霍梅尼死的時候，哈梅內伊不是馬爾賈和阿亞圖拉。伊朗伊斯蘭共和國憲法規定，最高領袖必須是馬爾賈。哈梅內伊的聖戰者身份壹直備受爭議。大阿亞圖拉穆罕默德·阿裏·阿拉基(Mohammad Ali Araki)於1994年去世後，庫姆神學院教職人員協會宣布哈梅內伊為馬爾賈，但4名伊朗大阿亞圖拉拒絕承認哈梅內伊為馬爾賈。最終，哈梅內伊以責任重大為由，拒絕接受馬爾賈為伊朗什葉派穆斯林，而是接受馬爾賈為伊朗境外的什葉派穆斯林。
因反對霍梅尼而被軟禁的大阿亞圖拉穆罕默德·什拉濟不承認哈梅內伊是馬爾賈。佩斯大學教授禮薩·阿夫沙裏(Reza Afshari)在他的著作《伊朗的人權》中提到，設拉子對哈梅內伊被承認為最高領袖和馬爾賈感到“憤慨”，他似乎更傾向於由壹群大阿亞圖拉組成的委員會來領導這個國家。
質疑哈梅內伊聖戰地位的其他神職人員包括大阿亞圖拉侯賽因-阿裏·蒙塔澤裏、大阿亞圖拉哈桑·塔巴塔巴·庫米和大阿亞圖拉亞蘇貝丁·拉斯特加爾·約伊巴裏。1997年，Hussein Ali montazeri "質疑最高領袖的權力"，導致他的宗教學校被迫關閉，他在庫姆的辦公室遭到襲擊，並被軟禁壹段時間。
控制媒體
哈梅內伊有權直接任命伊朗伊斯蘭共和國的廣播、電視和其他組織的領導人。國家控制著大部分廣播電視新聞頻道，這些親政府的聲音往往宣揚官方的強硬語言，很多人表達了對國有媒體宣傳倡導的不滿。哈梅內伊發布教令稱，伊斯蘭教嚴格禁止生產、儲存和使用核武器。2005年8月在維也納舉行的原子能機構會議上，伊朗政府在正式聲明中闡述了這壹法特瓦。
幾十年來，伊朗核問題壹直是壹個被反復提及的國際問題。伊朗政府堅稱其核開發的目的是發電，但壹些西方國家指責伊朗試圖發展核武器。哈梅內伊被壹些人視為該國保守勢力的領袖。他是所有武裝力量的總司令，有權任命司法機關、國營電臺和電視臺的負責人。
2005年總統大選前，哈梅內伊將教士梅斯巴·雅茲迪描述為伊朗最可靠的思想家之壹，但據說哈梅內伊“最近關註了梅斯巴·雅茲迪的政治野心”。梅斯巴·雅茲迪是伊朗改革運動的批評者，被視為內賈德總統的精神顧問。
2007年，哈梅內伊要求政府官員加快伊朗向經濟私有化的過渡。上壹次私有化行動是在2004年實施的，當時憲法第44條被推翻，該條規定伊朗的主要基礎設施應為國有。哈梅內伊還提出，應在司法部下屬的法院保障私有制，以保護和鼓勵私人投資。
此外，哈梅內伊肯定了民用核技術，因為“石油和天然氣儲備總會枯竭”。
2008年4月30日，哈梅內伊支持內賈德總統的經濟政策，指出西方正面臨比伊朗更嚴峻的經濟問題，經濟危機已經從美國蔓延到歐洲，通貨膨脹也是普遍存在的問題。哈梅內伊說，經濟危機嚴重損害了全球經濟，這是過去60年來前所未有的。“這場危機使聯合國對全球糧食短缺發出警告，但外媒暗示當前的高物價和國內通脹是由壹些伊朗官員的疏忽造成的，這當然是不真實的。”他還強調，任何人都無權將伊朗的經濟問題歸咎於伊朗政府。他建議人民和政府應該滿足於渡過經濟難關，他還說“妳們應該記住，這個偉大的國家永遠不會害怕經濟制裁”。科學
在2002年的壹次演講中，哈梅內伊強調了他對高等教育和科學部長穆斯塔法·穆恩(Mostafa Moeen)表現的不滿，因為穆恩允許學生從事哈梅內伊認為是反伊斯蘭的行為，比如演奏和學習音樂和藝術；去異教國家旅行；非宗教的實地考察。在演講中，哈梅內伊呼籲對這些行為進行更嚴格的控制，並敦促大學強制推行伊斯蘭價值觀。
哈梅內伊支持伊朗的科學發展。他是第壹批允許幹細胞研究和體細胞核移植的伊斯蘭教徒之壹。2004年，哈梅內伊曾表示，國家的進步依賴於科技投入，社會對學者和科學家的重視有助於培養人才，保證國家的進步和發展。
人權
哈梅內伊說，人權是根本原則，它隱含著伊斯蘭教的教義，領先於西方幾個世紀以來所關註的人權。伊斯蘭教的人權包括生存權、自由權、公平待遇權和福利權。他批評西方勢力在批評伊朗人權記錄時口是心非，西方勢力用經濟手段壓迫第三世界國家人民，支持獨裁者。
