(壹)第壹秘書科
負責市長政務活動和外事活動的具體安排，起草市長講話材料和調研報告，起草或參與起草綜合性重要文件，辦理和督辦市長的留言、來信和批示，處理市長聯系市委、人大和CPPCC領導同誌的相關事宜。處理人民武裝和國防方面的有關消息和電報。
(2)第二秘書科
負責相應副市長政務活動和外事活動的具體安排，起草相應副市長的講話材料和調研報告，起草或參與起草綜合性重要文件，辦理和督辦市人民政府領導同誌交辦的消息、來信、批示和任務。辦理機構編制、發展改革、價格、監察、財政、金融、人力資源和社會保障、審計、統計、法制、國有資產監督管理、政務管理、駐京聯絡處、政府采購、政府發展研究、市屬國有控股企業管理、稅收、保險、證券、信托等方面的文電工作。
(3)第三秘書科
負責本級副市長政務活動和外事活動的具體安排，起草本級副市長的講話材料和調研報告，起草或參與起草綜合性、重要文件，辦理和督辦市人民政府本級領導交辦的消息、來信、批示和任務。辦理民族、公安、民政、司法、水利、農業、水產畜牧獸醫、林業、人口和計劃生育、糧食、人防、扶貧、信訪、農機、應急聯動、水庫移民、宗教、殘疾人工作、流動人口、縣人民政府、法院、檢察院、部隊、國家安全、氣象等方面的文電工作。
(4)第四秘書科
負責本級副市長政務活動和外事活動的具體安排，起草本級副市長的講話材料和調研報告，起草或參與起草綜合性、重要文件，辦理和督辦市人民政府本級領導交辦的消息、來信、批示和任務。辦理國土資源管理、城鄉規劃建設、城市管理、住房保障和房地產管理、園林、地震、住房公積金管理、水城建設、各城區人民政府等工作。
(5)第五秘書科
負責本級副市長政務活動和外事活動的具體安排，起草本級副市長的講話材料和調研報告，起草或參與起草綜合性、重要文件，辦理和督辦市人民政府本級領導交辦的消息、來信、批示和任務。辦理科技(知識產權)、商務(口岸)、旅遊、招商引資、僑務、城鄉數字化建設、臺灣省事務、供銷、青秀山風景名勝區、大明山自然保護區、昆侖關戰役遺址保護區、政府參事、工商管理、工商聯、科協、僑聯、貿促、海關、邊防檢驗檢疫等方面的文電工作。
(6)第六秘書科
負責本級副市長政務活動和外事活動的具體安排，起草本級副市長的講話材料和調研報告，起草或參與起草綜合性、重要文件，辦理和督辦市人民政府本級領導交辦的消息、來信、批示和任務。辦理工業和信息化(糖業發展)、環境保護、交通運輸、安全生產、鐵路建設、二輕集體工業、開發區、相思湖新區、供電、煙草專賣、質量技術監督、電信、通信、郵政、海事、民航等領域的文電工作。
(7)第七秘書科
負責本級副市長政務活動和外事活動的具體安排，起草本級副市長的講話材料和調研報告，起草或參與起草綜合性、重要文件，辦理和督辦市人民政府本級領導交辦的消息、來信、批示和任務。辦理教育、文化新聞出版、衛生、食品藥品監管、廣播電影電視、體育、政務新聞、地方誌編纂、社會科學、高等職業技術教育、檔案、新聞單位、工會、共青團、婦聯、文藝界、愛國衛生、社會科學界、民主黨派、紅十字會等方面的文電工作。
(8)第八秘書科
負責本級副市長政務活動和外事活動的具體安排，起草本級副市長的講話材料和調研報告，起草或參與起草綜合性、重要文件，辦理和督辦市人民政府本級領導交辦的消息、來信、批示和任務。辦理北部灣(廣西)經濟區規劃建設(南寧五象新區建設)、保稅物流、北部灣經濟區重點產業園區規劃建設相關的文電。
(9)綜合部
負責處理市人民政府辦公廳的有關政務和事務；負責安排市人民政府辦公廳領導同誌的政務活動；負責政府全體會議、政府常務會議和市長例會的會議安排和會議紀要，編寫會議簡報和會議紀要；起草《政府工作報告》、市人民政府領導的有關講話材料、市人民政府及市人民政府辦公廳的工作總結等重要文件和文稿；負責市人民政府辦公廳承擔的史誌、年鑒編纂工作。
