《西遊記》五十六回提到，“又早是朱明時節”。“朱明”是夏天的別稱，也是指皇帝姓朱的明朝，即是說《西遊記》暗喻的其實是明朝的事情。“崇尚道教”的嘉靖皇帝長年不理朝政，癡迷服食丹藥，《西遊記》中許多妖魔鬼怪都以道士的形像出現。
《西遊記》開篇有這樣壹首詩：“混沌未分天地亂，茫茫渺渺無人見。自從盤古破鴻蒙，開辟從茲清濁辨。覆載群生仰至仁，發明萬物接為善。欲知造化會元功，須看《西遊釋厄傳》。”這首詩是教人為善去惡的，大概是講上天有好生之德，化育天地萬物，人類也要追求仁義、為善去惡，追求解幫助萬物化育從而使人頂天立地的功夫，必須看看《西遊釋厄傳》。
《西遊記》第二回講到，悟空希望學習壹些更高級的課程，菩提祖師給悟空列出包涵三教九流的多種課程，只是悟空記掛著長生之法，壹直說“不學，不學”。王守人年輕時曾沈溺於道教的修仙之術。悟空學成歸來，遇到了他第壹個對手：混世魔王。混世魔王比喻人性中吃喝玩樂之心，這無疑是修心養性的要面對的基本問題。
《西遊記》第六回講到：“這個心高欺敵美猴王，那個面生壓伏真梁棟。兩個乍相逢，各人皆賭興。從來未識淺和深，今日方知輕與重。”鬥力之後，二郎神與悟空鬥變化，二者變做“法天象地”的規模，也是平分秋色。“法天象地”，屬於七十二變的壹種，這種法術正如其字面意思“效法上天、模仿大地的廣大”壹樣，效果是把身體變大。法天象地，按中國傳統哲學的理解，是指天地運行由“道”所推動，因而人們應該效法天地的道德本性，從而發揮人之性去幫助萬物的化育。在宋明理學史上，有湛若水與王守仁壹件定交的歷史性時刻。在初次見面後，湛若水評價王守仁說，“若水泛觀於四方，未見此人”；王守仁評價湛若水說，“守仁從宦三十年，未見此人”。湛王各立門戶、公開論學，使天下出現學子不學於王便學於湛的現象。二郎神與孫悟空的相鬥的法天象地規模，與當年王湛兩家同時講學造成的影響相似。
二郎神額頭上有壹天眼，能看破偽裝，所以悟空怎麽變化也騙不過他。從這壹點來說，當時二郎神是勝悟空壹籌，後來悟空煉得火眼金睛，兩者才可謂各有千秋。王守仁初遇湛若水時，湛若水已經提出“隨處體認天理”的學術宗旨。王守仁經過龍場悟道創立學說，才使壹時學者分為王湛之學。天眼，正如湛若水所講如明鏡的中正之心，所有偏頗邪偽都能照得出來。火眼金睛，即有如王守仁所講知善知惡的良知，能分清善惡真偽。二郎神由觀音舉薦，明代心學，無論是陳獻章還是湛若水的學說，都被程朱理學壹派儒者攻擊為“禪”。
《西遊記》第七回講到，悟空在八卦爐鍛煉了七七四十九天，不僅沒有死去，還練就壹雙火眼金睛。八卦爐象征著這個世界，悟空在八卦爐鍛煉即是比喻人在事上磨練。王守仁當年被貶謫到貴州龍場驛當驛丞，在苦悶而安靜的環境下，忽然有了頓悟，認識到“聖人之道，吾性自足”之理。後來，王守仁更經過千死百難而得出“致良知”這個心學宗旨。
佛祖告訴悟空，說玉帝是經歷許多劫難才獲得玉帝的位置。悟空卻說：“他雖然劫修長，但是也不應該長久占著這個位置。皇帝輪流做，明年到我家。”悟空的話表達的意識是很超前的，當官乃至當皇帝也要有任期。儒家認為有才德的人才有資格治理國家，而不應該按出身，雖然在封建社會不可能實現，但確實是壹個偉大的政治理想。
《西遊記》十四回講到，五行山在當地傳說是“王莽篡漢之時，天降此山，下壓著壹個神猴”。“王莽篡漢之時”是公元9年，正是佛教傳入中國的時間！從儒家的天人感應說看來，天庭有麻煩（如悟空大鬧天宮），人間也會受到影響，王莽篡漢無疑是最能符合這兩個條件。
