副長以下存在著壹番隊至十番隊、各隊都有負責指揮的隊長。除壹番隊和十番隊外，其他隊長未登場
壹番隊 : 沖田總悟
二番隊 : 永倉新七（名字是參照新選組的二番隊隊長“永倉新八”。）
三番隊 : 斎藤終（名字是參照新選組的三番隊隊長“齋藤壹”。）
四番隊 : 杉原忠司（名字是參照新選組的四番隊隊長“松原忠司”。）
五番隊 : 武田観念斎（名字是參照新選組的五番隊隊長“武田觀柳齋”。）
六番隊 : 井上源二郎（名字是參照新選組的六番隊隊長“井上源三郎”。）
七番隊 : 丘三十郎（名字是參照新選組的七番隊隊長“谷三十郎”。）
八番隊 : 藤堂凹助（名字是參照新選組的八番隊隊長“藤堂平助”。）
九番隊 : 二木二郎（名字是參照新選組的九番隊隊長“鈴木三樹三郎”。）
十番隊 :原田右之助（名字是參照新選組的十番隊隊長“原田左之助”。）
監察員 : 山崎退、筱原進之進、吉村折太郎（名字是參照新選組的監察員“山崎烝”“筱原泰之進”和“吉村貫壹郎”。）