(10)文書科
負責收發文、運行、印章管理、文件檔案、辦公安全、文件打印、文件規範審核、機要溝通、文件交換等方面工作；負責閱覽室的管理；編輯發行南寧政報等。
(xi)人事科
負責機關及所屬單位、市人民政府駐京聯絡處的人事管理、機構編制、教育培訓、出國政審等工作；負責市人民政府黨組會議、市人民政府辦公廳黨組會議和科長會議的會務工作，起草會議紀要；負責機關及下屬單位的黨群工作。
(12)行政科
負責市人民政府領導和市人民政府辦公廳的後勤服務管理工作；負責市政府辦公用房的分配和協調；負責市人民政府辦公廳及所屬單位的財務和國有資產管理，以及辦公廳系統的預算、統壹工資核算、各種財務報表統計和勞動統計；負責辦公廳接待、計劃生育、社會治安綜合治理和扶貧工作。
(十三)信息科
負責全市政府信息的收集、審核和報送；負責全市人民政府政務信息匯編和評估工作的指導和培訓；負責信息專刊、動態報告、動態報告專刊等信息刊物的編輯加工；負責辦公廳的信息化建設。
(十四)市人民政府督查室
負責對市人民政府各部門、各縣區人民政府貫徹落實國務院和國務院辦公廳、自治區人民政府辦公廳、市人民政府決議、決定和重要工作部署的情況進行督促檢查，落實反饋工作；負責自治區人民政府和市人民政府領導重要批示的督辦、落實和反饋；負責辦理有關NPC代表建議、議案和CPPCC委員提案；負責對市人民政府的系統監督工作實施業務指導；負責辦理市人民政府交辦的其他重要事項。
(十五)市人民政府應急管理辦公室(市人民政府值班室)
負責全市應急管理和市人民政府應急管理委員會的日常工作，辦理市人民政府領導和市人民政府辦公廳交辦的其他事項。市人民政府應急管理辦公室(市人民政府值班室)下設值班室、協調處置處和應急管理處。
1.值班室。負責市人民政府值班工作，保證與自治區黨委、自治區人民政府及其所屬部門、市人民政府各部門和單位、各縣(區)人民政府的聯系暢通；接收和處理市人民政府和市人民政府辦公廳緊急、重要的事項，以及市內外有關重大情況和動態，傳達和轉送市人民政府領導對突發事件的指示和批示；負責市人民政府領導和市人民政府辦公廳召集的政府全體會議、政府常務會議、市長例會等會議的通知、落實和反饋；配合市委辦公廳、市人民政府辦公廳其他科(室)負責相關會議工作；負責報告當班突發事件和緊急信息；負責指導市政府系統的值班工作；負責市人民政府秘書長(辦公廳主任)的相關留言處理工作。
2.協調處置科。負責協調、指導、監督、檢查全市應急隊伍和保障體系建設，指導應急預案演練；協助市人民政府領導處理特別重大和重大突發事件；協調指導特別重大、重大突發事件的預防預警、應急處置、調查評估、信息發布和應急保障工作；督促落實市人民政府有關應急決策和市人民政府領導對特別重大、重大突發事件的指示和批示，承辦有關文電和會議；負責特別重大和重大突發事件應急信息的收集、匯總和整理，並提出處理建議。
3.應急管理科。負責組織協調有關方面研究提出全市應急管理的政策、法規和規劃建議；指導全市應急預案體系、應急管理體制、機制和法制建設，組織修訂全市總體應急預案，審查全市專項應急預案；指導和協調全市應急平臺體系的規劃和建設；組織協調市人民政府應急管理專家組的工作；承辦應急管理研究、宣傳、教育、培訓、對外交流與合作、綜合會議等工作和信息。
(十六)市行政服務中心管理辦公室(市政府政務公開領導小組辦公室、市政府信息公開領導小組辦公室)