玄裝出關是在王莽篡漢六百三十年後，那麽《西遊記》為什麽說悟空是五百年前大鬧天宮呢？這是因為，“五百年”不是壹個實際的年數，而是取《孟子》上說的“五百年必有王者興”之意。所謂“五百年必有王者興”，指道統衰微壹段時間之後，必定會有“王者”擔起道統。
回過頭來說說玄奘的身世。在《西遊記》而不是歷史中，玄奘的父親姓陳名光蕊，他高中狀元後娶了丞相殷開山之女殷溫嬌。完婚後，陳光蕊被任命為江州州主，然而，船夫劉洪貪圖殷溫嬌美色，竟然與另壹船夫李彪狼狽為奸，把陳光蕊殺死並推下河。殷溫嬌見丈夫被殺，也要投河自殺，被劉洪拉住。殷溫嬌因懷有身孕，就權宜從劉洪。劉洪假冒陳光蕊的身份做了江州州主。
玄奘出生那天，恰好劉洪因公外出，殷溫嬌擔心兒子被害，於是把兒子抱到江邊放在江上的壹塊木板上然後推放於江中，並寫下血書。嬰兒隨著江水流到金山寺下，被寺中長老救上來。長老為嬰兒起了個乳名為江流，托人撫養。江流十八歲時，長老叫他削發修行，幫其取法名為玄奘。
有壹天，和尚們在壹起參禪，壹個酒肉和尚因為辯不過玄奘，惱羞成怒地罵道：“妳這業畜，姓名也不知，父母也不識，還在此搗什麽鬼？”玄奘傷心啊，回寺跪在師傅面前流淚說：“人生天地間，怎能夠為人在世而無父母乎？”
儒生常以“無父無君”罵佛教，即指責佛教背離倫常，中國佛教也作出妥協，承認不出家也可以修行，於是有了“居士”。人的倫常天性是不可磨滅的，不然就禽獸不如。玄奘被酒肉和尚罵，原型是王守仁令高僧還俗這件軼事。
王守仁早年愛好佛老之說，常常逛寺廟找和尚道士聊天。有壹次，他在到壹所寺廟中拜訪壹位高僧。不久，大家有點話不投機，都沈默了。王守仁忽然問：“有家嗎？”高僧的眼睛閃爍了壹下，答：“有。”王守仁又問：“家中尚有何人？”高僧答：“母親尚在。”“妳想她嗎？”高僧沈默良久，王守仁也耐心等他回答。
“怎能不想啊！”高僧嘆氣，緩緩地低下頭，意識到自己是出家人。王守仁站起來嚴肅地說：“想念自己的母親，沒有什麽好羞愧的，這是人的本性啊！”高僧沒有做聲，告辭而去。第二天，這位高僧還俗回家去探望自己的母親去。
當玄奘得知自己的身世後，哭倒在地說：“父母之仇，不能報復，何以為人？”他決意先去找母親，日後再回來報答師恩。玄裝的師傅也不阻攔，讓他作壹般化緣和尚去。玄奘與王守仁所“點化”的高僧不同，與母親相認及大仇得報後，他還是立意安禪，繼續回金山寺修行。
悟空曾向玄奘講自己的本事：“大之則量於宇宙，小之則攝於毫毛！變化無端，隱顯莫測。”這兩句話其實是形容心的，大小、隱顯、變化，都不外於心，正如湛若水所說：“心也者，包乎天地萬物之外，而貫乎天地萬物之中者也。”
心是善的，它很神奇，卻也容易迷失，孟子把迷失了的善心稱作“放心”，並指出，學問之道無非是“求放心”而已。《西遊記》用了壹個故事來暗喻“求放心”。
話說玄奘師徒兩個遇到了六個攔路搶劫的賊人，悟空把他們全部打死了。師傅責怪徒弟，認為賊人罪不該死，打退他們便是，打死六人怎麽也說不過去。悟空沒有慈悲之心，做不得和尚。
悟空受不住玄奘的嘮叨，便說：“妳講我做不了和尚，上不了西天，也不用這般嘮叨，我回去便是了。”玄奘雖然責怪悟空，但是想到徒弟走後自己會更麻煩，所以是不想徒弟走的，只不過悟空不等玄奘表態就飛走了。玄奘是“欲尋他無處尋”，這寓意玄裝遭遇“放心”（心猿飛走），而希望“求放心”（心猿回來）。
