法律分析：如果擅自離職，沒有辦完合法手續，出現相關勞動方面問題，勞動者需承擔壹部分責任，員工要離職法律程序，是維護自身權益的最好方式。員工交了辭職申請，但沒辦理離職手續，可以作自動離職處理。自動離職是指員工擅自離職而強行與用人單位解除勞動關系的壹種行為。員工可能要承擔賠償責任。經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的百分之二十。遇到員工擅自離職的，用人單位應當以書面形式送達通知書，限定員工在指定的時間內回公司上班，並提出如限期內不上班的處理措施。當員工擅自離職達到可以辭退的標準的時侯，用人單位應當將解除勞動關系的事宜公開，並以書面形式送達離職通知書給員工，通知其前來辦理交接工作以及離職手續。至於通知書的送達，用人單位應采取掛號信或郵件形式，將通知書送達至員工信息登記的住址以及身份證地址或者經濟聯系人地址，並保存好回執。送達日期以簽收日期為標準。若員工不簽收，或郵寄信被退回，用人單位應當完好保留郵寄信，如有爭議發生，至開庭時方才當仲裁員的面打開郵寄信，以證明用人單位履行了通知義務和用人單位解除勞動合同的意願。必要時，用人單位可以在報紙上登聲明，自通告之日起滿三十天視為送達。另外，如果員工違反勞動合同中約定的保密義務或者競業限制的，造成用人單位損失的，用人單位可以申請仲裁，要求員工賠償損失。如果用人單位為員工支付了培訓費用，而員工未到期離開的，用人單位可以要求勞動者賠償培訓費。如果員工未與公司辦理離職手續就到其它公司上班，造成原公司損失的，有實際數字證據，公司可以要求員工賠償損失。
法律依據：《中華人民***和國勞動法》第三十壹條 勞動者解除勞動合同，應當提前三十日以書面形式通知用人單位。