回國後，傅斯年在中山大學任教，並很快創建了語言歷史研究所。這是1927年的秋天，他在CUHK大學教書才半年。1928 10在中山大學語言歷史研究所的基礎上，傅斯年籌建了中央研究院歷史語言研究所。成立後壹直擔任主任，直到1950去世。
他立足於歷史和語言，為中國現代學術事業做出了巨大貢獻。它為近代中國的學術事業培養了大批優秀人才。首先，他把壹大批著名學者帶到歷史語言研究所來領導研究工作，如:陳寅恪、徐中書、趙元任、方桂麗、羅昌培、李記、董作斌、梁思永等。1927-1937是詩雨學院的鼎盛時期，傅斯年為詩雨學院招募了很多人才。他們中的許多人後來都成了名人，如陳雲、石、丁聖淑、老幹、胡厚宣、夏鼐、、高渠勛、全漢生、鄧廣明、張、傅樂煥、王崇武、董同鶴、、張坤、蒯欽禮、周發高、嚴耕望等。這些人或多或少都受過傅斯年的訓練，都或多或少繼承了他重視材料和考證的嚴謹學風。
明清檔案的搶救與整理。清代內閣府庫檔案中有詔令、奏折、條例、交接會議、賀表、三法司檔案、記錄、考卷及各種書籍，是極其珍貴的第壹手史料。從清末宣彤元年(1909)開始，國庫受損，移出入庫。幾經遷徙，幾經易主，潮濕腐爛，損耗極其嚴重。有壹次，由於缺乏資金，歷史博物館館長曾將8000麻袋共15000斤的檔案以4000元的價格賣給造紙商造紙。著名考古學家馬恒大聲疾呼，傅斯年上書中研院院長蔡元培先生拍板，才以654.38+0.8萬元買下這些幾乎要進造紙廠的檔案。但從654.38+0.5萬斤減少到1.23億斤，不到2萬斤。傅斯年為搶救這些珍貴的檔案資料做出了巨大貢獻。
在《考古學》中
河南安陽殷墟的科學發掘。傅斯年非常重視史料和新史料的獲取。他在《歷史語言研究所的工作主旨》中說:“(1)如果妳能直接研究材料，妳就會進步；任何對前人所研究或創造的體系的間接研究，如果沒有對所包含的事實的豐富而詳細的參考，就會倒退。.....(2)壹種學習能拓展他所學習的材料的地方，就進步了，不能就退步了。”他重視搶救和整理清代檔案，重視發掘殷墟，旨在獲取和拓展新的資料。他有壹句名言:“在上面，他搜尋綠色的虛空，在下面，黃色的泉水，用妳的雙手找到壹些東西。"
在傅斯年帶領歷史語言研究所的同事對河南安陽小屯殷墟進行科學發掘之前，殷墟出土的甲骨已有30多年的歷史。19年底，安陽農民偶然發現了壹些甲骨，引起了學者們的關註。19年底和20世紀初，劉鶚的《鐵雲藏龜》、孫詒讓的《文琪例》、羅振宇的《殷墟舒淇》相繼問世。後來，王國維用甲骨蔔辭研究商代歷史，寫出了《殷研究》、《王獻考》等著名著作。
這壹來，小屯殷墟出土的甲骨就出名了。古董商和藥材商蜂擁而至。殷墟現場損毀嚴重。
傅斯年隨後報請中央研究院院長批準，詩雨研究所考古組正式組織人員前往小屯進行發掘。起初，有許多困難。壹些人的地方主義、利己主義和風頭壹下子就來了，他們阻止挖掘或者強行阻止。傅斯年到了開封府(當時河南省政府所在地)，依靠南京政府的權威、河南開明人士的支持、傅斯年的辦事能力，人事關系得以理順，發掘工作得以順利進行。
從1928年到1937年和10年，殷墟的發掘進行了15次。在百忙之中，傅斯年多次到小屯視察指導。最大開挖量為13，夏季為1935。傅斯年是和法國漢學家伯希和壹起來到安陽的。石回憶說:“當時是殷墟13發掘，用的人力是300多，是殷墟發掘以來最大的壹次。也是中國考古工作給世界留下最深刻印象的時期。大約在五月中旬，氣候已經相當炎熱，他和法國東方學者伯希和先生到達安陽...佩利奧特先生在孟真主任面前不斷驚訝和驚嘆於如此巨大的陵墓，如此整齊排列的小墳墓，以及如此大量精致和輝煌的文物！”“九壹八事變”後，侵華日軍越來越急。殷墟的發掘被迫停止。
在中國現代科學考古史上，傅斯年是第壹位英雄。這是他對中國學術事業的巨大貢獻。
於《北京大學》
北京大學培養出來的傅斯年對北京大學有著特殊的感情，在他壹生的職業生涯中為北京大學做出了特殊的貢獻。1930年代是北大的輝煌時代，教授陣營如火如荼。著名學者胡適、傅斯年、錢穆、陶希聖、孟森、湯用彤都曾是北京大學的教授，陳寅恪也曾在北京大學講學。當時蔣夢麟是北大校長，但推動北大繁榮的是胡適、傅斯年，尤其是傅斯年。蔣夢麟回憶說:“民國十九年(1930)我回北大的時候，孟真因為歷史語言研究所搬到了北京，也在北京工作。“九壹八事變”後，北平處於多事之秋，我的謀士是史誌和孟真。不管事情是大是小，他們總是互相交談。他們兩人代表北大請來了國內很多著名的教授，他們為北伐成功後的北大復興貢獻良多。”
傅斯年對北大的第二次貢獻是在抗日戰爭勝利後。
抗日戰爭勝利後，國民政府任命胡適為北京大學校長。胡在美國時，北京大學校長由代理。從偽政府手中接管北大有很多棘手的問題，比如如何處理日本統治下的北大教職員工。傅斯年決定不使用。他給妻子於大才寫信說:“大批偽教職人員進來，是北大暑假後開學的壹大障礙，但我決心壹掃而光，決不給北大留下這個壞根。”解除困難，掃除“天下”，為胡適復學鋪路，是傅斯年做代理校長的決心。他在給妻子的信中補充道:“其實在這樣的情況下，胡老師是遠遠趕不上我的。我在過去幾個月裏為他打平了世界，所以他可以走下去。”