小柴胡湯是治療少陽盲目的常用方劑。關於它的來歷和傳說，也和朱的傳說關系密切:相傳朱在南陽行醫時，太守盛濟忠病了，叫他去治病。確診後給開了壹個“小柴胡湯”的方子，告訴他吃三副就能治好。因為那時候“小柴胡湯”已經是天下知名的方子了，朱軍也沒什麽好具體寫的。但半夜，患者家屬來到朱軍，說吃了藥後，他不僅感覺不到輕，還出現了腹脹的癥狀。朱軍急忙返回診所，檢查後發現，給病人開的藥其實是“小柴胡散”，而不是“小柴胡湯”。他馬上指出，湯劑和散劑的功效是不壹樣的，湯劑能通過經絡迅速起效，而散劑粘在膈肌上，所以有飽腹的癥狀。他親自操作煎藥，兩劑後病人痊愈。
朱對小柴胡湯的巧妙運用，為醫林留下了千年佳話，朱之學也以匠心獨運著稱。