此時，觀音菩薩化作壹個老婦，送給玄奘壹頂暗藏緊箍兒的嵌金花帽、棉布直裰（古代男子穿的壹種交領長衣），又教玄奘“定心真言”（“緊箍咒”的別稱）“定心真言”中的“定心”是相對於“放心”而言的，指心要放時把心安定下來；念“定心真言”則指求放心的行動。
話說悟空離開玄奘後來到東海龍宮，東海龍王勸諭他回到玄奘身邊說：“妳不保唐僧、不盡勤勞、不受教誨，到底是個妖仙，休息得成正果。”這其實就是說，在心學看來，雖然人人可說“心即理”，但是如果人沒有經過事上磨練，不去努力，是不能體認天理、以至成為聖人的。
大聖不愧是大聖，說：“莫多話，老孫回去保他便了。”回去途中，悟空“偶遇”觀音菩薩，並對菩薩解釋自己為何離去。菩薩說：“趕早去，莫錯過了念頭。”
王守仁把“格物”解釋為“正念頭”，並認為必需在每件事去正，所謂“莫錯過了念頭”就是這個意思。本心不會離我們而去，它壹直與我們在壹起，只不過它被蒙蔽時好像失去壹樣，我們只要恢復清醒，有求放心的念頭，心自然就會收回。
悟空看到嵌金花帽、棉布直裰很喜歡，玄奘說：“是我小時候穿戴的。這帽子若戴了，不用教經，就會念經；這衣服若穿了，不用演禮，就會行禮。”王守仁認為：只要致良知，自然會通達六經、通達萬事，不用去專研經典、窮究外物。心猿帶上嵌金花帽後，玄奘再三練咒，心猿表示受教，宣告大師“求放心”成功。
在《西遊記》中，悟空常去請各路神仙幫忙收服妖精，這是喻意雖然人心包含天理，但是它會受蒙蔽，必須下“學、問、思、辨、行”的功夫讓心沖破蒙蔽，各路神仙正是比喻“學、問、思、辨、行”的功夫。
《西遊記》二十壹回講到，悟空“被那怪劈臉噴了壹口黃風，把兩只火眼金睛，刮得緊緊閉合，莫能睜開，因此難使鐵棒，遂敗下陣來”。“三昧神風”使悟空的雙眼酸痛流淚，幸得某菩薩用“三花九子膏”治好了他的眼疾。
火眼金睛喻意人的良知，三昧神風使孫悟空的雙眼莫能睜開、酸痛流淚，即是喻意良知被蒙蔽、不能顯明。“三昧神風”中的“昧”是隱藏、不明的意思，“三昧”即是指再三蒙蔽。幫孫悟空治眼的神仙介紹三昧神風的威力說：“那風，能吹天地暗，善刮鬼神愁。”天地、鬼神沒有人去認識，也只能是暗或愁，這個說法源自王守仁的壹段話：“天沒有我的靈明，誰去仰他高？地沒有我的靈明，誰去俯他深？鬼神沒有我的靈明，誰去辯他吉兇災祥？”
有壹次，王守仁與人同遊，友人指著巖中花樹問：“天下無心外之物，如此花樹，在深山中，自開自落，於我心亦何相關？”王王守仁答：“爾未看此花時，此花與爾心同歸於寂。爾來看此花時，則此花顏色，壹時明白起來。便知此花，不在爾之心外。”
王守仁不是說沒有人心，花就不存在，而是告訴我們，花甚至這個世界的存在意義在於被人確認、和人心結合，成為“人”的壹部分。“三花九子膏”中的“三花”就是源自這個故事，所謂“三花”，是指自然存在的花、與心同寂的花、在人心中的花。所謂“九子”，是指對“三花”的含意舉壹反三，“三”生意之所在的萬物。這樣，良知自然能致了。
悟空受到神仙指引，去找靈吉菩薩幫忙收服黃風怪。靈吉菩薩有“定風丹”和“飛龍寶杖”兩件寶物，前者能夠克制三昧神風，後者能夠抓住妖怪。所謂“定風”，是指使心在外界誘惑中保持安定，那麽外界的誘惑之風對自己自然刮不起來；龍是意的象征，所謂“飛龍”，是指使意保持誠敬。
《西遊記》二十四回講到，玄裝來到萬壽山，山中五莊觀的道童熱情招呼玄裝入內。因為五莊觀觀內的壹顆人參果樹，引出悟空偷果推樹、師徒被捉、觀音救樹等壹連串故事。悟空曾去找福、祿、壽三位仙人，壽星問了大聖壹個值得註意的問題：“我聞大聖棄道從釋，怎麽有空來這裏？”
