辣椒根腐病是由多種因素引起的。辣椒根腐病的過程是土壤和種子中攜帶的病原真菌，以及存在於未成熟有機肥中的細菌，在雨天或用水灌溉田地時，隨水擴散到其他土壤中。下雨天，地裏的積水沒有及時清理，細菌大量滋生，加重辣椒根腐病。因此，辣椒根腐病的防治應按照以下步驟進行。
1，作物輪作和土壤清理
連作不僅會造成病菌的大量繁殖，還會造成土壤元素的缺乏，因此建立科學的輪作制度尤為重要。在病情較輕的地區，播種前可對土壤進行消毒。對於病害嚴重的地區，土壤要休耕3年以上，才能種植沃土。
2、謹慎施肥
基肥應是完全腐熟的有機肥，既能防止未熟有機肥腐熟過程中產生的熱量和有害氣體對辣椒的傷害，又能減少肥料病菌的數量。同時，要控制好田間氮肥的施用量。氮肥過多會引起燒根，辣椒田間施肥宜堅持少勤施的原則。
3.套種補種
栽苗壹周後，應根據辣椒苗的生長情況，盡早拔除苗中的病苗和明顯弱苗，並及時清理，防止殘菌感染其他苗。清理土壤植物穴後要及時補苗，保持幼苗齊平，便於管理，同時使幼苗在養分上同樣具有競爭力。
4、中耕和排水
田間積水對辣椒苗的生長尤為不利，要註意及時開溝，排出田間積水，防止病菌滋生。同時要進行中耕除草，減少雜草對養分的掠奪，保證土壤的滲透性，促進辣椒根系呼吸的需要，提高土壤的活性。
5.生物防治
針對根腐病，可以采用生物防治。辣椒幼苗定植初期，可將根芽蘸根後再種植。辣椒種植壹周後，可以用根黴肥沖洗辣椒根部，在辣椒根部形成保護，減少病害。