組織和參與起草市級行政審批和政務服務管理的法律、法規和政策；負責推進行政審批事項集中辦理，組織市級各職能部門和直屬部門為社會公眾和行政相對人辦理行政許可事項和非行政許可事項及配套管理服務事項；組織公共資源交易機構進駐政務服務中心，並進行規範、監督和管理；負責審核市級各職能部門行政審批事項授權，受理行政審批相關投訴；負責組織協調涉及兩個以上部門的行政審批項目的聯合審批；負責對進駐政務服務中心的單位及其工作人員的管理、考核、評價和獎懲；協調和指導全市行政審批和政務服務中心的管理工作；負責政務公開和政府信息公開工作，指導和協調全市政務公開和政府信息公開工作。市行政服務中心管理辦公室(市政務公開領導小組辦公室、市政府信息公開領導小組辦公室)下設行政管理部、行政協調部、行政技術部。
1.政府行政組。負責辦公室日常政務工作；負責辦公室綜合會議的組織及其他日常工作；組織和參與起草市級行政審批和政務服務管理的法律、法規和政策；負責內部規章制度建設；負責收發文電、信息、印章管理、文件檔案管理、保密、安全、資產管理、後勤服務等。負責對進駐單位服務質量的評價，對窗口工作人員進行教育、培訓、管理、監督、考核和檢查；負責政務服務的宣傳；負責市政府政務公開、政府及政府機關信息公開工作，推進、指導、協調、監督和考核市政府政務公開和政府信息公開工作。
2.行政協調科。負責審核、協調窗口單位進出政務服務中心；負責審核協調行政許可和非行政許可事項、收費事項、登記確認、咨詢服務等公共服務事項的進入、調整、保留和取消；負責協調公共資源交易機構進入政務服務中心；負責組織協調涉及兩個以上部門的行政審批項目的聯合審批；協調和指導全市行政審批和政務服務中心的管理工作。
3.政府科技組。負責政務服務中心信息系統的運行、維護和管理；負責組織實施政務服務信息系統建設技術標準；負責配合監察部門組織行政效能電子監察的數據分析和匯總。
(十七)大型活動協調辦公室(中國-東盟博覽會領導小組辦公室、南寧國際民歌藝術節組委會辦公室)。
負責全年大型活動的策劃、協調、審核、備案、總結；研究、協調、組織、指導和監督市委、市人民政府主辦、承辦和聯合舉辦的綜合性大型活動；承擔南寧市服務中國-東盟博覽會領導小組和南寧國際民歌藝術節組委會的日常工作；利用舉辦大型活動的資源平臺，服務城市中心工作。市大型活動協調辦公室(中國-東盟博覽會領導小組辦公室、南寧國際民歌藝術節組委會辦公室)下設活動管理科、活動協調科、活動指導科。
1.活動管理部分。負責辦公室的日常政務和後勤保障工作；記錄以部門名義舉辦的大型活動；制定大型活動的工作制度和流程，並統籌執行；負責大型活動專項資金的管理、使用和結算；負責大型活動期間的會務和事務協調；負責大型活動檔案的收集、整理、匯總和歸檔。
2.活動協調科。負責以市委、市人民政府名義舉辦的全市性大型活動年度計劃的總體編制；對計劃外的大型活動提出可行性意見；負責大型活動期間重要文稿和工作計劃的起草、統籌和審批；制定大型活動票務計劃並組織實施；協調活動實施中各部門的關系，指導工作。
3.活動指導部分。負責大型活動證書工作和現場工作的管理、指導和實施；負責活動期間以市委、市人民政府名義交換物品的相關工作；協助和指導各部門策劃以市委、市人民政府名義舉辦的專項大型活動。
(十八)市信用體系建設辦公室
負責組織、協調和推進全市信用體系建設。負責起草相關地方性法規和實施規範；編制並實施南寧市信用體系建設規劃；依法組織協調全市信用信息資源整合和發布，指導社會信用體系標準化建設，配合有關部門促進征信活動健康發展；推動信用管理原則在行業管理中的應用；培育信貸市場和市場主體；開展信用體系建設的宣傳教育活動；指導行業協會開展活動。承擔市信用體系建設領導小組的日常工作。
退休人員工作科負責機關及下屬單位退休人員的管理工作。
政府機關黨組織負責政府機關及下屬單位的黨群工作，具體工作由人事科承擔。
紀檢監察室負責機關及其下屬單位的紀檢監察工作。