和陸家鎮行政區域範圍內的地方稅、基金(費)管理和風險評估工作(第二稅務局管轄的納稅人除外)；承擔個稅管理工作；承辦涉稅事務管理；承擔稅收協調和稅收保護的相關任務。
內部機構由綜合管理股、稅源管理股、風險評估股三個單位組成。該組織的職能與第三稅務分局內部組織的職能相同。
7.蘇州市昆山地方稅務局第七稅務分局(副處級建制)
承擔巴城鎮、周氏鎮行政區域內地方稅、基金(費)的管理和風險評估(第二稅務分局管轄的納稅人除外)；承擔個稅管理工作；承辦涉稅事務管理；承擔稅收協調和稅收保護的相關任務。
內部機構由綜合管理股、稅源管理股、風險評估股三個單位組成。該組織的職能與第三稅務分局內部組織的職能相同。
8.蘇州市昆山地方稅務局第八稅務分局(正科級建制)
承擔昆山經濟技術開發區行政區域內地方稅、基金(費)的管理和風險評估(第二稅務局管轄的納稅人除外)；承擔個稅管理工作；承辦涉稅事務管理；承擔稅收協調和稅收保護的相關任務。
內設機構為四個單位，包括綜合管理股、稅源管理1股、稅源管理2股、風險評估股。該組織的職能與第三稅務分局內部組織的職能相同。