“棄道從釋”是王守仁的經歷。話說湛若水曾經歸納王守仁專心儒學之前的“五溺”：初溺於任俠之習；再溺於騎射之習；三溺於辭章之習；四溺於神仙之習；五溺於佛氏之習。“神仙之習”指沈迷道教修仙，王守仁返本歸儒之前，正是經歷了“棄道”之後再“從釋”的過程。
人參果樹在《西遊記》中被稱為天地之靈根，喻意明代陳獻章的心學。湛若水初名露，字甘泉，是“甘露水”的名稱的來源，甘露水救活人參果樹喻意湛若水對陳獻章的心學的發展。“五莊觀”的名字，壹是由“五仙觀”稍作更改而成——湛若水年少時曾在廣州的“五仙觀”內住了十二年；二是“莊”字由“廣”、“土”兩部分構成，表示“廣東地區”，指明代心學首先產生於廣東。
《西遊記》三十九回講到，有個妖精變做玄奘的模樣，連悟空的金睛火眼也不能辨認。這喻意，雖然良知能知善知惡，不過惡有時能偽裝得讓良知難以辨認，所以人還需要提高智慧、增加知識。八戒竟然想出了壹個有效的辦法：讓真假玄奘同時念《緊箍兒咒》，不會念咒的就是假玄奘。後來在與紅孩兒戰鬥時，八戒也幫悟空按摩使後者從昏迷中恢復過來。這說明，人欲雖然會蒙蔽本心，然而人是不能沒欲的，欲保持謹節中正，即合乎天理——湛若水對此有非常辯證的論述。
假冒國王的妖精是文殊菩薩的坐騎——被閹割的青獅子，暗喻明代太監專權，代皇帝發號施令的情況，其中迫害過王守仁的劉瑾就是典型的例子。文殊菩薩代表聰明智慧，人有聰明智慧才能分辨真假。
《西遊記》五十六回講到，悟空打死了幾個山賊，師傅再次把悟空趕走。以悟空的本事，趕走幾個山賊很容易，然而難改兇暴的性格。這個故事與王守仁有關。王守仁曾到各地平叛，消滅過許多山賊團夥，他有壹句名言：“破山中賊易，破心中賊難。”
《西遊記》六十三回講到，九頭蟲非常難對付，空手回去很沒有面子的，正想去找幫手，悟空見二郎神領著梅山六兄弟路過。王守仁稱湛若水為“兄”、“老兄”，悟空讓八戒請二郎神助戰時也稱二郎神為“顯聖大哥”。?
此時已經是晚上，悟空也不急於與二郎神去打妖怪，而是與二郎神在星月光前，席天幕地，舉杯敘舊。王守仁和湛若水也曾經在短暫的相聚中，整夜敘舊、討論聖學。
九頭蟲被二郎神打傷逃走，八戒要去追殺，悟空說：“窮寇莫追，他必定多死少生。”二郎神說：“不趕他，倒也罷了，只是遺這種類在世，必為後人之害。”
蟲喻意懶惰，九頭蟲即最嚴重的懶惰。悟空、二郎神聯手對付九頭蟲喻意湛王都提倡知行合壹、知行並進，強調事上磨練。相對來說，湛若水比王守仁更強調“學問思辨行”，《西遊記》以二郎神對付九頭蟲的“金弓銀彈”作為比喻。湛若水認為，只是說良知，而無學問思辨行，必會流於空談、流於禪。二郎神說的“必為後人之害”壹語，喻意王學的流弊。
獅駝洞老妖原是文殊菩薩的坐騎，吞下悟空使他痛苦萬分。悟空在老魔肚子裏說：“老孫保唐僧取經，從廣裏過，帶了個折叠鍋兒。”廣裏指廣州，問題是，玄奘從涼州出玉門關西行會經過廣州嗎？不會。不過，“五莊觀”的名字也是由“五仙觀”稍作更改而成，五仙觀在廣州，所以心猿才會說“從廣裏過”。
《西遊記》最後幾回講到，如來賜給悟空“鬥戰聖佛”，“鬥戰”指“向外用力”，“聖佛”指“向內用力”，喻意“內聖外王”；還講到，壹切佛、神仙等“各歸方位”，喻意人類社會乃至天地萬物各得其所，各司其職的和諧狀態——儒家的大同理想。