但是，哈梅內伊並沒有將其擴展到巴哈伊教的宗教自由。他支持迫害巴哈伊教，並簽署了幾項計劃，以減少其在國內外的影響。根據伊朗武裝部隊司令部主席寫給情報和國家安全部、革命衛隊和警方的壹封信，哈梅內伊下令該司令部查明巴哈伊教信徒的身份，監控他們的活動，收集信徒的所有信息。作為“監護人”或最高領袖，哈梅內伊發布教令稱，監護人對“任何穆斯林和伊斯蘭事務”的決定都是“整個民族的意誌和決定”。
1996年末，哈梅內伊發出教令，認為音樂教育腐蝕了年輕人的思想，許多音樂學校被關閉，禁止公共機構向16歲以下的青少年教授音樂(私人機構不受影響)。哈梅內伊還表示，“無論任何年齡和教育水平，在學校推廣音樂(包括傳統和西方音樂)都不符合伊斯蘭教的信條和理念”。
到1999年，哈梅內伊發布了壹項允許使用捐精、捐卵和代孕的法特瓦，這與埃及在1980年發布的關於輔助生殖技術的法特瓦不同，後者允許使用輔助生殖技術，但不包括來自第三方的捐贈。
2000年，哈梅內伊在給議會的信中表示，禁止修改伊朗媒體法。他指出“現行媒體法有效防止了災難，目前正在起草的法案是非法的”。改革者和反對黨經常批評他的“絕對立法權”。壹些議員表示憤慨，並威脅要辭職。
2002年，他裁定人造幹細胞研究在伊朗是合法的，只要制造壹些人體器官就可以。
同年，哈梅內伊幹預了大學教授哈希姆·阿加賈裏(Hashem Aghajari)的死刑判決，他指出穆斯林應該重新解釋伊斯蘭教，而不是盲目追隨領袖，被判處死刑。哈梅內伊要求法院重審，後來阿哈加裏被判有期徒刑。
2007年7月，哈梅內伊批評伊朗女權活動人士和《消除對婦女壹切形式歧視公約》。女權活動家德拉拉姆·阿裏被判處34個月監禁和10鞭刑兩天後，他說,“在我們國家...壹些激進的女性和壹些男性試圖在伊斯蘭規則上大做文章，以符合與女性相關的國際公約”，“這是不正確的”。
關於女性的著裝規範，哈梅內伊表示，女性有義務佩戴hijab(穆斯林女性佩戴的面紗和頭巾)。
哈梅內伊指出，“同性戀是當今西方世界面臨的主要問題，但他們往往忽視了這壹點。事實上，同性戀對於西方知識分子來說是壹個重大的、痛苦的、尚未解決的問題”。
在哈梅內伊的建議下，伊朗警方於2007年啟動了“公共安全計劃”，逮捕了數十名“惡棍”，以改善公共安全。這些被捕的“惡棍”在鄰居和攝像機前遭到毆打，並被迫將浴室使用的盛水容器掛在脖子上。哈梅內伊和武裝部隊司令
2009年8月中旬，壹群不知名的前改革派議員向負責選舉、監督和罷免最高領袖的專家會議投訴，要求調查哈梅內伊的執政資格。壹周後，壹群伊朗神職人員發出了壹封匿名信，信中他們“稱伊朗最高領袖為獨裁者，要求他下臺”。這封信動搖了哈梅內伊“作為伊斯蘭教中立仲裁者和名義領袖的角色”，給“這個國家最有權力的人”制造了前所未有的難題。《紐約時報》報道稱，德黑蘭街頭開始出現塗鴉文字“終結哈梅內伊”，這在不久前還是不可想象的口號。
這封信寄給了專家會議的領導人、“強有力的前總統”阿克巴爾·哈希米·拉夫桑賈尼，拉夫桑賈尼本人對選舉結果提出了質疑。據美聯社報道，這封信不會被86人組成的議會承認，其中三分之二被認為與哈梅內伊關系密切，並將反對對哈梅內伊的任何調查。
《紐約時報》報道稱，“壹名著名神職人員和前議員周日與這封信的壹些作者交談，認為這封信不是偽造的”，這封信的簽名者達到“數十人，其中大多數是庫姆、伊斯法罕和馬什哈德的中產階級”。2000年，哈梅內伊被保護記者委員會列為“媒體和言論自由十大敵人之壹”，2007年，他被列為時代100大人物之壹。持不同政見的記者Ahmad Zeidabadi、Mohsen Sazegara、mohamed nuri Nourizad和Akbar Ganji因涉嫌傳播反對哈梅內伊的政策和團體而被逮捕和調查。根據伊朗媒體法，造謠、誤傳報道、歪曲他人言論是違法的，而誹謗國內官員、機構、組織或侮辱受法律保護和尊重的法人或真實人物，包括以圖像或漫畫形式出現的上述行為，都是不允許的。
哈梅內伊最具爭議的決定是拒絕通過議會2000年提交的修改媒體法的法案，由他任命的憲法監督委員會在2004年伊朗議會選舉中取消了1000多名議會候選人的資格。